9n1z

Structure of C3d Bound to a Fragment of FHR-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C3dg fragment

Homo sapiens

UniProt P01024

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 996–1287 突变:C1010A Complement factor H-related protein 2 × 1 (P36980) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.075 M HEPES [PH 7.5] 1.2 M Ammonium Sulfate 分辨率 2.31 Å R-free 0.227
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 996–1287 突变:C1010A Complement factor H-related protein 2 × 1 (P36980) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.075 M HEPES [PH 7.5] 1.2 M Ammonium Sulfate 分辨率 2.31 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、116 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CO3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–297; UniProt 996–1287 作者链 C; PDB构建体 6–297; UniProt 996–1287

Complement factor H-related protein 2

Homo sapiens

UniProt P36980

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 145–270 未记录 Complement C3dg fragment × 1 (P01024) SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.075 M HEPES [PH 7.5] 1.2 M Ammonium Sulfate 分辨率 2.31 Å R-free 0.227
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 145–270 未记录 Complement C3dg fragment × 1 (P01024) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.075 M HEPES [PH 7.5] 1.2 M Ammonium Sulfate 分辨率 2.31 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FHR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 6–131; UniProt 145–270 作者链 D; PDB构建体 6–131; UniProt 145–270

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9n1z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9n1z
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9n1z
沉积日期 deposition_date2025-01-27
结构标题 titleStructure of C3d Bound to a Fragment of FHR-2
关键词 keywordscomplement system, C3, RCA, inhibitor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.13
零角强度 I(0) i0132361000.00
分子量 molecular_weight92669.0 kDa
排除体积 excluded_volume116200 ų
包络体积 envelope_volume152710 ų
水化壳体积 shell_volume38050 ų
包络直径 envelope_diameter129.5
壳层 Rg shell_rg39.27
包络 Rg envelope_rg34.98
形状 Rg shape_rg35.13
总 Rg total_rg35.42
总原子数 total_atoms6513
残基数 n_residues823
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.8
Rg (实空间) rg_real35.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.12
I(0) (实空间) i0_real1.3240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal132300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8721
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.3
偏度 Skewness skewness0.461
峰度 Kurtosis kurtosis-0.287
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14550000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.921; Smooth: 0.826

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)