9p3u

Zebrafish TRPM5 E337A mutant with 5mM calcium and 0.5mM CBTA

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CALCIUM ION × 4 Tigogenin × 4 5-chloro-N-[(5-chloro-1,3-thiazol-2-yl)methyl]-1,2-benzothiazol-6-amine × 4 ;(2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(10xi,13xi,22xi,25R)-5beta,14beta,17beta-spirostan-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside ; × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5P9VSM8_HRSV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 54–291； UniProt 1743–1980 作者链 B； PDB构建体 54–291； UniProt 1743–1980 作者链 C； PDB构建体 54–291； UniProt 1743–1980 作者链 D； PDB构建体 54–291； UniProt 1743–1980

RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5

Danio rerio

UniProt S5UH55

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CALCIUM ION × 4 Tigogenin × 4 5-chloro-N-[(5-chloro-1,3-thiazol-2-yl)methyl]-1,2-benzothiazol-6-amine × 4 ;(2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(10xi,13xi,22xi,25R)-5beta,14beta,17beta-spirostan-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside ; × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPM5_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 309–1473； UniProt 1–1165 作者链 B； PDB构建体 309–1473； UniProt 1–1165 作者链 C； PDB构建体 309–1473； UniProt 1–1165 作者链 D； PDB构建体 309–1473； UniProt 1–1165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p3u
沉积日期 deposition_date	2025-06-14
结构标题 title	Zebrafish TRPM5 E337A mutant with 5mM calcium and 0.5mM CBTA
关键词 keywords	TRPM5 channel, ion channel, cation channel, sodium channel, TRANSPORT PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9p3u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9p3u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9p3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.26 Å
Rg（电子密度）	50.67 Å
总 Rg	50.86 Å
原子数	30652
残基数	3984
排除体积	553170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9p3u__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5
分子量 formula_weight	166757.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.375,2.7.7.48,2.7.7.88
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,B,D
原子数 atom_count	30660

MHHHHHHHHAAASAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGMVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKSGLRSGLVPRGSGGRATMVEKSSERFDKQMAGRLGDIDFTGVSRTRGKFVRVTSSTDPAEIYQILTKQWGLAPPHLVVALMGGDEVAQLKPWLRDTLRKGLVKAAQSTGAWILTSGLRFGITKNLGQAVRDHSLASTSPKVRVVAIGIAPWNMIQNRDLLLSAKPDHPATYPTEDLPYGAVYSLDCNHSHFILVDEDPKRPGATGEMRVKMLKHISLQRTGYGGTGSIEIPVLCLLVHGEPRILQKMYKNIQNSIPWLILAGSGGVADILVTLMDRGCWDADIVQELLINTFPDGLHSTEITSWTKLIQRILDHGHLLTVHDPEQDSELDTVILKALVKACKSQSQEAQDFLDALKLAVAWNRVDIAKSEIFSGDVQWSAQDLEEVMMEALVNDKPDFVRLFVDNGVNIKQFLTYGRLQELYCSVSEKNLLHTLLLKKNQERQAQLARKRMSGNPNNELGDRKFRFTFHEVSKVLKDFLDDTCKGFYQKLPAERMGKGRLFHSQKNLPDMDRRCEHPWRDLFLWAILQNRQEMANYFWAMGPEAVAAALVGCKIMKEMAHLATEAESARSMKNAKYEQFAMDLFSECYSNSEDRAYSLLVRKTCCWSKATVLNIATLAEAKCFFAHDGVQALLTKVWWGAMRTDTSISRLVLTFFIPPLVWTSLIKFNPEEQVSKDEGEPFAELDSLETEQALLLTDGDPVAGEGSAETAARSCSATFIRVVLRRWNRFWSAPVTVFMGNVIMYFAFLILFSYVLLLDFRPPPPYGPSAAEIILYFWVFTLVLEEIRQSFFTDEDMSILKKMKLYVEDNWNKCDMVAISLFVVGLSCRMAMSTYEAGRTVLALDFMVFTLRLIHIFAIHKQLGPKIIIVERMIKDVFFFLFFLSVWLIAYGVTTQALLHPNDPRIDWVFRRALYRPYLHIFGQIPLEEIDAAKMPDDNCTTDVQEIILGTLPPCPNIYANWLVILLLVIYLLVTNVLLLNLLIAMFSYTFQVVQENADIFWKFQRYNLIVEYHSRPALAPPFIIISHITQALLSFIKKTENTQDLLERELPSGLDQKLMTWETVQKENYLAKLEHEHRESSGERLRYTSSKVQTLLRMVGGFKDQEKRMATVETEVRYCGEVLSWIAECFHKSTLKCDRDAPKAPRSIAGSSRDQQPQGAKRQQPGGHPAYGTDKKLPFIDHFE

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	Tigogenin
分子量 formula_weight	416.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	5-chloro-N-[(5-chloro-1,3-thiazol-2-yl)methyl]-1,2-benzothiazol-6-amine
分子量 formula_weight	316.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;(2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(10xi,13xi,22xi,25R)-5beta,14beta,17beta-spirostan-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside ;
分子量 formula_weight	843.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192713

Zebrafish TRPM5 E337A mutant with 5mM calcium and 0.5mM CBTA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9p3u__assembly_1__model_1

9p3u__assembly_1__model_1 | I(q)

9p3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Zebrafish TRPM5 E337A mutant with 5mM calcium and 0.5mM CBTA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9p3u__assembly_1__model_1

9p3u__assembly_1__model_1 | I(q)

9p3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)