9nh0

In situ cryo-EM structure of PR and DotA-IcmX of the Legionella Dot/Icm T4SS machine at C1 symmetry

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IcmG (DotF)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 141	unknown peptide E × 18 unknown peptide F × 18 unknown peptide G × 18 unknown peptide H × 18 IcmK (DotH) × 18 （Q5ZYC2） IcmE (DotG) × 23 （Q5ZYC1） IcmX (IcmY) × 5 （Q5ZS30） DotA × 5 （Q5ZS33）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZYC0_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Ae； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Ak； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Aq； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Aw； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Bc； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Bi； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Bo； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Bu； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Ca； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Cg； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Cm； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Cs； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Cy； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 De； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Dk； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Dq； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Dw； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Ec； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

IcmK (DotH)

物种未注明

UniProt Q5ZYC2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 141	unknown peptide E × 18 unknown peptide F × 18 unknown peptide G × 18 unknown peptide H × 18 IcmG (DotF) × 18 （Q5ZYC0） IcmE (DotG) × 23 （Q5ZYC1） IcmX (IcmY) × 5 （Q5ZS30） DotA × 5 （Q5ZS33）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZYC2_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 Af； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Al； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ar； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ax； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Bd； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Bj； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Bp； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Bv； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Cb； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ch； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Cn； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ct； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Cz； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Df； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Dl； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Dr； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Dx； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ed； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

IcmE (DotG)

物种未注明

UniProt Q5ZYC1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 141	unknown peptide E × 18 unknown peptide F × 18 unknown peptide G × 18 unknown peptide H × 18 IcmG (DotF) × 18 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 18 （Q5ZYC2） IcmX (IcmY) × 5 （Q5ZS30） DotA × 5 （Q5ZS33）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZYC1_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 Ee； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Ef； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Eg； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Eh； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Ei； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Ej； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Ek； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 El； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Em； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 En； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Eo； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Ep； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Eq； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Er； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Es； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Et； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Eu； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Ev； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Fg； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Fh； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Fi； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Fj； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Fk； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048

IcmX (IcmY)

物种未注明

UniProt Q5ZS30

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 141	unknown peptide E × 18 unknown peptide F × 18 unknown peptide G × 18 unknown peptide H × 18 IcmG (DotF) × 18 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 18 （Q5ZYC2） IcmE (DotG) × 23 （Q5ZYC1） DotA × 5 （Q5ZS33）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZS30_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 Ew； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 Ex； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 Ey； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 Ez； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 Fa； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466

DotA

物种未注明

UniProt Q5ZS33

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 141	unknown peptide E × 18 unknown peptide F × 18 unknown peptide G × 18 unknown peptide H × 18 IcmG (DotF) × 18 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 18 （Q5ZYC2） IcmE (DotG) × 23 （Q5ZYC1） IcmX (IcmY) × 5 （Q5ZS30）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZS33_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 Fb； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Fc； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Fd； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Fe； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048 作者链 Ff； PDB构建体 1–1048； UniProt 1–1048

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nh0
沉积日期 deposition_date	2025-02-23
结构标题 title	In situ cryo-EM structure of PR and DotA-IcmX of the Legionella Dot/Icm T4SS machine at C1 symmetry
关键词 keywords	Type IVB Dot/Icm Secretion Machine, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9nh0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9nh0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9nh0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	74.31 Å
Rg（电子密度）	74.25 Å
总 Rg	74.40 Å
原子数	94015
残基数	12213
排除体积	1684000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9nh0__assembly_1__model_1`	141-meric （141）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	unknown peptide E
分子量 formula_weight	1679.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ag,Am,As,Ay,Be,Bk,Bq,Bw,Cc,Ci,Co,Cu,Da,Dg,Dm,Ds,Dy
原子数 atom_count	94015

CTDAALAALEYHKSNA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	unknown peptide F
分子量 formula_weight	910.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ab,Ah,An,At,Az,Bf,Bl,Br,Bx,Cd,Cj,Cp,Cv,Db,Dh,Dn,Dt,Dz

CVSMIGGSR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	unknown peptide G
分子量 formula_weight	1776.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ac,Ai,Ao,Au,Ba,Bg,Bm,Bs,By,Ce,Ck,Cq,Cw,Dc,Di,Do,Du,Ea

RVSIGGTVYTAKKYDD

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	unknown peptide H
分子量 formula_weight	505.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ad,Aj,Ap,Av,Bb,Bh,Bn,Bt,Bz,Cf,Cl,Cr,Cx,Dd,Dj,Dp,Dv,Eb

