9mu9

Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 209.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 c； UniProt 14–119 链 g； UniProt 14–119	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–123（123 aa）链 G 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 2–121（120 aa）链 G 2–121（120 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.43 Å R-free 0.262
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 2–124（123 aa）链 G 2–124（123 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 16–117（102 aa）片段：UNP RESIDUES 16-117 链 G 16–117（102 aa）片段：UNP RESIDUES 16-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 M 16–117（102 aa）片段：UNP RESIDUES 16-117 链 Q 16–117（102 aa）片段：UNP RESIDUES 16-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 15–118（104 aa）片段：UNP residues 15-118 链 G 15–118（104 aa）片段：UNP residues 15-118	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 M 15–118（104 aa）片段：UNP residues 15-118 链 Q 15–118（104 aa）片段：UNP residues 15-118	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–124（124 aa）链 G 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–124（124 aa）链 G 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
6PWF Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome 提交 2019-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 1–124（124 aa）链 G 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7PJ1 Solution structure of isolated Drosophila histone H2A-H2B heterodimer 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–124（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM histone H2A, 0.5 mM [U-15N; U-2H] histone H2B, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 C 14–119（106 aa）链 G 14–119（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 C 2–124（123 aa）链 G 2–124（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8PP6 human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome 提交 2023-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 C 2–124（123 aa）链 G 2–124（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
8PP7 human RYBP-PRC1 bound to mononucleosome 提交 2023-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 C 2–124（123 aa）链 G 2–124（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
8UX1 Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle 提交 2023-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–124（124 aa）链 G 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 c 14–119（106 aa）链 g 14–119（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 g 14–118（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–106； UniProt 14–119 作者链 g； PDB构建体 1–106； UniProt 14–119

Histone H2B

物种未注明

UniProt P02283

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 d； UniProt 27–123 链 h； UniProt 27–123	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 2–123（122 aa）链 H 2–123（122 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.43 Å R-free 0.262
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 2–123（122 aa）链 H 2–123（122 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 33–122（90 aa）片段：UNP RESIDUES 33-122 链 H 33–122（90 aa）片段：UNP RESIDUES 33-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 N 33–122（90 aa）片段：UNP RESIDUES 33-122 链 R 33–122（90 aa）片段：UNP RESIDUES 33-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
5CVE Crystal Structure of human NRMT1 in complex with dimethylated fly H2B peptide and SAH 提交 2015-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–10（9 aa）片段：UNP residues 2-10	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；291 K；0.2 M (NH4)Ac, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 24%(w/v) PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
5CVE Crystal Structure of human NRMT1 in complex with dimethylated fly H2B peptide and SAH 提交 2015-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–10（9 aa）片段：UNP residues 2-10	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；291 K；0.2 M (NH4)Ac, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 24%(w/v) PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 29–122（94 aa）片段：UNP residues 29-122 链 H 29–122（94 aa）片段：UNP residues 29-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 N 29–122（94 aa）片段：UNP residues 29-122 链 R 29–122（94 aa）片段：UNP residues 29-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 2–123（122 aa）链 H 2–123（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
6PWF Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome 提交 2019-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7PJ1 Solution structure of isolated Drosophila histone H2A-H2B heterodimer 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–123（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM histone H2A, 0.5 mM [U-15N; U-2H] histone H2B, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 D 29–123（95 aa）链 H 29–123（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8PP6 human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome 提交 2023-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 D 2–123（122 aa）链 H 2–123（122 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
8PP7 human RYBP-PRC1 bound to mononucleosome 提交 2023-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
8UX1 Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle 提交 2023-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–123（123 aa）链 H 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 d 27–123（97 aa）链 h 27–123（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 h 27–123（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 C 2–123（122 aa）链 D 2–123（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 C 1–123（123 aa）链 D 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 C 1–123（123 aa）链 D 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 C 1–123（123 aa）链 D 1–123（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

共 21 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	H2B_DROME
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–97； UniProt 27–123 作者链 h； PDB构建体 1–97； UniProt 27–123

