9nm5

Crystal structure of human glutamine synthetase in complex with ADP and phosphinothricin phosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nm5
沉积日期 deposition_date	2025-03-04
最后修订 last_revision	2026-03-11
结构标题 title	Crystal structure of human glutamine synthetase in complex with ADP and phosphinothricin phosphate
关键词 keywords	Ligase, glutamine synthetase, glufosinate, ADP; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.73 Å
零角强度 I(0) i0	2845310000.00
分子量 molecular_weight	424420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	520960 Å³
包络体积 envelope_volume	647860 Å³
水化壳体积 shell_volume	109620 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.2 Å
壳层 Rg shell_rg	56.00 Å
包络 Rg envelope_rg	45.31 Å
形状 Rg shape_rg	45.73 Å
总 Rg total_rg	46.04 Å
总原子数 total_atoms	29672
残基数 n_residues	3700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.3 Å
Rg (实空间) rg_real	45.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2847000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8829
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.004
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.489
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	250100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.862

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamine synthetase
分子量 formula_weight	42134.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.1.2,2.3.1.225
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,H,I
原子数 atom_count	33375

MTTSASSHLNKGIKQVYMSLPQGEKVQAMYIWIDGTGEGLRCKTRTLDSEPKCVEELPEWNFDGSSTLQSEGSNSDMYLVPAAMFRDPFRKDPNKLVLCEVFKYNRRPAETNLRHTCKRIMDMVSNQHPWFGMEQEYTLMGTDGHPFGWPSNGFPGPQGPYYCGVGADRAYGRDIVEAHYRACLYAGVKIAGTNAEVMPAQWEFQIGPCEGISMGDHLWVARFILHRVCEDFGVIATFDPKPIPGNWNGAGCHTNFSTKAMREENGLKYIEEAIEKLSKRHQYHIRAYDPKGGLDNARRLTGFHETSNINDFSAGVANRSASIRIPRTVGQEKKGYFEDRRPSANCDPFSVTEALIRTCLLNETGDEPFQYKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Glutamine synthetase
分子量 formula_weight	42118.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.1.2,2.3.1.225
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,J

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2S)-2-AMINO-4-[METHYL(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]BUTANOIC ACID
分子量 formula_weight	261.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3560

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	183.398 Å
晶胞边长 b length_b	130.981 Å
晶胞边长 c length_c	191.624 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	37.540 Å
R 因子 r_factor	0.1322
R_work r_work	0.1307
R_free r_free	0.1594

fit	/app/data/saxs_computation/nm/9nm5/9nm5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nm/9nm5/9nm5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nm/9nm5/9nm5.dat

Crystal structure of human glutamine synthetase in complex with ADP and phosphinothricin phosphate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)