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9mzk

CryoEM structure of GluK2 bound to glutamate in the deep desensitized state 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 180.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

Rattus norvegicus

UniProt P42260

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 13 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–908 链 B； UniProt 1–908 链 C； UniProt 1–908 链 D； UniProt 1–908 未记录 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 7 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.81 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9MZK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1S50 X-ray structure of the GluR6 ligand binding core (S1S2A) in complex with glutamate at 1.65 A resolution 提交 2004-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 428–544（117 aa） 片段：GluR6 ligand binding core
链 A 665–806（142 aa） 片段：GluR6 ligand binding core
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；24% PEG 4000 2 TRIS 20 NaCl 1 EDTA 10 NaGlu , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.230
1S7Y Crystal structure of the GluR6 ligand binding core in complex with glutamate at 1.75 A resolution orthorhombic form 提交 2004-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–684（256 aa） 片段：GluR6 S1S2
链 B 429–684（256 aa） 片段：GluR6 S1S2
突变：;1st Gly is vector encoded; remaining sequence corresponds to S398-K513 & P636-E755 of the mature GluR6 peptide joined by a vector encoded GT linker ; 突变：;1st Gly is vector encoded; remaining sequence corresponds to S398-K513 & P636-E755 of the mature GluR6 peptide joined by a vector encoded GT linker ; GLU GLUTAMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；14% PEG 3350, 10 Citrate, 20 NaCl, 1 EDTA, 10 NaGlutamate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.243
1S9T Crystal structure of the GLUR6 ligand binding core in complex with quisqualate at 1.8A resolution 提交 2004-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 429–544（116 aa） 片段：residues 1-259
链 A 667–806（140 aa） 片段：residues 1-259
链 B 429–544（116 aa） 片段：residues 1-259
链 B 667–806（140 aa） 片段：residues 1-259
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 QUS (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；14% PEG 3350, 50mM Malonate, 20mM NaCl, 1mM EDTA, 4.5mM Quisqualic acid, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.255
1SD3 Crystal structure of the GLUR6 ligand binding core in complex with 2S,4R-4-methylglutamate at 1.8 Angstrom resolution 提交 2004-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 429–544（116 aa） 片段：residues 1-259
链 A 667–806（140 aa） 片段：residues 1-259
链 B 429–544（116 aa） 片段：residues 1-259
链 B 667–806（140 aa） 片段：residues 1-259
未记录 SYM 2S,4R-4-METHYLGLUTAMATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；293 K；14% PEG 3350, 10mM malonate, 10mM BME, 20mM NaCl, 2mM Citrate, 1mM EDTA, 4.5mM 2S,4R-4-methylglutamate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.256
1TT1 CRYSTAL STRUCTURE OF THE GLUR6 LIGAND BINDING CORE IN COMPLEX WITH KAINATE 1.93 A RESOLUTION 提交 2004-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa）
链 A 665–806（142 aa）
链 B 429–544（116 aa）
链 B 665–806（142 aa）
未记录 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 streak seeding；pH 4；297 K；18% PEG 3350, 25 mM Citrate, 2 mM Malonate, 20 mM NaCl, 1 mM EDTA, 10 mM BME, pH 4.0, streak seeding, temperature 297K
分辨率 1.93 Å R-free 0.216
2I0B Crystal structure of the GluR6 ligand binding core ELKQ mutant dimer at 1.96 Angstroms Resolution 提交 2006-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 429–544（116 aa）
链 A 667–806（140 aa）
突变：K494E, I749L, Q753K, E757Q 突变：K494E, I749L, Q753K, E757Q GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；Reservoir: 1.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES. 0.015 M Na Acetate; Protein: 12-22 mg/ml, 10 mM L-glutamate, 20 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 7.0, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.211
2I0B Crystal structure of the GluR6 ligand binding core ELKQ mutant dimer at 1.96 Angstroms Resolution 提交 2006-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 429–544（116 aa）
链 B 667–806（140 aa）
链 C 429–544（116 aa）
链 C 667–806（140 aa）
突变：K494E, I749L, Q753K, E757Q 突变：K494E, I749L, Q753K, E757Q 突变：K494E, I749L, Q753K, E757Q 突变：K494E, I749L, Q753K, E757Q GLU GLUTAMIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；Reservoir: 1.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES. 0.015 M Na Acetate; Protein: 12-22 mg/ml, 10 mM L-glutamate, 20 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 7.0, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.211
2I0C Crystal structure of the GluR6 ligand binding core dimer crosslinked by disulfide bonds between Y490C and L752C at 2.25 Angstroms Resolution 提交 2006-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa）
