SAXSdb — 9ndt

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase

Herpesviridae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 17–892	未记录	DNA replication helicase × 1 （P10189）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NDT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9NDA The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir 提交 2025-02-17	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–1058（1057 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9NDQ The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S 提交 2025-02-18	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–1058（1057 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9NDZ The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir 提交 2025-02-19	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1058（1058 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9NE0 The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir 提交 2025-02-19	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1040（1024 aa）	未记录	A1BXB Pritelivir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9NEB The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir 提交 2025-02-19	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1058（1058 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9NEE The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir 提交 2025-02-19	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1058（1058 aa）	未记录	A1BXB Pritelivir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9NEL The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir 提交 2025-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1058（1058 aa）	未记录	A1BXD Amenamevir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.20 Å
9NN2 Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir 提交 2025-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1058（1058 aa）	未记录	A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9NNP Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA 提交 2025-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1058（1058 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 4 mM immediately before vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9NQP Composite structure of HSV1 helicase-primase in complex with a forked DNA and pritelivir 提交 2025-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1058（1058 aa）	未记录	A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9UT1 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1058（1058 aa）	突变：R64T/R71E	A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9UT3 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1058（1058 aa）	突变：R64T/R71E	A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
9UT4 The primase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1058（1058 aa）	突变：R64T/R71E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
9UT5 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1058（1058 aa）	突变：R64T/R71E	A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
9UT6 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1058（1058 aa）	突变：R64T/R71E	A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
9UT7 The Primase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1058（1058 aa）	突变：R64T/R71E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
9VLQ herpes simplex virus type 1 helicase-primase structure in complex with ssDNA, ADP and magnesium ion 提交 2025-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–1058（1058 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIM_HHV11
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–876； UniProt 17–892

DNA replication helicase

Herpesviridae

UniProt P10189

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 38–882	未记录	DNA primase × 1 （P10236）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NDT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9NE0 The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir 提交 2025-02-19	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–882（847 aa）	未记录	A1BXB Pritelivir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9NEE The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir 提交 2025-02-19	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–882（846 aa）	未记录	A1BXB Pritelivir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9NEL The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir 提交 2025-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–882（843 aa）	未记录	A1BXD Amenamevir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.20 Å
9NN2 Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir 提交 2025-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–882（852 aa）	未记录	A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9NNP Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA 提交 2025-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–882（852 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 4 mM immediately before vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9NQP Composite structure of HSV1 helicase-primase in complex with a forked DNA and pritelivir 提交 2025-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–882（852 aa）	未记录	A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9UT1 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–882（882 aa）	未记录	A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9UT3 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–882（882 aa）	未记录	A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
9UT5 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–882（882 aa）	未记录	A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
9UT6 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–882（882 aa）	未记录	A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
9VLQ herpes simplex virus type 1 helicase-primase structure in complex with ssDNA, ADP and magnesium ion 提交 2025-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–882（882 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HELI_HHV11
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–845； UniProt 38–882

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ndt
沉积日期 deposition_date	2025-02-18
结构标题 title	The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S
关键词 keywords	Helicase, Primase, Forked DNA, REPLICATION, TRANSFERASE; REPLICATION, TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.95 Å
零角强度 I(0) i0	74527800.00
分子量 molecular_weight	68983.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86913 Å³
包络体积 envelope_volume	113520 Å³
水化壳体积 shell_volume	33082 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.78 Å
包络 Rg envelope_rg	29.14 Å
形状 Rg shape_rg	28.96 Å
总 Rg total_rg	29.62 Å
总原子数 total_atoms	4872
残基数 n_residues	616
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74530000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9034
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.599
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.983

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA primase
分子量 formula_weight	94733.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4872

