SAXSdb — 9p1i

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p1i
沉积日期 deposition_date	2025-06-10
结构标题 title	Atomic structure of vibrio effector fragment VopV bound to Beta-cytoplasmic/gamma1-cytoplasmic F-actin
关键词 keywords	actin, Vibrio, effector proteins, T3SS, cryo-EM, actin isoforms, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	94.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	98.55 Å
零角强度 I(0) i0	4644700000.00
分子量 molecular_weight	565760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	703560 Å³
包络体积 envelope_volume	1000000 Å³
水化壳体积 shell_volume	104400 Å³
包络直径 envelope_diameter	372.8 Å
壳层 Rg shell_rg	59.17 Å
包络 Rg envelope_rg	99.82 Å
形状 Rg shape_rg	98.56 Å
总 Rg total_rg	98.02 Å
总原子数 total_atoms	39612
残基数 n_residues	5016
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	258.6 Å
Rg (实空间) rg_real	87.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4290e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	83.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4491000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8248
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.446
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.848
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.4405
最高正则化参数 α highest_alpha	47500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.011; Oscil: 0.696; Stabil: 0.981; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.790; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, cytoplasmic 1
分子量 formula_weight	41795.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b
原子数 atom_count	39624

MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 polymer

描述 description	VopV
分子量 formula_weight	244355.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n

MINSLNIQNTGSISELGQSPNLTINSAPAPSVLPRSEALANSNDVLPSAVTAQDSCFEQGEEKLTENNNVNKPAKNKKVNCKSNKYNNKTKAKTHLAAIAGATTLGAVLAPFTGGLSLLPTAFVVLFGNASALAMYGGSEFFLGQNAINKEEVPKDKLKEKETPETALKRTPERPIFPRYLERRTHFDEVDGLKRNGPDSFNVTNNYYSPTFNINVGDYFFNNQTNNRDESKAEDKPFAESAAQSDVSSQTTTLFDEAIQNMGQLQVVDVSEISPDTLFSEVTDHATNIGTEDTVDNLLGALESCHLQSGQAKLVKVTLEGGLQAYLGGISDDTADALPPVVTENVTSSPVKKWPEVKIPARIITTSGNASVDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVSSSSTPSQSTATSSKGSVNTERSATQTGTPAQADSTKGVEPNVSTPEQKPSADASNGEPTSVQGKTSEGIDSGVGTPESTPSMDAATGEPNTADDKHAVGESTPTHESGESVASVESEPASSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASVDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVSSSSTPSPSTAPSSKGSVNAEGNAPQTGTPAQAGSSKGVEPNVATPEQKPSADVSSGEPTSAQGNASEGIDSGVATPEQKPSADAFSGEPTSAQGNASEGIDAGVATPEQKPSMGASSGEPTSAQGNASEGTDSGVGTPESTPSVDAATGEPNTADDKNAVGESTPTHESGESVPSVESEQASSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASIDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVPASSTPSASTGPSSKGSVNAEGNAPQTGTPAQAGSSKGVEPNVATPEQKPSADASSGEPTAAQGNASEGIDSGVGTPESTPSVDAATGEPNTADDKNAVGESTPTHESGESVPSVESEQASSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASIDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVPASSTPSPSSAPSSNGSVNAEGNAPQTGTPTQAGSSNVEPSVATPEQKPSADASSGEPISTQGNAPESIDSGVATPEQKPSAEASSGEPTSAQGNASEGIDSGVDTPESTPSVDAATGEPNTADNKNAAGESTPSVEPEQAPSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASIDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVPASSTPSASTAPSSKGSVNAEGNAPQTGTPAQAGSANVEPKVATPEQKTSADVSRGEPTLTQGNAPEGIDSGVATPEQKPSVSGSTDEPTLAQGNAPEGIDAGVSTPESTPSVDAATGEPNTADDKNAAGESIPTLAEGATPTHESGESVPSVEPEQTSSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASIDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVPASSTPSASTAASSKGSVNAEGNAPQTGTPAQAGSSNVEPSVATPEQKPSADAFSGEPTSAQGNAPEGIDAGVSTPESTPSVDAATGEPNTADDKNAAGESIPTLAEGATPTHESGESVPSVEPEQTSSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASIDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVPASSTPSASTAASSKGSVNAEGNAPQTGTPAQAGSSNVEPSVATPEQKPSVSGSTDEPTLAQGNASEGIDAGVSTPESTPSVDAATGEPNTADNKNAAGESIPTLAEGATPTHESGESVPSVEPEQTSSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASIDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVPASSTPSASTAASSKGSVNAEGNAPQTGTPAQAGSSNVEPSVATPEQKPSADAFSGEPTSAQGNAPEGIDAGVSTPESTPSVDAATGEPNTADDKNAAGESIPTLAEGATPTHESGESVPSVEPEQTSSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASIDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVPASSTPSASTAASSKGSVNAEGNAPQTGTPAQAGSSNVEPSVATPEQKPSVSGSTDEPTLAQGNASEGIDAGVSTPESTPSVDAATGEPNTADNKNAVGESSPTHESGESVPSVEPEQTSSGPAKRWPEVKTPARVITSAGNASIDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRVPASSTPSASTAASSKGSVNAEGNAPQTGTPAQAGSSNVEPSVATPEQKPSADAFSGEPTSAQGNAPEGIDAGVSTPESTPSVDEVNHLATSQEKEVSESSFTHRSEIKFHVNAEIDTDINPLGERFTSTLKVNLGSGQASIQTQASDSFVDWQSAQVEDGIEFKEAVLVTEDVKDEILWATGELNDGPELRFAKKIDNSSAQNFESGLDNQRTASSGVARNEGSTKEVVGSVSGKKWKVNMPAPVLTTQGMMSGHARNYTQGILNNIRDLNTTRKEYETTLVSGLVGSNSSVSIWAHSERSMVVPVANSSNFKMM

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio parahaemolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	670
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	140672

fit	/app/data/saxs_computation/p1/9p1i/9p1i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p1/9p1i/9p1i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p1/9p1i/9p1i.dat

Atomic structure of vibrio effector fragment VopV bound to Beta-cytoplasmic/gamma1-cytoplasmic F-actin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)