链 A 667–806（140 aa）
链 B 429–544（116 aa）
链 B 667–806（140 aa）
突变：Y490C, L752C, S775E 突变：Y490C, L752C, S775E 突变：Y490C, L752C, S775E 突变：Y490C, L752C, S775E GLU GLUTAMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；Reservoir: 20% isopropanol, 25% PEG 4k, 0.1 M NaCitrate. Protein: 7-15 mg/ml, 10 mM HEPES, 20 mM NaCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.25 Å R-free 0.244
2XXR Crystal structure of the GluK2 (GluR6) wild-type LBD dimer in complex with glutamate 提交 2010-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 27% PEG 4000, 3% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE
分辨率 1.60 Å R-free 0.195
2XXT Crystal structure of the GluK2 (GluR6) wild-type LBD dimer in complex with kainate 提交 2010-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
未记录 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 23% PEG 4000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE.
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
2XXU Crystal structure of the GluK2 (GluR6) M770K LBD dimer in complex with glutamate 提交 2010-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 27% PEG 4000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE
分辨率 1.50 Å R-free 0.189
2XXV Crystal structure of the GluK2 (GluR6) M770K LBD dimer in complex with kainate 提交 2010-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 27% PEG 4000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
2XXW Crystal structure of the GluK2 (GluR6) D776K LBD dimer in complex with glutamate 提交 2010-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 21% PEG 4000, 80MM SODIUM ACETATE
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
2XXX Crystal structure of the GluK2 (GluR6) D776K LBD dimer in complex with glutamate (P21 21 21) 提交 2010-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 21% PEG 4000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE
分辨率 2.10 Å R-free 0.231
2XXX Crystal structure of the GluK2 (GluR6) D776K LBD dimer in complex with glutamate (P21 21 21) 提交 2010-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 C 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 21% PEG 4000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE
分辨率 2.10 Å R-free 0.231
2XXY Crystal structure of the GluK2 (GluR6) D776K LBD dimer in complex with kainate 提交 2010-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 21% PEG 4000, 3% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE
分辨率 3.00 Å R-free 0.264
2XXY Crystal structure of the GluK2 (GluR6) D776K LBD dimer in complex with kainate 提交 2010-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 C 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 21% PEG 4000, 3% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE
分辨率 3.00 Å R-free 0.264
3G3F Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer with glutamate and NaCl at 1.38 Angstrom resolution 提交 2009-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 4 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；16% PEG4K, 12% isopropanol, 0.1M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.38 Å R-free 0.175
3G3G Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer K665R mutant with glutamate and NaCl at 1.3 Angstrom resolution 提交 2009-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
突变：K696R 突变：K696R 突变：K696R 突变：K696R GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；15% PEG 4K, 13% ISOPROPANOL, 0.1 M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.30 Å R-free 0.168
3G3H Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer K665R I749L Q753K mutant with glutamate and NaCl at 1.5 Angstrom resolution 提交 2009-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
突变：K696R, I780L, Q784K 突变：K696R, I780L, Q784K 突变：K696R, I780L, Q784K 突变：K696R, I780L, Q784K GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；15% PEG 4K, 13% ISOPROPANOL, 0.1 M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.50 Å R-free 0.176
3G3I Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer I442H K494E I749L Q753K mutant with glutamate and NaCl at 1.37 Angstrom resolution 提交 2009-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
突变：I473H, K525E, I780L, Q784K 突变：I473H, K525E, I780L, Q784K 突变：I473H, K525E, I780L, Q784K 突变：I473H, K525E, I780L, Q784K GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；18% PEG 4K, 13% ISOPROPANOL, 0.1 M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.37 Å R-free 0.176
3G3J Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer I442H K494E K665R I749L Q753K mutant with glutamate and NaCl at 1.32 Angstrom resolution 提交 2009-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
突变：I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K 突变：I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K 突变：I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K 突变：I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；15% PEG 4K, 15% ISOPROPANOL, 0.1 M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.32 Å R-free 0.179
