9psn

Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-105 and CC12.3

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1 receptor binding domain

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	CC12.3 Fab heavy chain × 1 CC12.3 Fab light chain × 1 BoWLB-105 Fab heavy chain × 1 BoWLB-105 Fab light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	CC12.3 Fab heavy chain × 1 CC12.3 Fab light chain × 1 BoWLB-105 Fab heavy chain × 1 BoWLB-105 Fab light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–201； UniProt 333–533 作者链 T； PDB构建体 1–201； UniProt 333–533

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9psn
沉积日期 deposition_date	2025-07-25
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-105 and CC12.3
关键词 keywords	;COVID-19, SARS-CoV-2, Receptor binding domain, Antibody, IMMUNE SYSTEM, IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9psn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9psn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9psn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.80 Å
Rg（电子密度）	40.63 Å
总 Rg	41.04 Å
原子数	8203
残基数	1060
排除体积	145550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9psn__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9psn__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1 receptor binding domain
分子量 formula_weight	23520.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,T
原子数 atom_count	17097

TNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CC12.3 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23377.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,M

QVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTFYADSVKGRFTISRDNSKSTLYLQMNSLRVEDTAVYYCARDFGDFYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CC12.3 Fab light chain
分子量 formula_weight	23432.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,N

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPRTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	BoWLB-105 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23313.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,Q

EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYTFITYWIGWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVTISADKSINTAYLQWSSLTASDTAIYYCAGSSGSSTPMDVWGQGTTVTVSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	BoWLB-105 Fab light chain
分子量 formula_weight	24430.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,R

DIVMSQSPSSLTVSVGERVSMSCKSSQSLLYSTIQKNYLAWYQQKPGQSPKLLIYWASSRESGVPDRFTGSESGTDFTLTISSVKAEDLAVYYCQQYHSYPYTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	697

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晶胞边长 a length_a	55.130 Å
晶胞边长 b length_b	100.855 Å
晶胞边长 c length_c	127.536 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	87.92 °
晶胞夹角 β angle_beta	79.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.89 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	42.020 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2017
R_free r_free	0.2543

Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-105 and CC12.3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1 receptor binding domain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9psn__assembly_1__model_1

9psn__assembly_1__model_1 | I(q)

9psn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies BoWLB-105 and CC12.3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1 receptor binding domain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9psn__assembly_1__model_1

9psn__assembly_1__model_1 | I(q)

9psn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)