Histone H3

物种未注明

UniProt P02299

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 a； UniProt 37–136 链 e； UniProt 37–136	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KNA Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing dimethyllysine 9. 提交 2001-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–16（16 aa）片段：Residues 1-16	突变：P16Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
1KNE Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing trimethyllysine 9 提交 2001-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–16（16 aa）片段：Residues 1-16	突变：P16Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–135（135 aa）链 E 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.43 Å R-free 0.262
2YBA Crystal structure of Nurf55 in complex with histone H3 提交 2011-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–20（19 aa）片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-19	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4; 200 MM AMMONIUM ACETATE; 23% PEG 3350.	分辨率 2.55 Å R-free 0.222
2YBA Crystal structure of Nurf55 in complex with histone H3 提交 2011-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–20（19 aa）片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-19	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4; 200 MM AMMONIUM ACETATE; 23% PEG 3350.	分辨率 2.55 Å R-free 0.222
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 5–15（11 aa）链 F 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4UUZ MCM2-histone complex 提交 2014-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES PH7, 21% PEG3000	分辨率 2.90 Å R-free 0.230
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133 链 E 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133 链 O 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136 链 E 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136 链 O 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
6PWF Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome 提交 2019-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7VRF Crystal structure of Oxpecker chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2021-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 5–15（11 aa）链 D 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.2M ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 39–136（98 aa）链 E 39–136（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 U 1–136（136 aa）链 W 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.	分辨率 4.40 Å
9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 a 37–136（100 aa）链 e 37–136（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 a 45–136（92 aa）链 e 45–136（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	突变：C111S 突变：C111S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

共 23 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H3_DROME
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–100； UniProt 37–136 作者链 e； PDB构建体 1–100； UniProt 37–136

Histone H4

物种未注明

UniProt P84040

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 b； UniProt 24–103 链 f； UniProt 24–103	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 2–103（102 aa）链 F 2–103（102 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.43 Å R-free 0.262
2XYI Crystal Structure of Nurf55 in complex with a H4 peptide 提交 2010-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 27–46（20 aa）片段：RESIDUES 27-46	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；35%(V/V) PEG 400, 100MM MES PH 6	分辨率 1.75 Å R-free 0.195
3C9C Structural Basis of Histone H4 Recognition by p55 提交 2008-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 16–42（27 aa）片段：UNP residues 16-42	未记录	CD CADMIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.242
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 B 2–103（102 aa）链 F 2–103（102 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
4UUZ MCM2-histone complex 提交 2014-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES PH7, 21% PEG3000	分辨率 2.90 Å R-free 0.230
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 25–103（79 aa）片段：UNP RESIDUES 25-103 链 F 25–103（79 aa）片段：UNP RESIDUES 25-103	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 25–103（79 aa）片段：UNP RESIDUES 25-103 链 P 25–103（79 aa）片段：UNP RESIDUES 25-103	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 B 22–103（82 aa）片段：UNP residues 22-103 链 F 22–103（82 aa）片段：UNP residues 22-103	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 L 22–103（82 aa）片段：UNP residues 22-103 链 P 22–103（82 aa）片段：UNP residues 22-103	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 2–103（102 aa）链 F 2–103（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 B 18–103（86 aa）链 F 18–103（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8UX1 Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle 提交 2023-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 2–103（102 aa）链 F 2–103（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 b 22–103（82 aa）链 f 22–103（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 b 24–103（80 aa）链 f 24–103（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 G 2–103（102 aa）链 H 2–103（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 G 1–103（103 aa）链 H 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 G 1–103（103 aa）链 H 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 G 1–103（103 aa）链 H 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

共 18 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_DROME
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–80； UniProt 24–103 作者链 f； PDB构建体 1–80； UniProt 24–103

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

物种未注明

UniProt P04052

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 7–1476	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 A 7–1476（1470 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 A 7–1476（1470 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPB1_DROME
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1470； UniProt 7–1476

