SAXSdb — 9nyg

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nyg
沉积日期 deposition_date	2025-03-27
结构标题 title	LmuABC-DNA
关键词 keywords	LmuABC-DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.35 Å
零角强度 I(0) i0	329808000.00
分子量 molecular_weight	143340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	177740 Å³
包络体积 envelope_volume	247710 Å³
水化壳体积 shell_volume	51824 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.00 Å
包络 Rg envelope_rg	41.95 Å
形状 Rg shape_rg	41.37 Å
总 Rg total_rg	41.43 Å
总原子数 total_atoms	10061
残基数 n_residues	1197
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	329700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8087
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.607
峰度 Kurtosis kurtosis	0.078
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.651; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.709; Smooth: 0.846

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	LmuC
分子量 formula_weight	20310.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	10061

MIKNLEIQMLKPENNLEKEAWEINNPAMCSYMLWIATLAYYQKQKEPIHPSRLFCLFPFILYSDTRNVLLSSKGSLKSYLAKFSNSKAISGDIPLSIHFRIDIQKNKTLDALIVAFDSGLLVIDSDSGLIKPNVSIKPLPNSKLTDTIKELVYCSTKIGRWLSEMTNQDLARDLKVIF

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein
分子量 formula_weight	44584.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKDNSTSAVSSWLGYKIQEYRLTQRLLEANNSSCIGFEILDDLEEHTGSTSTFEQDKISTTGRNIVSNHSKDLWKTLSNWMDLIDSGEIDVDNTIFLLFTNKRCHSEVLQLLSTSQATEEASKAFDEILKIVSHPSPSIANYLNNFSKSKTDACRLISKFTYIYGSGSAPHDLRESYKLHRLGALEEHLDEIMYEILGWVSDVLTLAAEKRQPTIVRAKDFGARLGEIESKYRQKTILNYFCNRSSESEDVQNTIKDAPNYIKQLNLINVDDSELEEAAIANLETKDAVVEWTLNGDVQDYSYRYYQRELRRCWGIQKQKIHLDFNGRPETEVGQRLYIECLNNVTRYYLENKKVGDFFAHGTLHSMADKLTIGWHPEFDKKLGDPDA

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	DUF3732 domain-containing protein
分子量 formula_weight	74726.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,B

MFFQIEKVVLWSKEAKHKPRVIEFALNKVNLITGSSKSGKSSLIPIIDYCLGSSKCSIPVNTIRDTTAWYGVQIKTKHSRLLIARRDPSNQLSTSNAFFVEAENIEIPQNIEKHNVNIDTVKNRLNEISGVSNISFDFYDTGRIDKKRTSTRDLSAFNYQPQNIIANPNALFYKTDSFEHKSKLVTILPYVLGALSNTDIENQHRIKNLEEEYRKVERRLLKLKRQNEDWLSSAQAYVIKAMELGLVNSDKDIYQLKPERLLNVLKNIATKEIDYSTSAANIKYASEQEAEITKRSRDISNNLAKVKSRLQNINSMNRLANTHSDASRLKRERLSLSKWLLTQNDINSSLFSEPNEIRSLVLEPLARAFSNLEAELEVPIHVQGALSREKIYLEGELTRLASEMKDVNTQLKILRGNKRKLGYDAFSVGKFVGEVEKALSLMGESESESELSKEYKRLKKELSVLRLKIDPREFERKTKLQLAKVNKLASDWLPHLDTENPNAPISLHEKELTITVNSSGREDYLWEIGSGANWLSYHVAITLALHQHFSSLEASPVPNYIIYDQPSQVYFPSKLRHQATPEEDELALLEQDEDIVQVKKIFEAFNGAIEKTKDNLQIIVLDHAPSTLVKSIPKGHLVEEWRNGIKLIPLDWL

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	6221.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GTGATAGTTAGAAACGTAAT

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	5121.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ACGTTTCTAACTATCAC

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.930 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	190887

fit	/app/data/saxs_computation/ny/9nyg/9nyg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ny/9nyg/9nyg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ny/9nyg/9nyg.dat

LmuABC-DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)