3G3K Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer I442H K494E K665R I749L Q753K E757Q mutant with glutamate and NaCl at 1.24 Angstrom resolution 提交 2009-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：residues 429-544, 667-806
突变：I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K, E788Q 突变：I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K, E788Q 突变：I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K, E788Q 突变：I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K, E788Q GLU GLUTAMIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG 4K, 12% ISOPROPANOL, 0.1M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.24 Å R-free 0.165
3H6G Crystal structure of the GluR6 amino terminal domain dimer assembly 提交 2009-04-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–420（389 aa） 片段：UNP residues 32-420
链 B 32–420（389 aa） 片段：UNP residues 32-420
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；600 mM NaKTartrate, 200 mM NaCl, 20 mM NaAcetate, 1 mM EDTA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.227
3H6H Crystal structure of the GluR6 amino terminal domain dimer assembly MPD form 提交 2009-04-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–420（389 aa） 片段：UNP residues 32-420
链 B 32–420（389 aa） 片段：UNP residues 32-420
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM Bicine, 10% MPD, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.254
3QLT Crystal structure of a GluK2 (GluR6) glycan wedge homodimer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–420（389 aa）
链 B 32–420（389 aa）
突变：A213N,G215S 突变：A213N,G215S NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8K, 20% ethylene glycol, 0.02 M each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4 butanediol, 1,3-propanediol, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.99 Å R-free 0.293
3QLU Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD dimer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 32–420（389 aa）
突变：A213N,G215S NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；0.15 M Ammonium Sulfate; 0.1 M Tris; 18% PEG 4K, pH 8.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.91 Å R-free 0.256
3QLU Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD dimer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 32–420（389 aa）
突变：A213N,G215S NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；0.15 M Ammonium Sulfate; 0.1 M Tris; 18% PEG 4K, pH 8.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.91 Å R-free 0.256
3QLV Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 32–420（389 aa）
链 D 32–420（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.94 Å R-free 0.280
3QLV Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 32–420（389 aa）
链 H 32–420（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.94 Å R-free 0.280
3QLV Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 32–420（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.94 Å R-free 0.280
3QLV Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 32–420（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.94 Å R-free 0.280
3QLV Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 32–420（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.94 Å R-free 0.280
3QLV Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 32–420（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.94 Å R-free 0.280
3QLV Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 32–420（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.94 Å R-free 0.280
3QLV Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD tetramer assembly 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 32–420（389 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；10% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES, 5% PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.94 Å R-free 0.280
4BDL Crystal structure of the GluK2 K531A LBD dimer in complex with glutamate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 19% PEG 4,000, 3% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE
分辨率 1.75 Å R-free 0.202
4BDM Crystal structure of the GluK2 K531A LBD dimer in complex with kainate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 21% PEG 4,000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE
分辨率 3.40 Å R-free 0.289
4BDM Crystal structure of the GluK2 K531A LBD dimer in complex with kainate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 C 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 21% PEG 4,000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE
分辨率 3.40 Å R-free 0.289
4BDN Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex with glutamate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 25% PEG 4,000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE
