9otm

Human glutamine synthetase filament under turnover conditions

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 196.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9otm
沉积日期 deposition_date	2025-05-27
结构标题 title	Human glutamine synthetase filament under turnover conditions
关键词 keywords	Glutamine synthetase, glutamate-ammonia ligase, filament, Type II, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.93 Å
零角强度 I(0) i0	11191200000.00
分子量 molecular_weight	850450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1043900 Å³
包络体积 envelope_volume	1528300 Å³
水化壳体积 shell_volume	186060 Å³
包络直径 envelope_diameter	213.2 Å
壳层 Rg shell_rg	71.66 Å
包络 Rg envelope_rg	65.14 Å
形状 Rg shape_rg	66.90 Å
总 Rg total_rg	67.07 Å
总原子数 total_atoms	59650
残基数 n_residues	7440
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	196.2 Å
Rg (实空间) rg_real	66.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1190e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2360e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11190000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8306
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1946000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamine synthetase
分子量 formula_weight	42118.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.1.2,2.3.1.225
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	59650

MTTSASSHLNKGIKQVYMSLPQGEKVQAMYIWIDGTGEGLRCKTRTLDSEPKCVEELPEWNFDGSSTLQSEGSNSDMYLVPAAMFRDPFRKDPNKLVLCEVFKYNRRPAETNLRHTCKRIMDMVSNQHPWFGMEQEYTLMGTDGHPFGWPSNGFPGPQGPYYCGVGADRAYGRDIVEAHYRACLYAGVKIAGTNAEVMPAQWEFQIGPCEGISMGDHLWVARFILHRVCEDFGVIATFDPKPIPGNWNGAGCHTNFSTKAMREENGLKYIEEAIEKLSKRHQYHIRAYDPKGGLDNARRLTGFHETSNINDFSAGVANRSASIRIPRTVGQEKKGYFEDRRPSANCDPFSVTEALIRTCLLNETGDEPFQYKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	40

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLUTAMINE
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	468883

fit	/app/data/saxs_computation/ot/9otm/9otm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ot/9otm/9otm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ot/9otm/9otm.dat