SAXSdb — 9nbd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nbd
沉积日期 deposition_date	2025-02-13
最后修订 last_revision	2025-03-19
结构标题 title	AUGMIN Dimer
关键词 keywords	Augmin1345-Dimer, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	74.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.46 Å
零角强度 I(0) i0	1531030000.00
分子量 molecular_weight	320990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	398500 Å³
包络体积 envelope_volume	597130 Å³
水化壳体积 shell_volume	72616 Å³
包络直径 envelope_diameter	293.4 Å
壳层 Rg shell_rg	61.52 Å
包络 Rg envelope_rg	74.12 Å
形状 Rg shape_rg	75.49 Å
总 Rg total_rg	75.12 Å
总原子数 total_atoms	22553
残基数 n_residues	2842
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	233.0 Å
Rg (实空间) rg_real	74.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1519000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7721
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	55.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.499
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.625
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0085
最高正则化参数 α highest_alpha	49670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.703; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.019

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	AUGMIN subunit 1
分子量 formula_weight	33538.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M
原子数 atom_count	22553

MSDVTGDLAAVSEAKGGSDAARISEVKAWLTSQFEAVGKEVPNFEYTHRSITHLYNLATASQAKSQAATIVANDFRLKASEYRAQAARIREILESAGMSQESLPSNVVSSAQVLANVANLLNIRDTELSSFLVAMGDISLRKTGVEEKRAKAQKESNALLDYTRKAIQRLTYLKKILAQLEDDVVPCESQMENWKTNLEVMAVKEEQYIQQYKKYEMLLNRVGYTPKISHRELVEMAEHRKELDKMTKPVLDTLRSYQDLPPDKALAALAIEDKKRQFTAAEKYLEEVLQSALETNDE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	AUGMIN subunit 4
分子量 formula_weight	47825.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,N

MVKALQGAAQNLPADVNQLIDQLERHCLAPDGSLVTKSVYSDLQLAREEMSRERLRYLEAMAIYCEAVAMVEEYQQAISVANHGGIRDVQGLYPQLGLKNSPQVYETLEHRLVVAEAAQKLRLPLISDGGEIHEEEIEKWSILSRSSLDSASTSFTISSTSNSVNYANSSANSVAGGISLSAVDTDVVGGVPNRFLGITPAYLSYVQLQNTISMDMADYQMFLAREIEGRLKEKCDKLADAIVDDTDSSTGNRNSSARLPERVKFIIEEIERDEAALREDLYSADRKFAEYYNVLEQILGVLIKLVKDLKLEHQHKYNEMQKTWLCKRCETMNAKLRVLENVLLLETYTPDSISALHNIRNYLVEATEEASAAYNKAVTRLREYQGVDPHFDTIARQYHDIVKKLENMQWTIHQVEMDLKSHD

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	AUGMIN subunit 5
分子量 formula_weight	84325.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,O

MQSLSSSAPTPEAILEWLQKEMGYRQLGPYNGSSKSHVPSIDAIRKICRGNMIPIWNFLINRVKSEKTVERIRRNITVHGGSSNASIGSSVNPGKEESKSKGRRKDKTVTGESSSYAEDREAALQERELAAKEVERLRNIVRRQRKDLKARMLEVSREEAERKRMLDERANYRHKQALLEAYDQQCDEATRIFAEYHKRLQVYVNQANDAQRSVNSSNEVLSSLSANSEREAVYSTVKGTKSADDVILMETTRERNIRIVCDLLASRMIERIRNSFPAYEGNGICSLPELETAKLGFEYDGEITDEMKTVIVNSLRGPPLLLQAIAAYTLRIKTLISREMEKIDVRADAEMLRYKFENNRVTDNSSSDVSSPSNNQLLERQKAHVQQFLATEDALNKAAEARDLCHKFINRLHGSADTATHSFVGGTTQSGSNLRQFELDVWGKEREAAGLRASLNTLLSEIQRLNKLCAERKEAEDSLKKKWKKIEEFDARRSELETIYTTLLKANMDAVAFWNQQPLAAREYASATVIPASEVVVDISNSAKDFIEKEVSAFFQSPDNSLYMLPATPQGLARDPSAIPSICRISAALQYPAGLEGSDASLASVLESLEFCLRVRGSEACVLEDLAKAIDLVHIRQDLVESGHSLLDHAFRAQQKYERTTNYCLDLASEQENTISDQWLPELRTAVQNAQASSEHCKYVRGLLDEWWEQPASTVVDWVTVDGQSVAAWQNHVKQLLAFYDKESLRT

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	AUGMIN subunit 3
分子量 formula_weight	69809.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,P

MSSARLCSLVAELGYEGAGKLDPDSFEWPFQYDDARPILDWICSSLRPSNVLSLAELSLYEQFQRDGKLLEGDDLDQAYDSISAFSSRRNNQEAVFGAEESIKEVRDATLAHKAEALELQRQLRRLQTQYDLLTGQSSALIQGRRARVAATSAVSGQITAIEDSLSARNLQMNGVLGRLASTSQELAHYHSGEEDGIYLAYSDFHAYLAGDSACTKELNQWFAKQLDTGPYRLVAEEGKSKCSWVSLDDTSNMLRDLEKSQHQRVAELQRLRSIFGTSERQWIEAQVENAKQQAILLTLKSQVTSVEAHIHFDLHSLRRKHADLVEEISTLYQKEEKLLSETIPELCWELAQLQDTYILQGDYDLKVMRQELYISKQKVFINHLVNQLARHQFLKLACQLEKKNMLGAFSLLKVIESELQGYLSATRSRVGRCSALIQAASDVQEQGAVDDRDSFLHGVRDLLSIHSNTQAGLSTYVSAPAIIQQIVALQSDLSSLQSDLENSLPDDRNRCINELCTHIQNLQQLLFASSTTAQPILTPWPLMKELDEMGKINSKLSTAVEEVTLEHRNKREIVKHHAKDVELQRRVFVDFFCNPERLRNQVRELNALVRARQASSS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	8.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	6578

fit	/app/data/saxs_computation/nb/9nbd/9nbd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nb/9nbd/9nbd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nb/9nbd/9nbd.dat

AUGMIN Dimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)