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

物种未注明

UniProt P08266

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 13–1176	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 B 13–1176（1164 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 B 13–1176（1164 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPB2_DROME
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1164； UniProt 13–1176

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

物种未注明

UniProt O97183

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 2–270	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 C 2–270（269 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 C 2–270（269 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O97183_DROME
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–269； UniProt 2–270

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

物种未注明

UniProt Q24320

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 47–130	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 F 47–130（84 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 F 47–130（84 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPAB2_DROME
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–84； UniProt 47–130

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt Q9VNZ3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 H； UniProt 2–148	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 H 2–148（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 H 2–148（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	Q9VNZ3_DROME
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–147； UniProt 2–148

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

物种未注明

UniProt P36958

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 I； UniProt 14–129	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 I 14–129（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 I 14–129（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPB9_DROME
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–116； UniProt 14–129

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

物种未注明

UniProt Q9VC49

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–67	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 J 1–67（67 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 J 1–67（67 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPAB5_DROME
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

物种未注明

UniProt Q9VJE4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 K； UniProt 1–116	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 K 1–116（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 K 1–116（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPB11_DROME
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12

物种未注明

UniProt Q6IGE3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 L； UniProt 12–57	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5 × 1 （Q7JZF5） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 L 12–57（46 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 L 12–57（46 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6IGE3_DROME
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–46； UniProt 12–57

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5

物种未注明

UniProt Q7JZF5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：21-meric（21）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 1–210	未记录	RNA × 1 Template DNA × 1 Non-template DNA × 1 Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04052） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （P08266） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （O97183） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （Q24320） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q9VNZ3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P36958） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （Q9VC49） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （Q9VJE4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 × 1 （Q6IGE3） ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9MU9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MU7 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex with a well-defined Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 E 1–210（210 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9MU8 Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk 提交 2025-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 E 1–210（210 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7JZF5_DROME
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mu9
沉积日期 deposition_date	2025-01-13
最后修订 last_revision	2025-02-19
结构标题 title	Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map
关键词 keywords	polymerase, Pol II, transcription, mRNA; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	70.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.82 Å
零角强度 I(0) i0	6653010000.00
分子量 molecular_weight	611200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	733290 Å³
包络体积 envelope_volume	1152700 Å³
水化壳体积 shell_volume	145980 Å³
包络直径 envelope_diameter	240.2 Å
壳层 Rg shell_rg	64.85 Å
包络 Rg envelope_rg	67.36 Å
形状 Rg shape_rg	68.73 Å
总 Rg total_rg	69.03 Å
总原子数 total_atoms	42423
残基数 n_residues	4793
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	209.9 Å
Rg (实空间) rg_real	70.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2750e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6632000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5941
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.484
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0237
最高正则化参数 α highest_alpha	577400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.006; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.011

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	3247.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	42423

AAAAAAAAAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Template DNA
分子量 formula_weight	53243.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Non-template DNA
分子量 formula_weight	50692.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	11552.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,c

AKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	10979.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h,d

KKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	11746.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,a

KKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9067.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,b

RDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
分子量 formula_weight	166420.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SKAPLRQVKRVQFGILSPDEIRRMSVTEGGVQFAETMEGGRPKLGGLMDPRQGVIDRTSRCQTCAGNMTECPGHFGHIDLAKPVFHIGFITKTIKILRCVCFYCSKMLVSPHNPKIKEIVMKSRGQPRKRLAYVYDLCKGKTICEGGEDMDLTKENQQPDPNKKPGHGGCGHYQPSIRRTGLDLTAEWKHQNEDSQEKKIVVSAERVWEILKHITDEECFILGMDPKYARPDWMIVTVLPVPPLAVRPAVVMFGAAKNQDDLTHKLSDIIKANNELRKNEASGAAAHVIQENIKMLQFHVATLVDNDMPGMPRAMQKSGKPLKAIKARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLRIDQVGVPRSIAQNLTFPELVTPFNIDRMQELVRRGNSQYPGAKYIVRDNGERIDLRFHPKSSDLHLQCGYKVERHLRDDDLVIFNRQPTLHKMSMMGHRVKVLPWSTFRMNLSCTSPYNADFDGDEMNLHVPQSMETRAEVENIHITPRQIITPQANKPVMGIVQDTLTAVRKMTKRDVFITREQVMNLLMFLPTWDAKMPQPCILKPRPLWTGKQIFSLIIPGNVNMIRTHSTHPDEEDEGPYKWISPGDTKVMVEHGELIMGILCKKSLGTSAGSLLHICFLELGHDIAGRFYGNIQTVINNWLLFEGHSIGIGDTIADPQTYNEIQQAIKKAKDDVINVIQKAHNMELEPTPGNTLRQTFENKVNRILNDARDKTGGSAKKSLTEYNNLKAMVVSGSKGSNINISQVIACVGQQNVEGKRIPYGFRKRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPSEFYFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKAMESVMVNYDGTVRNSVGQLIQLRYGEDGLCGELVEFQNMPTVKLSNKSFEKRFKFDWSNERLMKKVFTDDVIKEMTDSSEAIQELEAEWDRLVSDRDSLRQIFPNGESKVVLPCNLQRMIWNVQKIFHINKRLPTDLSPIRVIKGVKTLLERCVIVTGNDRISKQANENATLLFQCLIRSTLCTKYVSEEFRLSTEAFEWLVGEIETRFQQAQANPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHFAGVSSKNVTLGVPRLKEIINISKKPKAPSLTVFLTGGAARDAEKAKNVLCRLEHTTLRKVTANTAIYYDPDPQRTVISEDQEFVNVYYEMPDFDPTRISPWLLRIELDRKRMTDKKLTMEQIAEKINVGFGEDLNCIFNDDNADKLVLRIRIMNNEENKFQDEDEAVDKMEDDMFLRCIEANMLSDMTLQGIEAIGKVYMHLPQTDSKKRIVITETGEFKAIGEWLLETDGTSMMKVLSERDVDPIRTSSNDICEIFQVLGIEAVRKSVEKEMNAVLQFYGLYVNYRHLALLCDVMTAKGHLMAITRHGINRQDTGALMRCSFEETVDVLMDAAAHAETDPMRGVSENIIMGQLPKMGTGCFDLLLDAEKCRFGI

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
分子量 formula_weight	132640.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ENAEEISHELWQEACWIVINAYFDEKGLVRQQLDSFDEFIQMSVQRIVEDSPAIELQAEAQHTSGEVETPPRFSLKFEQIYLSKPTHWEKDGSPSPMMPNEARLRNLTYSAPLYVDITKTKNVEGLDPVETQHQKTFIGKIPIMLRSTYCLLSQLTDRDLTELNECPLDPGGYFIINGSEKVLIAQEKMATNTVYVFSMKDGKYAFKTEIRSCLEHSSRPTSTLWVNMMARGSQNIKKSAIGQRIIAILPYIKQEIPIMIVFRALGFVADRDILEHIIYDFDDPEMMEMVKPSLDEAFVVQEQNVALNFIGARGARPGVTKDKRIKYAKEILQKEMLPHVGVSDFCETKKAYFLGYMVHRLLLASLGRRELDDRDHYGNKRLDLAGPLLAFLFRGLFKNLMKEVRMYTQKFIDRGKDFNLELAIKTNIITDGLRYSLATGNWGDQKKAHQARAGVSQVLNRLTFASTLSHLRRVNSPIGRDGKLAKPRQLHNTLWGMLCPAETPEGAAVGLVKNLALMAYISVGSQPSPILEFLEEWSMENLEEIAPSAIADATKIFVNGCWVGIHRDPEQLMATLRKLRRQMDIIVSEVSMIRDIRDREIRIYTDAGRICRPLLIVENGSLLLKKTHVEMLKERDYNNYSWQVLVASGVVEYIDTLEEETVMIAMSPYDLKQDKDYAYCTTYTHCEIHPAMILGVCASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVYITNFHVRMDTLAHVLYYPMKPLVTTRSMEYLRFRELPAGINSIVAILCYTGYNQEDSVILNASAVERGFFRSVFYRSYKDSENKRVGDQEENFEKPHRGTCQGMRNAHYDKLDDDGIIAPGIRVSGDDVVIGKTITLPENDDELDSNTKRFSKRDASTFLRNSETGIVDQVMLTLNSEGYKFCKIRVRSVRIPQIGDKFASRHGQKGTCGIQYRQEDMAFTCEGLAPDIIINPHAIPSRMTIGHLIECLQGKLGSNKGEIGDATPFNDAVNVQKISTFLQEYGYHLRGNEVMYNGHTGRKINAQVFLGPTYYQRLKHMVDDKIHSRARGPVQILVRQPMEGRARDGGLRFGEMERDCQISHGAAQFLRERLFEVSDPYRVHICNFCGLIAIANLRNNTFECKGCKNKTQISQVRLPYAAKLLFQELMSMNIAPRLMVT