分辨率 2.50 Å R-free 0.248
4BDN Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex with glutamate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 C 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 25% PEG 4,000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE
分辨率 2.50 Å R-free 0.248
4BDO Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex with kainate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 27% PEG 4,000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE
分辨率 2.55 Å R-free 0.241
4BDO Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex with kainate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 C 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 D 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 NA SODIUM ION × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 27% PEG 4,000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE
分辨率 2.55 Å R-free 0.241
4BDQ Crystal structure of the GluK2 R775A LBD dimer in complex with glutamate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 21% PEG 4,000, 80MM NA ACETATE
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4BDR Crystal structure of the GluK2 R775A LBD dimer in complex with kainate 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 23% PEG 4,000, 3% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE
分辨率 1.65 Å R-free 0.197
4H8I Structure of GluK2-LBD in complex with GluAzo 提交 2012-09-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 A 667–806（140 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 429–544（116 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 667–806（140 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 11W (4R)-4-[(2E)-3-{4-[(E)-phenyldiazenyl]phenyl}prop-2-en-1-yl]-L-glutamic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2.05 M lithium sulfate, 10 mM magnesium chloride, 50 mM MES sodium, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.204
4UQQ Electron density map of GluK2 desensitized state in complex with 2S,4R-4-methylglutamate 提交 2014-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 32–908（877 aa） 片段：ATD LBD AND PARTIAL TMD, RESIDUES 32-908
链 B 32–908（877 aa） 片段：ATD LBD AND PARTIAL TMD, RESIDUES 32-908
链 C 32–908（877 aa） 片段：ATD LBD AND PARTIAL TMD, RESIDUES 32-908
链 D 32–908（877 aa） 片段：ATD LBD AND PARTIAL TMD, RESIDUES 32-908
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES GLU GLUTAMIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 150 MM NACL, 20 MM TRIS, 1 MM 2S,4R-4- METHYLGLUTAMATE, 0.75 MM DDM；pH 8；150 MM NACL, 20 MM TRIS, 1 MM 2S,4R-4- METHYLGLUTAMATE, 0.75 MM DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE
分辨率 7.60 Å
5CMK Crystal structure of the GluK2EM LBD dimer assembly complex with glutamate and LY466195 提交 2015-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：UNP residues 429-544, 667-806
链 A 667–806（140 aa） 片段：UNP residues 429-544, 667-806
链 B 429–544（116 aa） 片段：UNP residues 429-544, 667-806
链 B 667–806（140 aa） 片段：UNP residues 429-544, 667-806
突变：A487T A658S N690S F704L,A487T A658S N690S F704L 突变：A487T A658S N690S F704L,A487T A658S N690S F704L 突变：A487T A658S N690S F704L,A487T A658S N690S F704L 突变：A487T A658S N690S F704L,A487T A658S N690S F704L GLU GLUTAMIC ACID × 1 LI LITHIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 LY5 (3S,4aR,6S,8aR)-6-{[(2S)-2-carboxy-4,4-difluoropyrrolidin-1-yl]methyl}decahydroisoquinoline-3-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Reservoir: 2M Li2SO4 3% PEG 4K 0.1M MgSO4 0.1 M NaAcetate Protein buffer: 100 mM NaCl, 5 mM LY466195, 1 mM EDTA, 10 mM HEPES pH 7 No added glutamate
分辨率 1.80 Å R-free 0.187
5CMM Crystal structure of the GluK2EM LBD dimer assembly complex with 2S,4R-4-methylglutamate 提交 2015-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 429–544（116 aa） 片段：UNP P42260 residues 429-544, UNP Q13002 residues 667-806
突变：A487T A658S N690S F704L,A487T A658S N690S F704L SYM 2S,4R-4-METHYLGLUTAMATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；Reservoir: 18% PEG 4K Protein buffer: 20 mM NaCl, 5 mM 2S,4R-4-methylglutamate, 1 mM EDTA, 2 mM TRIS pH 8
分辨率 1.27 Å R-free 0.163
5KUF GluK2EM with 2S,4R-4-methylglutamate 提交 2016-07-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 32–908（877 aa）
链 B 32–908（877 aa）
链 C 32–908（877 aa）
链 D 32–908（877 aa）
未记录 SYM 2S,4R-4-METHYLGLUTAMATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5KUH GluK2EM with LY466195 提交 2016-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 32–544（513 aa） 片段：UNP residues 32-544,667-908
链 A 667–908（242 aa） 片段：UNP residues 32-544,667-908
链 B 32–544（513 aa） 片段：UNP residues 32-544,667-908
链 B 667–908（242 aa） 片段：UNP residues 32-544,667-908
链 C 32–544（513 aa） 片段：UNP residues 32-544,667-908
链 C 667–908（242 aa） 片段：UNP residues 32-544,667-908
链 D 32–544（513 aa） 片段：UNP residues 32-544,667-908
