9mqj

Locally-refined Inactive Mu-Opioid Receptor with Nb6M, NabFab, and isoquinuclidine compound #020_E1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 76.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mu-type opioid receptor

Homo sapiens

UniProt P35372

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–400 未记录 A1BNM methyl (1S,3R,4S,6S,8M)-2-[(1-ethyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-8-(3-hydroxyphenyl)-3,4-dimethyl-2-azabicyclo[2.2.2]oct-7-ene-6-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OPRM_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 12–411; UniProt 1–400

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9mqj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9mqj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9mqj
沉积日期 deposition_date2025-01-03
最后修订 last_revision2025-02-12
结构标题 titleLocally-refined Inactive Mu-Opioid Receptor with Nb6M, NabFab, and isoquinuclidine compound #020_E1
关键词 keywordsG-protein coupled receptor, Mu-opioid, isoquinuclidine, antagonist, nanobodies, fabs, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.00
零角强度 I(0) i027292100.00
分子量 molecular_weight28133.0 kDa
排除体积 excluded_volume28013 ų
包络体积 envelope_volume45237 ų
水化壳体积 shell_volume19332 ų
包络直径 envelope_diameter77.3
壳层 Rg shell_rg26.12
包络 Rg envelope_rg20.55
形状 Rg shape_rg20.00
总 Rg total_rg20.70
总原子数 total_atoms2134
残基数 n_residues286
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.5
Rg (实空间) rg_real20.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real2.7290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27290000.0000
解质量估计 total_estimate0.8254
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3
偏度 Skewness skewness0.465
峰度 Kurtosis kurtosis-0.097
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3431000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.618; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.877; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)