SAXSdb — 9pkf

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pkf
沉积日期 deposition_date	2025-07-14
最后修订 last_revision	2025-10-01
结构标题 title	Mur35 Fab with HBV c18I pMHC
关键词 keywords	HBV, pMHC, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.57 Å
零角强度 I(0) i0	115863000.00
分子量 molecular_weight	83335.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102790 Å³
包络体积 envelope_volume	143290 Å³
水化壳体积 shell_volume	35506 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.56 Å
包络 Rg envelope_rg	37.44 Å
形状 Rg shape_rg	36.55 Å
总 Rg total_rg	36.75 Å
总原子数 total_atoms	5887
残基数 n_residues	767
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	115800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7668
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.672
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.118
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.565; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.510; Smooth: 0.761

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I antigen
分子量 formula_weight	34359.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6045

MGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEPGSGGSGGSAGGGLNDIFEAQKIEW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Mur35 Heavy Chain
分子量 formula_weight	25724.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYTFTDHFMNWVRQSHGKSLEWIGDINPNNGGTSYNQKFKGKATLTVDKSSSTAFMEVRSLTSDDSAVYYCARRGYYGSFDYWGQGTTLTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCHHHHHHHHDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Mur35 Light Chain
分子量 formula_weight	23395.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

EIVMTQSPATLSLSPGERATLSCRASQGVSSSYFSWYQQTPGQAPRLLISGASTRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAVYYCQQDYNLPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	c18I peptide
分子量 formula_weight	1169.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

FLPSDFFPSI

Entity 5 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	174.169 Å
晶胞边长 b length_b	73.018 Å
晶胞边长 c length_c	72.921 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	45.420 Å
R 因子 r_factor	0.2502
R_work r_work	0.2474
R_free r_free	0.3027

fit	/app/data/saxs_computation/pk/9pkf/9pkf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pk/9pkf/9pkf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pk/9pkf/9pkf.dat

Mur35 Fab with HBV c18I pMHC

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)