SAXSdb — 9pnd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin beta-3 chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–450 链 D； UniProt 1–450	未记录	Detyrosinated tubulin alpha-1A chain × 2 （P68369） MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 EPB 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；Gibco Neurobasal Media cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBB3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–450； UniProt 1–450 作者链 D； PDB构建体 1–450； UniProt 1–450

Detyrosinated tubulin alpha-1A chain

物种未注明

UniProt P68369

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–451 链 C； UniProt 1–451	未记录	Tubulin beta-3 chain × 2 （Q9ERD7） MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 EPB 7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；Gibco Neurobasal Media cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PND	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8IXA GMPCPP-Alpha1A/Beta2A-microtubule decorated with kinesin non-seam region 提交 2023-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric	链 A 1–451（451 aa）链 B 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 D 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 F 1–451（451 aa）链 G 1–451（451 aa）链 H 1–451（451 aa）链 I 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8IXB GMPCPP-Alpha1A/Beta2A-microtubule decorated with kinesin seam region 提交 2023-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 F 1–451（451 aa）链 H 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8TO0 48-nm repeating structure of doublets from mouse sperm flagella 提交 2023-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 471 PDB 声明：471-meric	链 A5 1–451（451 aa）链 A7 1–451（451 aa）链 A9 1–451（451 aa）链 AM 1–451（451 aa）链 AO 1–451（451 aa）链 AQ 1–451（451 aa）链 AS 1–451（451 aa）链 AU 1–451（451 aa）链 AW 1–451（451 aa）链 AY 1–451（451 aa）链 Aj 1–451（451 aa）链 Al 1–451（451 aa）链 An 1–451（451 aa）链 Ap 1–451（451 aa）链 Ar 1–451（451 aa）链 At 1–451（451 aa）链 Av 1–451（451 aa）链 B0 1–451（451 aa）链 B2 1–451（451 aa）链 B4 1–451（451 aa）链 B8 1–451（451 aa）链 BA 1–451（451 aa）链 BC 1–451（451 aa）链 BE 1–451（451 aa）链 BO 1–451（451 aa）链 BQ 1–451（451 aa）链 BS 1–451（451 aa）链 BU 1–451（451 aa）链 BW 1–451（451 aa）链 BY 1–451（451 aa）链 Bc 1–451（451 aa）链 Be 1–451（451 aa）链 Bg 1–451（451 aa）链 Bi 1–451（451 aa）链 Bk 1–451（451 aa）链 Bm 1–451（451 aa）链 Br 1–451（451 aa）链 Bt 1–451（451 aa）链 Bv 1–451（451 aa）链 Bx 1–451（451 aa）链 Bz 1–451（451 aa）链 C0 1–451（451 aa）链 C1 1–451（451 aa）链 C3 1–451（451 aa）链 C8 1–451（451 aa）链 CB 1–451（451 aa）链 CD 1–451（451 aa）链 CF 1–451（451 aa）链 CH 1–451（451 aa）链 CJ 1–451（451 aa）链 CN 1–451（451 aa）链 CP 1–451（451 aa）链 CR 1–451（451 aa）链 CT 1–451（451 aa）链 CV 1–451（451 aa）链 CX 1–451（451 aa）链 Cc 1–451（451 aa）链 Ce 1–451（451 aa）链 Cg 1–451（451 aa）链 Ci 1–451（451 aa）链 Ck 1–451（451 aa）链 Cm 1–451（451 aa）链 Co 1–451（451 aa）链 Cs 1–451（451 aa）链 Cu 1–451（451 aa）链 Cw 1–451（451 aa）链 Cy 1–451（451 aa）链 D2 1–451（451 aa）链 D5 1–451（451 aa）链 D7 1–451（451 aa）链 D9 1–451（451 aa）链 DB 1–451（451 aa）链 DD 1–451（451 aa）链 DF 1–451（451 aa）链 DH 1–451（451 aa）链 DM 1–451（451 aa）链 DO 1–451（451 aa）链 DQ 1–451（451 aa）链 DS 1–451（451 aa）链 DU 1–451（451 aa）链 DW 1–451（451 aa）链 Db 1–451（451 aa）链 Dd 1–451（451 aa）链 Df 1–451（451 aa）链 Dh 1–451（451 aa）链 Dj 1–451（451 aa）链 Dl 1–451（451 aa）链 Dp 1–451（451 aa）链 Dr 1–451（451 aa）链 Dt 1–451（451 aa）链 Dv 1–451（451 aa）链 Dx 1–451（451 aa）链 Dz 1–451（451 aa）链 E3 1–451（451 aa）链 E5 1–451（451 aa）链 E7 1–451（451 aa）链 E9 1–451（451 aa）链 EA 1–451（451 aa）链 EC 1–451（451 aa）链 EE 1–451（451 aa）链 EG 1–451（451 aa）链 EJ 1–451（451 aa）链 EL 1–451（451 aa）链 EN 1–451（451 aa）链 EP 1–451（451 aa）链 ER 1–451（451 aa）链 ET 1–451（451 aa）链 EV 1–451（451 aa）链 EY 1–451（451 aa）链 Ea 1–451（451 aa）链 Ec 1–451（451 aa）链 Ee 1–451（451 aa）链 Eg 1–451（451 aa）链 Ei 1–451（451 aa）链 Ek 1–451（451 aa）链 Eo 1–451（451 aa）链 Eq 1–451（451 aa）链 Es 1–451（451 aa）链 Eu 1–451（451 aa）链 Ew 1–451（451 aa）链 Ey 1–451（451 aa）链 FA 1–451（451 aa）链 FC 1–451（451 aa）链 FG 1–451（451 aa）链 FI 1–451（451 aa）链 FK 1–451（451 aa）链 FM 1–451（451 aa）链 FO 1–451（451 aa）链 FQ 1–451（451 aa）链 FU 1–451（451 aa）链 FW 1–451（451 aa）链 FY 1–451（451 aa）链 Fa 1–451（451 aa）链 Fc 1–451（451 aa）链 Fe 1–451（451 aa）链 N 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）链 n 1–451（451 aa）链 p 1–451（451 aa）链 r 1–451（451 aa）链 t 1–451（451 aa）链 v 1–451（451 aa）链 x 1–451（451 aa）链 z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
