SAXSdb — 9nn1

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H(+)-transporting two-sector ATPase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–617 链 C； UniProt 1–617 链 E； UniProt 1–617	未记录	V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） Yeast V-ATPase subunit G × 3 V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NN1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 A 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）链 E 1–617（617 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 A 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）链 E 1–617（617 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 A 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）链 E 1–617（617 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.70 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 A 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）链 E 1–617（617 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 A 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）链 E 1–617（617 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 A 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）链 E 1–617（617 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 A 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）链 E 1–617（617 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 A 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）链 E 1–617（617 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B3LH69_YEAS1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 C； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 E； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617

V-type proton ATPase subunit E

物种未注明

UniProt P22203

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–233 链 I； UniProt 1–233 链 K； UniProt 1–233	未记录	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） Yeast V-ATPase subunit G × 3 V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NN1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KZ9 Structure of E1-69 of Yeast V-ATPase 提交 2010-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 AMBIENT NMR样品组成 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 8.30 Å
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–233（233 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–233（233 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–233（233 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.82 Å R-free 0.277
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）链 M 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 i 1–233（233 aa）链 k 1–233（233 aa）链 m 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）链 M 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 i 1–233（233 aa）链 k 1–233（233 aa）链 m 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 G 1–233（233 aa）链 I 1–233（233 aa）链 K 1–233（233 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 21 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATE_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 I； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 K； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

V-type proton ATPase subunit D

物种未注明

UniProt P32610

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–256	未记录	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） Yeast V-ATPase subunit G × 3 V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NN1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 8.30 Å
4RND Crystal Structure of the subunit DF-assembly of the eukaryotic V-ATPase. 提交 2014-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–256（256 aa）链 C 1–256（256 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, 1.2 M Ammonium citrate monobasic, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.18 Å R-free 0.232
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 G 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 g 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 G 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 g 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 M 1–256（256 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 19 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATD_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

V-type proton ATPase subunit F

物种未注明

UniProt P39111

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–118	未记录	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） Yeast V-ATPase subunit G × 3 V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NN1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 8.30 Å
4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–94（94 aa）片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94	突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.33 Å R-free 0.212
4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–94（94 aa）片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94	突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.33 Å R-free 0.212
4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–94（94 aa）片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94	突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.33 Å R-free 0.212
4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–94（94 aa）片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94	突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.33 Å R-free 0.212
4RND Crystal Structure of the subunit DF-assembly of the eukaryotic V-ATPase. 提交 2014-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–118（118 aa）链 D 1–118（118 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, 1.2 M Ammonium citrate monobasic, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.18 Å R-free 0.232
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 O 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 o 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 N 2–118（117 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 N 1–118（118 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 19 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATF_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Restriction of telomere capping protein 5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt B3LJG1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 1–567	突变：N-terminal His tag	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） Yeast V-ATPase subunit G × 3 V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NN1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 R 1–567（567 aa）	突变：N-terminal 6xHis-tag	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 R 1–567（567 aa）	突变：N-terminal 6xHis tag	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	RTC5_YEAS1
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–567； UniProt 1–567

V-type proton ATPase subunit B

物种未注明

UniProt P16140

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–517 链 D； UniProt 1–517 链 F； UniProt 1–517	未记录	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） Yeast V-ATPase subunit G × 3 V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NN1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 8.30 Å
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 D 1–517（517 aa）链 E 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 d 1–517（517 aa）链 e 1–517（517 aa）链 f 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 D 1–517（517 aa）链 E 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 d 1–517（517 aa）链 e 1–517（517 aa）链 f 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 B 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 B 1–517（517 aa）链 D 1–517（517 aa）链 F 1–517（517 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 18 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATB_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 D； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 F； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nn1
沉积日期 deposition_date	2025-03-04
结构标题 title	Yeast V1-ATPase bound to Rtc5p
关键词 keywords	Vacuolar ATPase, V1-ATPase, Rtc5p, protein structure, PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.15 Å
零角强度 I(0) i0	4216860000.00
分子量 molecular_weight	551770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	693230 Å³
包络体积 envelope_volume	1002800 Å³
水化壳体积 shell_volume	142890 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.2 Å
壳层 Rg shell_rg	62.91 Å
包络 Rg envelope_rg	56.35 Å
形状 Rg shape_rg	56.15 Å
总 Rg total_rg	56.34 Å
总原子数 total_atoms	77843
残基数 n_residues	4941
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.6 Å
Rg (实空间) rg_real	56.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4218000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8510
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	68.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.030
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	633600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.821

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H(+)-transporting two-sector ATPase
分子量 formula_weight	67796.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	77843

MAGAIENARKEIKRISLEDHAESEYGAIYSVSGPVVIAENMIGCAMYELVKVGHDNLVGEVIRIDGDKATIQVYEETAGLTVGDPVLRTGKPLSVELGPGLMETIYDGIQRPLKAIKEESQSIYIPRGIDTPALDRTIKWQFTPGKFQVGDHISGGDIYGSVFENSLISSHKILLPPRSRGTITWIAPAGEYTLDEKILEVEFDGKKSDFTLYHTWPVRVPRPVTEKLSADYPLLTGQRVLDALFPCVQGGTTCIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDAIIYVGCGERGNEMAEVLMEFPELYTEMSGTKEPIMKRTTLVANTSNMPVAAREASIYTGITLAEYFRDQGKNVSMIADSSSRWAEALREISGRLGEMPADQGFPAYLGAKLASFYERAGKAVALGSPDRTGSVSIVAAVSPAGGDFSDPVTTATLGITQVFWGLDKKLAQRKHFPSINTSVSYSKYTNVLNKFYDSNYPEFPVLRDRMKEILSNAEELEQVVQLVGKSALSDSDKITLDVATLIKEDFLQQNGYSTYDAFCPIWKTFDMMRAFISYHDEAQKAVANGANWSKLADSTGDVKHAVSSSKFFEPSRGEKEVHGEFEKLLSTMQERFAESTD

