SAXSdb — 9pe7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–301	突变：E21V, K26T, T106R, Q149E	A1CIF (3R,4R)-4-({(4M)-5-fluoro-4-[4-fluoro-2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-1,3-benzimidazol-6-yl]pyrimidin-2-yl}amino)-1-(methanesulfonyl)piperidin-3-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；Well volume: 100.0 uL Well Ingredients: Precipitant: 4.0 %w/v (8.0 uL of stock 50.0 %w/v) PEG 3350 Salt: 5.0 mM (5.0 uL of stock 100.0 mM) Calcium chloride dihydrate Salt: 0.0928571429 M (9.2857142857 uL of stock 1.0 M) Ammonium Nitrate Plate setup temperature: 21 C Plate incubation temperature: 13 C Drop volume from well: 1.0 uL Drop protein volume: 1.0 uL Protein formulation name: LJIC-3730A1 + PF-6825089 b Protein Formulation Composition: Protein: CDK6 mutated to look like CDK4 (6.87 mg/mL) Compound: PF-6825089 (1.00 mM)	分辨率 2.05 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PE7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BI7 MECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUCTURE OF THE CDK6-P16INK4A TUMOR SUPPRESSOR COMPLEX 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.40 Å R-free 0.330
1BI8 MECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUCTURES CDK6-P19INK4D INHIBITOR COMPLEX 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–326（326 aa）链 C 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.308
1BLX P19INK4D/CDK6 COMPLEX 提交 1998-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–326（326 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–326（326 aa）链 E 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–326（326 aa）链 E 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
1JOW Crystal structure of a complex of human CDK6 and a viral cyclin 提交 2001-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–308（308 aa）片段：residues 1-308	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris/HCL, sodium chloride, PEG 3350, calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.323
1XO2 Crystal structure of a human cyclin-dependent kinase 6 complex with a flavonol inhibitor, fisetin 提交 2004-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–308（308 aa）	未记录	FSE 3,7,3',4'-TETRAHYDROXYFLAVONE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å R-free 0.313
2EUF X-ray structure of human CDK6-Vcyclin in complex with the inhibitor PD0332991 提交 2005-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–308（308 aa）片段：fragment 1-308	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 LQQ 6-ACETYL-8-CYCLOPENTYL-5-METHYL-2-[(5-PIPERAZIN-1-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；50 mM Tris/HCl pH 8.0, 0.1 M CaAcetate, 10% PEG3350, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.306
2F2C X-ray structure of human CDK6-Vcyclinwith the inhibitor aminopurvalanol 提交 2005-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–308（308 aa）片段：fragment 1-308	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 AP9 (2S)-2-({6-[(3-AMINO-5-CHLOROPHENYL)AMINO]-9-ISOPROPYL-9H-PURIN-2-YL}AMINO)-3-METHYLBUTAN-1-OL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；50 mM Tris/HCl pH 8.0, 0.1 M CaOAc, 13% PEG 3350, 10 mM DTT, 0.1M sulfobetaine, 1mM inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.301
3NUP CDK6 (monomeric) in complex with inhibitor 提交 2010-07-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）片段：UNP residues 1-301	未记录	3NU 4-[3-(1-methylethyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；298 K；0.1M MES pH 6.0, 12% PEG3350, 0.1M NH4NO3, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
3NUX CDK6 (monomeric) in complex with inhibitor 提交 2010-07-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）片段：UNP residues 1-301	未记录	3NV 4-[5-chloro-3-(1-methylethyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-(5-piperazin-1-ylpyridin-2-yl)pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES pH 6.0, 12% PEG3350, 0.1M NH4NO3 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
4AUA Liganded X-ray crystal structure of cyclin dependent kinase 6 (CDK6) 提交 2012-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-301	未记录	4AU 1H-benzimidazol-2-yl(1H-pyrrol-2-yl)methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；287 K；5MG/ML 0.1 M MES/NAOH PH 5.7,, 4.5% W/V PEG 3350, 25 MM SODIUM NITRATE, 10% V/V GLYCEROL, 10 DEGREES CELSIUS	分辨率 2.31 Å R-free 0.277
4EZ5 CDK6 (monomeric) in complex with inhibitor 提交 2012-05-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）片段：UNP residues 1-301	未记录	0RS {5-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl}[2-(isoquinolin-4-yl)pyridin-4-yl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES pH 6.0, 12% PEG-3350, 0.1M NH4NO3, EVAPORATION, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
4TTH Crystal structure of a CDK6/Vcyclin complex with inhibitor bound 提交 2014-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–326（326 aa）	未记录	24V 9-cyclopentyl-N-(5-piperazin-1-ylpyridin-2-yl)pyrido[4,5]pyrrolo[1,2-d]pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10 mM TRIS pH 7.9, 100 mM calcium acetate, 10 mM DTT, 8-12% PEG 3350, 100 mM NDSB-201	分辨率 2.90 Å R-free 0.337
5L2I The X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Palbociclib. 提交 2016-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）片段：UNP residues 1-301	未记录	LQQ 6-ACETYL-8-CYCLOPENTYL-5-METHYL-2-[(5-PIPERAZIN-1-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；1:1 (protein to well buffer) with well buffer containing: 0.1 M MES pH 6.0, 70 - 80 mM NH4NO3, 10 - 15% polyethyleneglycol 3350.	分辨率 2.75 Å R-free 0.304
5L2S The X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Abemaciclib. 提交 2016-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）片段：UNP residues 1-301	未记录	6ZV N-{5-[(4-ethylpiperazin-1-yl)methyl]pyridin-2-yl}-5-fluoro-4-[4-fluoro-2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-benzimidazol-6-yl]py rimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；1:1 (protein to well buffer) with well buffer containing: 0.1 M MES pH 6.0, 70 - 80 mM NH4NO3, 10 - 15% polyethyleneglycol 3350	分辨率 2.27 Å R-free 0.249
5L2T The X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Ribociclib. 提交 2016-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）片段：UNP residues 1-301	未记录	6ZZ 7-cyclopentyl-N,N-dimethyl-2-{[5-(piperazin-1-yl)pyridin-2-yl]amino}-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；1:1 (protein to well buffer) with well buffer containing: 0.1 M MES pH 6.0, 70 - 80 mM NH4NO3, 10 - 15% polyethyleneglycol 3350	分辨率 2.37 Å R-free 0.258
6OQL CDK6 in complex with Cpd13 (R)-5-fluoro-4-(4-methyl-5,6,7,8-tetrahydro-4H-pyrazolo[1,5-a]azepin-3-yl)-N-(5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-2-yl)pyrimidin-2-amine 提交 2019-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–301（291 aa）片段：kinase domain	未记录	N1A 5-fluoro-N-[5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-2-yl]-4-[(4R)-4-methyl-5,6,7,8-tetrahydro-4H-pyrazolo[1,5-a]azepin-3-yl]pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；292 K；13-17% PEG 3350, 80 mM NH4NO3, 100 mM MES pH 6.0	分辨率 2.71 Å R-free 0.253
6OQO CDK6 in complex with Cpd24 N-(5-(6-ethyl-2,6-diazaspiro[3.3]heptan-2-yl)pyridin-2-yl)-5-fluoro-4-(4-methyl-5,6,7,8-tetrahydro-4H-pyrazolo[1,5-a]azepin-3-yl)pyrimidin-2-amine 提交 2019-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–301（291 aa）片段：kinase domain	未记录	N1J N-[5-(6-ethyl-2,6-diazaspiro[3.3]heptan-2-yl)pyridin-2-yl]-5-fluoro-4-[(4R)-4-methyl-5,6,7,8-tetrahydro-4H-pyrazolo[1,5-a]azepin-3-yl]pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；292 K；17 % w/v PEG 3,350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM NaCl, 20 mM L-Glutathione	分辨率 1.98 Å R-free 0.264
8I0M Structure of CDK6 in complex with inhibitor 提交 2023-01-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）	未记录	NJ6 2-[(4-azanylcyclohexyl)amino]-7-cyclopentyl-~{N},~{N}-dimethyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M BIS-TRIS pH 7.0, 20% PEG 4,000	分辨率 2.78 Å R-free 0.282
9D8U Crystal structure of CDK6 in complex with atirmociclib 提交 2024-08-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）	未记录	A1AZ4 Atirmociclib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；286.15 K；Well Ingredients: Salt: 0.133 M Ammonium Nitrate Precipitant: 5.09 %w/v PEG 3350 Buffer: 0.1 M MES (pH 6.00) Plate setup temperature: 21 C Plate incubation temperature: 13 C Drop volume from well: 0.3 uL Drop protein volume: 0.3 uL	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
9PE8 CDK6 to CDK4 active site surrogate in complex with PF-07220060 提交 2025-07-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–301（301 aa）	突变：E21V, K26T, T106R, Q149E	A1AZ4 Atirmociclib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；Well volume: 50.0 uL Well Ingredients: Salt: 0.2714285714 M (1.357142857 uL of stock 10.0 M) Ammonium Nitrate Precipitant: 9.4545454545 %w/v (9.4545454545 uL of stock 50.0 %w/v) PEG 3350 Buffer: 0.1 M (5.0 uL of stock 1.0 M) MES (pH 6.00) Plate setup temperature: 21 C Plate incubation temperature: 13 C Drop volume from well: 0.3 uL Drop protein volume: 0.3 uL Protein Formulation Composition: Protein: quad mutant (6.80 mg/mL) (0.20 mM) Ligand: PF-7220060 (1.00 mM)	分辨率 1.80 Å R-free 0.252