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
分子量 formula_weight	30676.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PYANQPSVQITELTDDNVKFVLEDTELSVANSLRRVFIAETPTLAIDWVQLEANSTVLSDEFLAHRIGLIPLISDDVVERLQYTRDCICLDFCPECSVEFTLDVKCSEEQTRHVTTADLKSSNAKVLPVTSRNQGEEDNEYGESNDEILIIKLRKGQELKLRAYAKKGFGKEHAKWNPTAGVCFEYDPDNSMRHTLYPKPDEWPKSEHTELEDDQYEAPYNWEAKPNKFFFNVESAGALKPENIVVMGVQVLKNKLSNLQTQLSHESQN

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
分子量 formula_weight	9736.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GGVPKSKRITTKYMTKYERARVLGTRALQIAMCAPIMVELDGETDPLQIAMKELKQKKIPIIIRRYLPDHSYEDWSIDELIMVD

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
分子量 formula_weight	16946.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

AGVLFEDIFNVKDMDPEGKKFDRVSRLHCESESFKMDLILDINSWLYPMELGDKFRLVLATTLREDGCPDSGEYNPMEHEGTRADSFEYVMYGKIYRIEGDEAHNEASRLSAYVSFGGLLMRLQGDANNLHGFEVDQHMYLLMKRLA

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
分子量 formula_weight	13786.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

GFVGIRFCQECNNMLYPKEDKENKILLYACRNCDYKQEADSNCIYVNKIMHEIDELTHIVPDVISDPTLPRTEDHACPKCSHREAVFFQAQTRRAEEEMRLYYVCTNQNCTHRWTE

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
分子量 formula_weight	7671.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MIIPIRCFTCGKVIGNKWESYLGLLQAEYTEGDALDALGLKRYCCRRMLLGHVDLIEKLLNYAPLEK

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
分子量 formula_weight	13288.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNAPPTFESFLLYEGEKKIIKELDTKVTNAAIFTINKEDHTLGNMIRNQLLKDPNVLFAGYKVPHPLEHKFVIRIQTTADYSPQEAFMNAITDLLAELSLFEERFKDAIKEKKEGG

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12
分子量 formula_weight	5647.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

TAMTYICGECHHENEMRPRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5
分子量 formula_weight	24518.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MDDEAETYKLWRIRKTIMQLSHDRGYLVTQDELDQTLEQFKEMFGDKPSEKRPARSDLIVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEPKIGIKTIKTYCTRMQEENIHRAIVVVQGGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLESELLINITEHELVPEHVVMTVEEKQELLSRYKLKENMLMRIQAGDPVARYFGLKRGQVVKIIRSSETAGRYISYRLVC

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36552

fit	/app/data/saxs_computation/mu/9mu9/9mu9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mu/9mu9/9mu9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mu/9mu9/9mu9.dat

Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

实体 13 Entity 13 polymer

聚合物 Polymer