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E
分子量 formula_weight	26508.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,K

MSSAITALTPNQVNDELNKMQAFIRKEAEEKAKEIQLKADQEYEIEKTNIVRNETNNIDGNFKSKLKKAMLSQQITKSTIANKMRLKVLSAREQSLDGIFEETKEKLSGIANNRDEYKPILQSLIVEALLKLLEPKAIVKALERDVDLIESMKDDIMREYGEKAQRAPLEEIVISNDYLNKDLVSGGVVVSNASDKIEINNTLEERLKLLSEEALPAIRLELYGPSKTRKFFD

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Yeast V-ATPase subunit G
分子量 formula_weight	13735.7 kDa
突变 mutation	N-terminal FLAG tag
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J,L

MDYKDDDDKSQKNGIATLLQAEKEAHEIVSKARKYRQDKLKQAKTDAAKEIDSYKIQKDKELKEFEQKNAGGVGELEKKAEAGVQGELAEIKKIAEKKKDDVVKILIETVIKPSAEVHINAL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit D
分子量 formula_weight	29235.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSGNREQVFPTRMTLGLMKTKLKGANQGYSLLKRKSEALTKRFRDITKRIDDAKQKMGRVMQTAAFSLAEVSYATGENIGYQVQESVSTARFKVRARQENVSGVYLSQFESYIDPEINDFRLTGLGRGGQQVQRAKEIYSRAVETLVELASLQTAFIILDEVIKVTNRRVNAIEHVIIPRTENTIAYINSELDELDREEFYRLKKVQEKKQNETAKLDAEMKLKRDRAEQDASEVAADEEPQGETLVADQEDDVIF

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit F
分子量 formula_weight	13479.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MAEKRTLIAVIADEDTTTGLLLAGIGQITPETQEKNFFVYQEGKTTKEEITDKFNHFTEERDDIAILLINQHIAENIRARVDSFTNAFPAILEIPSKDHPYDPEKDSVLKRVRKLFGE

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Restriction of telomere capping protein 5
分子量 formula_weight	64368.3 kDa
突变 mutation	N-terminal His tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MGQSSSISSSNEEGSSHSKKFTNSKDILAYFNNKAQQQVTIPELVSFKGNLQIEDLNTPISHKALCNSLYFPQNHAMIVGIVTNMLRVLSNFPLMKSSYEPITGYGLLKCILLLNRARCAKFLKTKSYDQLKLLFISLSLQKTDKEELSEESENDGNKELTIKQIITGFDDVDTEMLCIPADFMLQFLTWLLILTVDCPTTNSKLDNTETHDQWGNFKVSALNLLRTMNPDVVGDIESHSITFQQFSTAIRTVMPNLLKPLENLMEHFFYLQHDLVDHDTNLSSIQDSKVMTPALLAQLSTGLPKELFIHKLQSLYIGRKSGFSMRSLQAKVFKWMAPSILVVSGMRITNSEEYAAEKNPRYRHFLEEFPKLKESDQMMDASHLNKRKTTFAVYIDDPWKVTNKDYFGDLNTRIIEISPRQDIYKVNQKGTIYFNTIGGGIGIGDKQPLIKPASKRYIPGNVSLTFDSTLEFAVFRNTGYGGSLDPGLLSMERKEENSPYELHFLIQDVEVWGCGGEKELEEQIKQLEWEEAESKRRQQINLRSLGEDRALLEMAGLVGQHQGGGSM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit B
分子量 formula_weight	57815.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MVLSDKELFAINKKAVEQGFNVKPRLNYNTVSGVNGPLVILEKVKFPRYNEIVNLTLPDGTVRQGQVLEIRGDRAIVQVFEGTSGIDVKKTTVEFTGESLRIPVSEDMLGRIFDGSGRPIDNGPKVFAEDYLDINGSPINPYARIYPEEMISTGVSAIDTMNSIARGQKIPIFSASGLPHNEIAAQICRQAGLVRPTKDVHDGHEENFSIVFAAMGVNLETARFFKQDFEENGSLERTSLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEYLAYQTERHVLTILTDMSSYADALREVSAAREEVPGRRGYPGYMYTDLSTIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIFVDRQLHNKGIYPPINVLPSLSRLMKSAIGEGMTRKDHGDVSNQLYAKYAIGKDAAAMKAVVGEEALSIEDKLSLEFLEKFEKTFITQGAYEDRTVFESLDQAWSLLRIYPKEMLNRISPKILDEFYDRARDDADEDEEDPDTRSSGKKKDASQEESLI

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	67351

fit	/app/data/saxs_computation/nn/9nn1/9nn1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nn/9nn1/9nn1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nn/9nn1/9nn1.dat

Yeast V1-ATPase bound to Rtc5p

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H(+)-transporting two-sector ATPase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Restriction of telomere capping protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)