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9pdp

In situ cryoEM structure of bacteriophage P22 portal barrel

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 156.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

Lederbergvirus P22

UniProt P26744

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 602–710 链 B； UniProt 602–710 链 C； UniProt 602–710 链 D； UniProt 602–710 链 E； UniProt 602–710 链 F； UniProt 602–710 链 G； UniProt 602–710 链 H； UniProt 602–710 链 I； UniProt 602–710 链 J； UniProt 602–710 链 K； UniProt 602–710 链 L； UniProt 602–710 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9PDP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3LJ5 Full Length Bacteriophage P22 Portal Protein 提交 2010-01-25 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 B 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 C 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 D 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 E 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 F 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 G 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 H 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 I 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 J 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 K 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
链 L 1–725（725 aa） 片段：UNP residues 1-725
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；30% tert-Butanol, 70mM sodium chloride, 2.5% PEG 400, 0.1M sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 7.50 Å R-free 0.263
4V4K Bacteriophage P22 Portal Protein bound to middle Tail Factor GP4. This file contain the second biological assembly 提交 2010-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 M 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 N 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 O 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 P 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 Q 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 R 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 S 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 T 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 U 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 V 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 W 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 X 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.236
4V4K Bacteriophage P22 Portal Protein bound to middle Tail Factor GP4. This file contain the second biological assembly 提交 2010-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 B 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 C 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 D 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 E 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 F 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 G 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 H 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 I 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 J 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 K 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
链 L 1–602（602 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-602
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.236
5GAI Probabilistic Structural Models of Mature P22 Bacteriophage Portal, Hub, and Tailspike proteins 提交 2015-12-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric
链 A 5–725（721 aa）
链 B 5–725（721 aa）
链 C 5–725（721 aa）
链 D 5–725（721 aa）
链 E 5–725（721 aa）
链 F 5–725（721 aa）
链 G 5–725（721 aa）
链 H 5–725（721 aa）
链 I 5–725（721 aa）
链 J 5–725（721 aa）
链 W 5–725（721 aa）
链 X 5–725（721 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging.
分辨率 10.50 Å
5JJ1 Structure of the Immature Procapsid Conformation of P22 Portal Protein 提交 2016-04-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 B 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 C 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 D 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 E 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 F 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 G 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 H 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 I 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 J 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 K 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
链 L 1–602（602 aa） 片段：UNP residues 1-602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；5% PEG 8,000, 10 mM Cesium Chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.315
5JJ3 Refined Structure of the Mature Virion Conformation of P22 Portal Protein 提交 2016-04-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–725（725 aa）
链 B 1–725（725 aa）
链 C 1–725（725 aa）
链 D 1–725（725 aa）
链 E 1–725（725 aa）
链 F 1–725（725 aa）
链 G 1–725（725 aa）
链 H 1–725（725 aa）
链 I 1–725（725 aa）
链 J 1–725（725 aa）
链 K 1–725（725 aa）
链 L 1–725（725 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30% tert-butanol, 70 mM sodium chloride, 2.5% PEG400 in 0.1 M sodium acetate
分辨率 7.00 Å R-free 0.260
8EAO Cryo-EM structure of the in-situ gp1-gp4 complex from bacteriophage P22 提交 2022-08-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 B 6–626（621 aa）
链 D 6–626（621 aa）
链 F 6–626（621 aa）
链 H 6–626（621 aa）
链 J 6–626（621 aa）
链 L 6–626（621 aa）
链 N 6–626（621 aa）
链 P 6–626（621 aa）
链 R 6–626（621 aa）
链 T 6–626（621 aa）
链 V 6–626（621 aa）
链 X 6–626（621 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8TVU In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 portal protein: head-to-tail protein complex at 3.0A resolution 提交 2023-08-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 1–725（725 aa）
链 B 1–725（725 aa）
链 D 1–725（725 aa）
链 F 1–725（725 aa）
链 H 1–725（725 aa）
链 J 1–725（725 aa）
链 L 1–725（725 aa）
链 N 1–725（725 aa）
链 P 1–725（725 aa）
链 R 1–725（725 aa）
链 T 1–725（725 aa）
链 W 1–725（725 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8U10 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp4:gp5:gp10:gp9 N-term complex in conformation 1 at 3.2A resolution 提交 2023-08-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric
链 a 1–725（725 aa）
链 b 1–725（725 aa）
链 c 1–725（725 aa）
链 d 1–725（725 aa）
链 e 1–725（725 aa）
链 f 1–725（725 aa）
链 g 1–725（725 aa）
链 h 1–725（725 aa）
链 i 1–725（725 aa）
链 j 1–725（725 aa）
链 k 1–725（725 aa）
链 l 1–725（725 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8U11 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution 提交 2023-08-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric
链 a 1–725（725 aa）
链 b 1–725（725 aa）
链 c 1–725（725 aa）
链 d 1–725（725 aa）
链 e 1–725（725 aa）
链 f 1–725（725 aa）
链 g 1–725（725 aa）
链 h 1–725（725 aa）
链 i 1–725（725 aa）
链 j 1–725（725 aa）
链 k 1–725（725 aa）
链 l 1–725（725 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9KYW The scaffold C-loop of phage P22 提交 2024-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–725（725 aa）
链 L 1–725（725 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.70 Å
9PGG Cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1-gp5-gp4 complex at 2.76 angstrom 提交 2025-07-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 Bb 1–725（725 aa）
链 Bd 1–725（725 aa）
链 Bf 1–725（725 aa）
链 Bh 1–725（725 aa）
链 Bj 1–725（725 aa）
链 Bl 1–725（725 aa）
链 Bn 1–725（725 aa）
链 Bp 1–725（725 aa）
链 Br 1–725（725 aa）
链 Bt 1–725（725 aa）
链 Bv 1–725（725 aa）
链 Bx 1–725（725 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PORTL_BPP22
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 B； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 C； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 E； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 F； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 G； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 H； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 I； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 J； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 K； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710 作者链 L； PDB构建体 1–109； UniProt 602–710

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pdp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pdp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pdp
沉积日期 deposition_date2025-06-30
结构标题 titleIn situ cryoEM structure of bacteriophage P22 portal barrel
关键词 keywordsbacteriophage, portal barrel, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.96 Å
零角强度 I(0) i0355820000.00
分子量 molecular_weight144610.0 kDa
排除体积 excluded_volume177760 ų
包络体积 envelope_volume301520 ų
水化壳体积 shell_volume60229 ų
包络直径 envelope_diameter161.5 Å
壳层 Rg shell_rg45.16 Å
包络 Rg envelope_rg45.95 Å
形状 Rg shape_rg47.86 Å
总 Rg total_rg48.11 Å
总原子数 total_atoms10140
残基数 n_residues1296
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax156.1 Å
Rg (实空间) rg_real47.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.76 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.2310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal355600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7321
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.6 Å
偏度 Skewness skewness0.629
峰度 Kurtosis kurtosis-0.193
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha92440000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.473; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.103
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)