9SFP Native cytoplasmic lattices from mouse oocytes 提交 2025-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric	链 a 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.20 Å
9XRL Structure of mouse cytoplasmic lattice (CPL) repeating unit 提交 2025-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric	链 AF 1–451（451 aa）链 AO 1–451（451 aa）链 u 1–451（451 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBA1A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 C； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pnd
沉积日期 deposition_date	2025-07-20
结构标题 title	In situ microtubule of EpoB-induced regenerating axons
关键词 keywords	cytoskeleton, microtubules, neuroregeneration, axon, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.80 Å
零角强度 I(0) i0	592869000.00
分子量 molecular_weight	196340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	243380 Å³
包络体积 envelope_volume	330110 Å³
水化壳体积 shell_volume	59070 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.34 Å
包络 Rg envelope_rg	53.19 Å
形状 Rg shape_rg	52.80 Å
总 Rg total_rg	52.56 Å
总原子数 total_atoms	13774
残基数 n_residues	1734
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.7 Å
Rg (实空间) rg_real	52.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	591700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6820
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.685
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.319
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	109400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.386; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.585; Smooth: 0.122

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin beta-3 chain
分子量 formula_weight	50467.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	13778

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPSGNYVGDSDLQLERISVYYNEASSHKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGAFGHLFRPDNFIFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKECENCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKVREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSIHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLATPTYGDLNHLVSATMSGVTTSLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTARGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVATVFRGRMSMKEVDEQMLAIQSKNSSYFVEWIPNNVKVAVCDIPPRGLKMSSTFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEEGEMYEDDDEESEAQGPK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Detyrosinated tubulin alpha-1A chain
分子量 formula_weight	50188.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLIGQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRTIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE
分子量 formula_weight	507.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.190 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	118551

fit	/app/data/saxs_computation/pn/9pnd/9pnd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pn/9pnd/9pnd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pn/9pnd/9pnd.dat

In situ microtubule of EpoB-induced regenerating axons

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin beta-3 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Detyrosinated tubulin alpha-1A chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)