PFGAD

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	IcmG (DotF)
分子量 formula_weight	29730.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ae,Ak,Aq,Aw,Bc,Bi,Bo,Bu,Ca,Cg,Cm,Cs,Cy,De,Dk,Dq,Dw,Ec

MMAEHDQNNDEYKFAELDSYDMDQAGESDLDSEASYQSGKEGLTKKKDIKRNALIAIGAVVFIMVMYKIIGWMFFSDKSSQVTSKPAIPPVTQVATPQPVQTIPTTTPIQQVQPTTIIEDDPDLKKKVSAIEMTQQSLRSEVNALSEQINAVNNNIKNLNAQIVNLNQIIGNMSNQIARQSEVINVLMARTTPKKVVKVSRPIVQARIIYYIQAVIPGRAWLIGSNGSTLTVREGSKIPGYGMVKLIDSLQGRILTSSGQVIKFSQEDS

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	IcmK (DotH)
分子量 formula_weight	38958.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Af,Al,Ar,Ax,Bd,Bj,Bp,Bv,Cb,Ch,Cn,Ct,Cz,Df,Dl,Dr,Dx,Ed

MMKKYDQLCKYCLVIGLTFSMSCSIYAADQSDDAQQALQQLRMLQQKLSQNPSPDAQSGAGDGGDNAASDSTQQPNQSGQANAPAANQTATAGGDGQIISQDDAEVIDKKAFKDMTRNLYPLNPEQVVKLKQIYETSEYAKAATPGTPPKPTATSQFVNLSPGSTPPVIRLSQGFVSSLVFLDSTGAPWPIAAYDLGDPSSFNIQWDKTSNTLMIQATKLYNYGNLAVRLRGLNTPVMLTLIPGQKAVDYRVDLRVQGYGPNAKSMPTEEGIPPSANDLLLHVLEGVPPPGSRRLVVSGGDARAWLSNEKMYVRTNLTILSPGWLASMTSADGTHAYEMQKSPVLLVSWHGKVMQLKVEGL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	IcmE (DotG)
分子量 formula_weight	107911.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ee,Ef,Eg,Eh,Ei,Ej,Ek,El,Em,En,Eo,Ep,Eq,Er,Es,Et,Eu,Ev,Fg,Fh,Fi,Fj,Fk

MASKKENLKSLFSNTRTRVIIIFTAALLIIAVVIGFFKIRGATTGSIAAAEVSTVPGGIQSIPGVLDPTAQYAKLQEEQNITQAQVAEKTGGSAIPTIIRTQALGEGVGVIGSQSGVGFAALAQEELGGPQRSLWIQELQDGSCSKSVITKVVNQGAQLTDLKAACSCVQLKDSGYGLQELEQVCECKELKSAGYNARQLKEAGYSAGRLRNCGFDACELRNAGFTAQEMKDGGFSDGELKGAGFSDAEIAKASGLPDGITADDVRKAGCGAAALAKLRQAGVSASAIRKISGCTAEQLKAAGYTAKELKDAGFSAADLRRAGFSAAELKDAGFTARDLLNAGFTPADLAKAGFSDAQIKAAQAELPPGITPQDVKNAGCDVEALKKEREAGVSAALIRQYAGCSAQALKAAGFTDADLANAGFTPAQISAATPLSDAEIKAAGCDPDKLKKLFSAGVSAKRIKELNGCSAEALKAAGYDAQSLLAAGFTPQELLAAGFTPKQLEDAGLNPVSIIADGRVADCSVESLKKARAAGVSALTIKQTLGCSAAALKAAGYTAKELKDAGFTAAELKAAGFSAKELKDAGFTAKELRDAGFSAQELKDVGFSAKDLKDAGFSAAELKAAGFTAAQLKAAGFSAKDLKDAGFSAAELKAAGFSAKELKDAGFSASDLKNAGFSAKELKDAGFSASDLKSAGFSASELKNAGYSADELKKAGYTSAELRNAGFSPQESAVAGLQGPDLQQLDSSITGIPSIPGATPRPTTSDAASSAEQLQAILQKQNEQLAEQKYQQEIQQRTSDMLTAATQLVQDWKQVETQVYTEGTEETKTSGGESAVPGTGTGTGSNNQPVDQGAVSAQNQAIIKTGDIMFAVLDTSVNSDEPGPILATIVTGKLKGSKLIGSFNLPSNADKMVITFNTMSIPGAEKTISISAYAIDPNTARTALASRTNHHYLMRYGSLFASSFLQGFGNAFQSANTTITIGGTGGGNNITVANGVGRSTLENAVIGLATVGKAWSQQAQQLFNTPTTVEVYSGTGLGILFTQDVTTI

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	IcmX (IcmY)
分子量 formula_weight	50712.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ew,Ex,Ey,Ez,Fa

MKVLPKLALANLVCFTTLSVFAQPADPSGQQTSTNTSNLVTYLTNLGKYLGYDITQSSKAPNPPYSQLFNSNVVQLVQNYAYNTFLGAIPVDAMSQSLMNFVTDKVQGNSLINNLANTTFKYQNFSAPSSGADGKITANGLIDQSTASAQTPTTPGIFSAPQITTSGTYLNDPVSQAVFNILGTPDYSFCMDNEQKNWLPNCNLMYQNLVMQNVIGTLPPAQTSGSTPAFYSYKYNQPLISQLNSNSLIAPLLMDTSASQSGQDSGLTAKSQAQQALNFIRYASAQVTPPSLPKLSAYSELWNQATAKPNSAGYNEVQQKQAAATLSSYFNNLRVYAAQTSVGVSNLYYILSKRLPQNMSADQSNANITSQALNEFNMATRRLFDPTASNTPGQPNQQWIKQINDASPATVQKEIAILLAEINYQMYLDRQIQERILLTNSIMLLQNLKAAQPTADFSSQGSPSEQ

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DotA
分子量 formula_weight	113235.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Fb,Fc,Fd,Fe,Ff

MNKLAITVLLCFFPALALAENGALSFAPPASDLSVVFLGNLFGVVDGVLHGTGSQIMGNMFGVFNSAVLALGGIIIMYTLMVSTMNTAHEGQMLGQKWSSIWIPLRSTFGLALLIPKASGYCMMQVFFMWVIVQGVGAADKIWEAALSYLNRGGVIIQAQADPTKSLQAAGSSSSGVAKGALTILGGQICMLGLQKQLQAQRDLYLSQSKSPPCGGNPTPEMNTFCRTAIPDFISTVNFVKKQNDDTPKDLTANQPASFELDMPNFDKSSPFYFLNGICGTVKWNNISALNSTNQSDNKGLVTVGGAGSNSSMGANSLNITSSQLQTARLSRAIAIQQMYVTLSTVAQVMVNNDPAFSTTTSTGNSKNDFSAIAKQQFGVPYKSSGEVCTEYQQVCQTWGSVPSSTGSTTGVLFNGTEFLGAINDYNGIMMPTLNLIRQATSKEFDKKSRDFIAEANAKGWIMAGSYFFDLVKLNGSATEFADQFDTGTGLDKSSFDPTQLTKPFGKTCQDPYSLLCTWFQNKSDKLIQIQSLIDGVPALGQDGVKQPDLSDNPQRQSVSGPLSSTVYGFVNNSMMVQLPGQPGIKPLTFANLINFKVDTSLYYMKHQDFDCGRVKILFFSFCLGRMMGDLFYNYVFRYVYNFFLAIFGEMINSIVMAFLMIPLQGMKDIFIVGVQTLTQPGINPIVALANMGTMYINFSGTLWLTLLNMAVVSSLIPLFGIFIFALIMMAMPLLMAWIGTMVSIGFVTAYYIPVLPYMIFTFGSFAWLIAVIEAMVAAPIVALGVTHPEGNEAFGKGEFAIMILVNVFLRPSLMIIGYIAAIALSYVGVWILNAGFDHAISYIQSDQGIETWEKGTSSNDAKRFFQSAGNWTGAKMDTSQWDNFKDKLTGDYQSTALEGGYTGWAGVYAFFFSILIYTSMYLIIVQKAFTLIAHLPDKVLRWIGGSPESFGQETMQWGEEAKGRVEKAGEATYGAEKAIGDKLGAKGQEMLGKLGPQAKKISENAGDVSGKGKNSGGSQTGPSSKPDTGQQLGGSDSGTPTSTPPPE

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.63 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	37503

In situ cryo-EM structure of PR and DotA-IcmX of the Legionella Dot/Icm T4SS machine at C1 symmetry

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IcmG (DotF)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IcmK (DotH)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IcmE (DotG)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IcmX (IcmY)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DotA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9nh0__assembly_1__model_1

9nh0__assembly_1__model_1 | I(q)

9nh0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (2)