链 D 667–908（242 aa） 片段：UNP residues 32-544,667-908
突变：T487A, S538A, S570N, L584F 突变：T487A, S538A, S570N, L584F 突变：T487A, S538A, S570N, L584F 突变：T487A, S538A, S570N, L584F 突变：T487A, S538A, S570N, L584F 突变：T487A, S538A, S570N, L584F 突变：T487A, S538A, S570N, L584F 突变：T487A, S538A, S570N, L584F LY5 (3S,4aR,6S,8aR)-6-{[(2S)-2-carboxy-4,4-difluoropyrrolidin-1-yl]methyl}decahydroisoquinoline-3-carboxylic acid × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7F56 DNQX-bound GluK2-1xNeto2 complex, with asymmetric LBD 提交 2021-06-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7F57 Kainate-bound GluK2-1xNeto2 complex, at the desensitized state 提交 2021-06-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7F59 DNQX-bound GluK2-1xNeto2 complex 提交 2021-06-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7F5A DNQX-bound GluK2-2xNeto2 complex 提交 2021-06-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.40 Å
7F5B LBD-TMD focused reconstruction of DNQX-bound GluK2-1xNeto2 complex 提交 2021-06-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L 突变：F107L NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 1 PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7KS0 GluK2/K5 with 6-Cyano-7-nitroquinoxaline-2,3-dione (CNQX) 提交 2020-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
7KS3 GluK2/K5 with L-Glu 提交 2020-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
8F0O cryo-EM structure of homomeric kainate receptor GluK2 in resting (apo) state 提交 2022-11-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：I567V, C576V, C595S 突变：I567V, C576V, C595S 突变：I567V, C576V, C595S 突变：I567V, C576V, C595S NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8FWQ Structure of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 提交 2023-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8FWR Structure of the amino-terminal domain of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 提交 2023-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8FWS Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 提交 2023-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8FWT Structure of the amino terminal domain of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and competitive antagonist DNQX 提交 2023-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8FWU Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and competitive antagonist DNQX 提交 2023-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 DNQ 6,7-DINITROQUINOXALINE-2,3-DIONE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
8FWV Structure of the amino-terminal domain of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and noncompetitive inhibitor perampanel 提交 2023-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
8FWW Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and noncompetitive inhibitor perampanel 提交 2023-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 6ZP 2-(6'-oxo-1'-phenyl[1',6'-dihydro[2,3'-bipyridine]]-5'-yl)benzonitrile × 2 NA SODIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8GC2 Domoate-bound GluK2 kainate receptor in partially-open conformation 1 提交 2023-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–908（875 aa）
链 B 34–908（875 aa）
链 C 34–908（875 aa）
链 D 34–908（875 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 DOQ (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris/HCl 150 mM NaCl 1mM DDM pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8GC3 Domote-bound GluK2 kainate receptors in partially-open conformation 2 提交 2023-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–908（875 aa）
链 B 34–908（875 aa）
链 C 34–908（875 aa）
链 D 34–908（875 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 DOQ (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris/HCl 150 mM NaCl 1mM DDM pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8GC4 Domoate-bound GluK2 kainate receptor in partially-open conformation 3 提交 2023-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–908（875 aa）
链 B 34–908（875 aa）
链 C 34–908（875 aa）
链 D 34–908（875 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 DOQ (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris/HCl 150 mM NaCl 1mM DDM pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
8GC5 Domoate-bound GluK2 kainate receptors in non-active conformation 提交 2023-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–908（875 aa）
链 B 34–908（875 aa）
链 C 34–908（875 aa）
链 D 34–908（875 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 DOQ (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris/HCl 150 mM NaCl 1mM DDM pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
8R32 Crystal structure of the GluK2 ligand-binding domain in complex with L-glutamate and BPAM344 at 1.60 A resolution 提交 2023-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 429–544（116 aa）
