9pgt

HIV Capsid Hexamer bound to Compound 12

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 146.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pgt
沉积日期 deposition_date	2025-07-08
结构标题 title	HIV Capsid Hexamer bound to Compound 12
关键词 keywords	Capsid, p24, HIV-1, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.42 Å
零角强度 I(0) i0	2418750000.00
分子量 molecular_weight	268150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	257740 Å³
包络体积 envelope_volume	493190 Å³
水化壳体积 shell_volume	88726 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.27 Å
包络 Rg envelope_rg	44.60 Å
形状 Rg shape_rg	45.41 Å
总 Rg total_rg	45.60 Å
总原子数 total_atoms	20187
残基数 n_residues	2564
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.6 Å
Rg (实空间) rg_real	45.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2419000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8767
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.187
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.395
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	150900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.773

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 capsid
分子量 formula_weight	25592.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	20738

MPIVQNLQGQMVHQCISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSCGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNAATETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVL

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[(1S)-1-[3-(4-chlorophenyl)pyridin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetamide
分子量 formula_weight	518.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	542

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.800 Å
晶胞边长 b length_b	156.660 Å
晶胞边长 c length_c	118.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	47.740 Å
R 因子 r_factor	0.2261
R_work r_work	0.2258
R_free r_free	0.2469

fit	/app/data/saxs_computation/pg/9pgt/9pgt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/9pgt/9pgt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/9pgt/9pgt.dat

HIV Capsid Hexamer bound to Compound 12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction