9o3w

Human 80S ribosome bound to IDB-001 stalled on MYC nascent chain

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 242.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9o3w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9o3w
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9o3w
沉积日期 deposition_date2025-04-07
结构标题 titleHuman 80S ribosome bound to IDB-001 stalled on MYC nascent chain
关键词 keywords;translation inhibitor, interdictor, ribosome, cryogenic-electron microscopy (cryo-EM), ribotoxic stress response, cancer, MYC, TRANSLATION ;; TRANSLATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier94.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron94.63
零角强度 I(0) i0415399000000.00
分子量 molecular_weight2969200.0 kDa
排除体积 excluded_volume2507500 ų
包络体积 envelope_volume5535600 ų
水化壳体积 shell_volume440110 ų
包络直径 envelope_diameter312.2
壳层 Rg shell_rg111.30
包络 Rg envelope_rg94.28
形状 Rg shape_rg94.95
总 Rg total_rg94.25
总原子数 total_atoms212226
残基数 n_residues16782
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax242.8
Rg (实空间) rg_real91.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real3.9850e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.5780e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal96.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal417600000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9119
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary106.2
偏度 Skewness skewness0.106
峰度 Kurtosis kurtosis-0.623
角度范围 angular_range— – 0.0800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.8486
最高正则化参数 α highest_alpha15540000000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 0.953; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (90)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)