链 A 667–805（139 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 2 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG4000, 9% propan-2-ol, 0.1 mM sodium acetate, pH 5.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.178
8R32 Crystal structure of the GluK2 ligand-binding domain in complex with L-glutamate and BPAM344 at 1.60 A resolution 提交 2023-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 429–544（116 aa）
链 B 667–805（139 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 2 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG4000, 9% propan-2-ol, 0.1 mM sodium acetate, pH 5.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.178
9B35 Ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in the open state, a complex with agonist glutamate and positive allosteric modulator BPAM344 提交 2024-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9B36 Open state of kainate receptor GluK2 in complex with agonist glutamate and positive allosteric modulator BPAM344 bound to two concanavalin A dimers. Composite map. 提交 2024-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 14 CLR CHOLESTEROL × 8 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
9B37 Open state of kainate receptor GluK2 in complex with agonist glutamate and positive allosteric modulator BPAM344 bound to one concanavalin A dimer. Composite map. 提交 2024-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 14 CLR CHOLESTEROL × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.66 Å
9B38 Kainate receptor GluK2 in complex with agonist glutamate with pseudo 4-fold symmetrical ligand-binding domain layer 提交 2024-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9B39 Kainate receptor GluK2 in complex with agonist glutamate with asymmetric ligand-binding domain layer 提交 2024-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å
9C5Y Structure of the amino-terminal domain of kainate receptor GluK2 in the apo state 提交 2024-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.10 Å
9C5Z Structure of Ligand binding and transmembrane domains of kainate receptor Gluk2 in apo state 提交 2024-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.63 Å
9C60 CryoEM structure of kainate receptor Gluk2 in apo state 提交 2024-06-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.80 Å
9CAZ Structure of kainate receptor Gluk2 in apo state 提交 2024-06-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.88 Å
9DXQ Ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with positive allosteric modulator BPAM-344 and channel blocker Philanthotoxin-74 提交 2024-10-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：I567V,Y571C 突变：I567V,Y571C 突变：I567V,Y571C 突变：I567V,Y571C 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 16 CLR CHOLESTEROL × 8 NA SODIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 A1BDR N-{7-[(4-aminobutyl)amino]heptyl}-Nalpha-butanoyl-D-tyrosinamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9DXR Ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with positive allosteric modulator BPAM-344 and channel blocker Nephilatoxin-8 提交 2024-10-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：I567V,Y571C 突变：I567V,Y571C 突变：I567V,Y571C 突变：I567V,Y571C 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 16 A1BDS N~1~-{5-[(N-{4-[(3-aminopropyl)amino]butyl}-beta-alanyl)amino]pentyl}-N~2~-[(1H-indol-3-yl)acetyl]-D-aspartamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9DXS Ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with positive allosteric modulator BPAM-344 and channel blocker Spermine 提交 2024-10-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12 CLR CHOLESTEROL × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SPM SPERMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9DXT Ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with positive allosteric modulator BPAM-344 and channel blocker Kukoamine-A 提交 2024-10-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 CLR CHOLESTEROL × 8 AH2 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose × 4 A1BDT N,N'-[butane-1,4-diylbis(azanediylpropane-3,1-diyl)]bis[3-(3,4-dihydroxyphenyl)propanamide] × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
9MZI CryoEM structure of GluK2 bound to glutamate in the deep desensitized state 3 提交 2025-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
9MZJ CryoEM structure of GluK2 bound to glutamate in the deep desensitized state 2 提交 2025-01-23 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å
9MZL CryoEM structure of GluK2 bound to glutamate in the transition state 提交 2025-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
9MZM CryoEM structure of GluK2 bound to glutamate in the shallow desensitized state, consensus map 提交 2025-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 GLU GLUTAMIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.86 Å
