9n4s

Composite map for GluK2-1xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 198.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

Rattus norvegicus

UniProt P42260

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 10 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–908 链 B; UniProt 1–908 链 C; UniProt 1–908 链 D; UniProt 1–908 未记录 Neuropilin and tolloid-like protein 2 × 1 (C6K2K4) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 17 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、106 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIK2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–908; UniProt 1–908 作者链 B; PDB构建体 1–908; UniProt 1–908 作者链 C; PDB构建体 1–908; UniProt 1–908 作者链 D; PDB构建体 1–908; UniProt 1–908

Neuropilin and tolloid-like protein 2

Rattus norvegicus

UniProt C6K2K4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 10 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–525 未记录 Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 × 4 (P42260) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 17 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 2J9 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NETO2_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–525; UniProt 1–525

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9n4s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9n4s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9n4s
沉积日期 deposition_date2025-02-03
结构标题 titleComposite map for GluK2-1xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
关键词 keywordsKainate receptor, GluK2, Ion Channel, Neto2, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier64.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron65.53
零角强度 I(0) i02532580000.00
分子量 molecular_weight441260.0 kDa
排除体积 excluded_volume559610 ų
包络体积 envelope_volume861590 ų
水化壳体积 shell_volume116020 ų
包络直径 envelope_diameter218.2
壳层 Rg shell_rg61.50
包络 Rg envelope_rg63.28
形状 Rg shape_rg65.50
总 Rg total_rg65.53
总原子数 total_atoms30988
残基数 n_residues3687
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax198.8
Rg (实空间) rg_real65.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.40
I(0) (实空间) i0_real2.5320e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal64.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2529000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8341
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary82.8
偏度 Skewness skewness0.458
峰度 Kurtosis kurtosis-0.205
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha132500000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.081

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)