9p4z

Human EAAT3 with sodium bound at inward facing state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 78.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p4z
沉积日期 deposition_date	2025-06-17
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	Human EAAT3 with sodium bound at inward facing state
关键词 keywords	hEAAAT3, Sodium bound, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.51 Å
零角强度 I(0) i0	27159900.00
分子量 molecular_weight	45131.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58876 Å³
包络体积 envelope_volume	69315 Å³
水化壳体积 shell_volume	25699 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.1 Å
壳层 Rg shell_rg	29.74 Å
包络 Rg envelope_rg	22.99 Å
形状 Rg shape_rg	22.54 Å
总 Rg total_rg	23.42 Å
总原子数 total_atoms	3167
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6937
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.287
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.327
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4246000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.154; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.948

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Excitatory amino acid transporter 3
分子量 formula_weight	57275.2 kDa
突变 mutation	N178T, N195T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3167

GPMGKPARKGCEWKRFLKNNWVLLSTVAAVVLGITTGVLVREHSNLSTLEKFYFAFPGEILMRMLKLIILPLIISSMITGVAALDSNVSGKIGLRAVVYYFCTTLIAVILGIVLVVSIKPGVTQKVGEIARTGSTPEVSTVDAMLDLIRNMFPENLVQACFQQYKTKREEVKPPSDPEMTMTEESFTAVMTTAISKTKTKEYKIVGMYSDGINVLGLIVFCLVFGLVIGKMGEKGQILVDFFNALSDATMKIVQIIMCYMPLGILFLIAGKIIEVEDWEIFRKLGLYMATVLTGLAIHSIVILPLIYFIVVRKNPFRFAMGMAQALLTALMISSSSATLPVTFRCAEENNQVDKRITRFVLPVGATINMDGTALYEAVAAVFIAQLNDLDLGIGQIITISITATSASIGAAGVPQAGLVTMVIVLSAVGLPAEDVTLIIAVDWLLDRFRTMVNVLGDAFGTGIVEKLSKKELEQMDVSSEVNIVNPFALESTILDNEDSDTKKSYVNGGFAVDKSDTISFTQTSQF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
分子量 formula_weight	544.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	2.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	165684

fit	/app/data/saxs_computation/p4/9p4z/9p4z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p4/9p4z/9p4z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p4/9p4z/9p4z.dat