9MZN cryoEM structure of GluK2 ATD in the shallow desensitized state 提交 2025-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9MZO cryoEM structure of GluK2 LBD-TMD bound to glutamate in the shallow desensitized state 提交 2025-01-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：N802C, K676C 突变：N802C, K676C 突变：N802C, K676C 突变：N802C, K676C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GLU GLUTAMIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.86 Å
9MZP CryoEM structure of GluK2 bound to glutamate in the shallow desensitized state, composite map 提交 2025-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 GLU GLUTAMIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9MZR cryoEM structure of GluK2 LBD-TMD bound to BPAM344 and glutamate in the non-active state 提交 2025-01-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
突变：K676C, N802C 突变：K676C, N802C 突变：K676C, N802C 突变：K676C, N802C 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9MZS cryoEM structure of GluK2 bound to BPAM344 and glutamate in the non-active state, composite map 提交 2025-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 4 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9N4L Composite map for GluK2 in the apo state with asymmetric ligand binding domain 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.24 Å
9N4M Composite map for GluK2 in the apo state with 2-fold symmetrical ligand-binding domain 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 NA SODIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
9N4N Composite map for GluK2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9N4O Composite map for GluK2-0xNeto2 in the apo state with asymmetric ligand-binding domain 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 15 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9N4P Composite map for GluK2-1xNeto2 in the apo state 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 15 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9N4Q Composite map for GluK2-2xNeto2 in the apo state 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 15 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
9N4R Composite map for GluK2-0xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
9N4S Composite map for GluK2-1xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 17 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9N4T Composite map for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate 提交 2025-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–908（908 aa）
链 B 1–908（908 aa）
链 C 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 18 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9OSF The intact LBD state of GluK2/K5 with 5-iodowillardiine and kynurenic acid sodium salt 提交 2025-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, 300 mM NaCl, 0.35 mM DDM, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
9OSG The partially ruptured LBD state of GluK2/K5 with 5-iodowillardiine and kynurenic acid sodium salt 提交 2025-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
9OSI The intact LBD state of GluK2/K5 with alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA) 提交 2025-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–908（908 aa）
链 D 1–908（908 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, 300 mM NaCl, 0.35 mM DDM, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å

共 91 个其他 PDB 条目、106 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIK2_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–908； UniProt 1–908 作者链 B； PDB构建体 1–908； UniProt 1–908 作者链 C； PDB构建体 1–908； UniProt 1–908 作者链 D； PDB构建体 1–908； UniProt 1–908

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9mzk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9mzk
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9mzk
沉积日期 deposition_date2025-01-23
结构标题 titleCryoEM structure of GluK2 bound to glutamate in the deep desensitized state 1
关键词 keywordscryoEM, glutamate, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.14 Å
零角强度 I(0) i01613870000.00
分子量 molecular_weight346560.0 kDa
排除体积 excluded_volume437440 ų
包络体积 envelope_volume648480 ų
水化壳体积 shell_volume95632 ų
包络直径 envelope_diameter184.1 Å
壳层 Rg shell_rg60.23 Å
包络 Rg envelope_rg54.69 Å
形状 Rg shape_rg56.16 Å
总 Rg total_rg56.18 Å
总原子数 total_atoms24374
残基数 n_residues3008
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax180.4 Å
Rg (实空间) rg_real55.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.66 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9430e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1614000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8299
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary70.9 Å
偏度 Skewness skewness0.193
峰度 Kurtosis kurtosis-0.452
角度范围 angular_range— – 0.1400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha85960000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)