PVEVTALYATDGCVITSSIALLTNSLLGAEPVYIFSYDAYTHDGRADGPTEQDRFEESRALYQASGGLNGDSFRVTFCLLGTEVGGTHQARGRTRPMFVCRFERADDVAALQDALAHGTPLQPDHIAATLDAEATFALHANMILALTVAINNASPRTGRDAAAAQYDQGASLRSLVGRTSLGQRGLTTLYVHHEVRVLAAYRRAYYGSAQSPFWFLSKFGPDEKSLVLTTRYYLLQAQRLGGAGATYDLQAIKDICATYAIPHAPRPDTVSAASLTSFAAITRFCCTSQYARGAAAAGFPLYVERRIAADVRETSALEKFITHDRSCLRVSDREFITYIYLAHFECFSPPRLATHLRAVTTHDPNPAASTEQPSPLGREAVEQFFCHVRAQLNIGEYVKHNVTPRETVLDGDTAKAYLRARTYAPGALTPAPAYCGAVDSATKMMGRLADAEKLLVPRGWPAFAPASPGEDTAGGTPPPQTCGIVKRLLRLAATEQQGPTPPAIAALIRNAAVQTPLPVYRISMVPTGQAFAALAWDDWARITRDARLAEAVVSAEAAAHPDHGALGRRLTDRIRAQGPVMPPGGLDAGGQMYVNRNEIFNGALAITNIILDLDIALKEPVPFRRLHEALGHFRRGALAAVQLLFPAARVDPDAYPCYFFKSACRPGPASVGSGSGLGNDDDGDWFPCYDDAGDEEWAEDPGAMDTSHDPPDDEVAYFDLCHEVGPTAEPRETDSPVCSCTDKIGLRVCMPVPAPYVVHGSLTMRGVARVIQQAVLLDRDFVEAIGSYVKNFLLIDTGVYAHGHSLRLPYFAKIAPDGPACGRLLPVFVIPPACKDVPAFVAAHADPRRFHFHAPPTYLASPREIRVLHSLGGDYV

来源 Source

来源生物 organism	Herpesviridae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA replication helicase
分子量 formula_weight	95015.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NFTSMHGVQPILKRIRELSQQQLDGAQVPHLQWFRDVAALESPAGLPLREFPFAVYLITGNAGSGKSTCVQTINEVLDCVVTGATRIAAQNMYAKLSGAFLSRPINTIFHEFGFRGNHVQAQLGQYPYTLTSNPASLEDLQRRDLTYYWEVILDLTKRALAASGGEELRNEFRALAALERTLGLAEGALTRLAPATHGALPAFTRSNVIVIDEAGLLGRHLLTAVVYCWWMINALYHTPQYAARLRPVLVCVGSPTQTASLESTFEHQKLRCSVRQSENVLTYLICNRTLREYARLSYSWAIFINNKRCVEHEFGNLMKVLEYGLPITEEHMQFVDRFVVPENYITNPANLPGWTRLFSSHKEVSAYMAKLHAYLKVTREGEFVVFTLPVLTFVSVKEFDEYRRLTHQPGLTIEKWLTANASRITNYSQSQDQDAGHMRCEVHSKQQLVVARNDVTYVLNSQIAVTARLRKLVFGFSGTFRAFEAVLRDDSFVKTQGETSVEFAYRFLSRLIFSGLISFYNFLQRPGLDATQRTLAYARMGELTAEILSLRPKSSGVPTQASVMADAGAPGERAFDFKQLGPRDGGPDDFPDDDLDVIFAGLDEQQLDVFYCHYTPGEPETTAAVHTQFALLKRAFLGRFRILQELFGEAFEVAPFSTYVDNVIFRGCEMLTGSPRGGLMSVALQTDNYTLMGYTYARVFAFADELRRRHATANVAELLEEAPLPYVVLRDQHGFMSVVNTNISEFVESIDSTELAMAINADYGISSKLAMTITRSQGLSLDKVAICFTPGNLRLNSAYVAMSRTTSSEFLRMNLNPLRERHERDDVISEHILSALRDPNVVIVY

来源 Source

来源生物 organism	Herpesviridae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52547

fit	/app/data/saxs_computation/nd/9ndt/9ndt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/9ndt/9ndt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/9ndt/9ndt.dat

The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA replication helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)