共 21 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pe7
沉积日期 deposition_date	2025-07-01
结构标题 title	CDK6 to CDK4 active site surrogate in complex with compound 6
关键词 keywords	Kinase, cell cycle, cancer, TRANSFERASE, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.24 Å
零角强度 I(0) i0	29150300.00
分子量 molecular_weight	28008.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27264 Å³
包络体积 envelope_volume	44948 Å³
水化壳体积 shell_volume	19676 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.53 Å
包络 Rg envelope_rg	19.55 Å
形状 Rg shape_rg	19.22 Å
总 Rg total_rg	19.96 Å
总原子数 total_atoms	2130
残基数 n_residues	262
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8884
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.321
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.302
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7971000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 6
分子量 formula_weight	35018.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22
突变 mutation	E21V, K26T, T106R, Q149E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2255

MEKDGLCRADQQYECVAEIGVGAYGTVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLRTYLDKVPEPGVPTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPENILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALTSVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSHPYFQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(3R,4R)-4-({(4M)-5-fluoro-4-[4-fluoro-2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-1,3-benzimidazol-6-yl]pyrimidin-2-yl}amino)-1-(methanesulfonyl)piperidin-3-ol ;
分子量 formula_weight	480.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.440 Å
晶胞边长 b length_b	101.440 Å
晶胞边长 c length_c	59.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	29.900 Å
R 因子 r_factor	0.2156
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2672

fit	/app/data/saxs_computation/pe/9pe7/9pe7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/9pe7/9pe7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/9pe7/9pe7.dat

CDK6 to CDK4 active site surrogate in complex with compound 6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction