SAXSdb — 9puo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leptin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 22–167	突变：W100E	Neutralizing antibody Fab fragment, heavy chain × 1 Neutralizing antibody Fab fragment, light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Protein at 25 mg/ml in 20 mM Hepes pH 7.4 and 75 mM sodium chloride versus a reservoir with 18% PEG 8,000 and 20% glycerol.	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 22–167	突变：W100E	Neutralizing antibody Fab fragment, heavy chain × 1 Neutralizing antibody Fab fragment, light chain × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Protein at 25 mg/ml in 20 mM Hepes pH 7.4 and 75 mM sodium chloride versus a reservoir with 18% PEG 8,000 and 20% glycerol.	分辨率 3.10 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PUO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AX8 Human obesity protein, leptin 提交 1997-10-31	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–167（146 aa）	突变：W100E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.8M NA FORMATE, 100MM TRIS, PH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.283
1AX8 Human obesity protein, leptin 提交 1997-10-31	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 22–167（146 aa）	突变：W100E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.8M NA FORMATE, 100MM TRIS, PH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.283
7Z3Q Crystal structure of the human leptin:LepR-CRH2 encounter complex to 3.6 A resolution. 提交 2022-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–167（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Index screen HT #F1 0.2 M L-proline 0.1 M HEPES pH 7.5 10% PEG 3350 cryo: 25% PEG400	分辨率 3.62 Å R-free 0.305
7Z3Q Crystal structure of the human leptin:LepR-CRH2 encounter complex to 3.6 A resolution. 提交 2022-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 22–167（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Index screen HT #F1 0.2 M L-proline 0.1 M HEPES pH 7.5 10% PEG 3350 cryo: 25% PEG400	分辨率 3.62 Å R-free 0.305
7Z3Q Crystal structure of the human leptin:LepR-CRH2 encounter complex to 3.6 A resolution. 提交 2022-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 22–167（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Index screen HT #F1 0.2 M L-proline 0.1 M HEPES pH 7.5 10% PEG 3350 cryo: 25% PEG400	分辨率 3.62 Å R-free 0.305
8AVE Human leptin in complex with the human LEP-R ectodomain fused to a C-terminal trimeric isoleucine GCN4 zipper (2:2 model) 提交 2022-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–167（146 aa）链 C 22–167（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.62 Å
8AVF Human leptin in complex with the human LEP-R ectodomain fused to a C-terminal trimeric isoleucine GCN4 zipper (closed 3:3 model) 提交 2022-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 22–167（146 aa）链 C 22–167（146 aa）链 E 22–167（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.45 Å
8AVO Human leptin in complex with the human LEP-R ectodomain fused to a C-terminal trimeric isoleucine GCN4 zipper (open 3:3 model). 提交 2022-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 22–167（146 aa）链 C 22–167（146 aa）链 E 22–167（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.84 Å
8K6Z NMR structure of human leptin 提交 2023-07-26	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–167（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）5；压力 1 NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] leptin, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
8X80 Structure of leptin-LepR trimer with a small gap 提交 2023-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–167（167 aa）链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
8X81 Structure of leptin-LepR trimer with a large gap 提交 2023-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–167（167 aa）链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.77 Å
8X85 Structure of leptin-LepR dimer 提交 2023-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–146； UniProt 22–167 作者链 F； PDB构建体 1–146； UniProt 22–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9puo
沉积日期 deposition_date	2025-07-31
最后修订 last_revision	2025-11-05
结构标题 title	Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment bound to leptin
关键词 keywords	Antibody, FAB, leptin, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.19 Å
零角强度 I(0) i0	208680000.00
分子量 molecular_weight	115950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144640 Å³
包络体积 envelope_volume	202570 Å³
水化壳体积 shell_volume	43954 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.31 Å
包络 Rg envelope_rg	43.77 Å
形状 Rg shape_rg	43.17 Å
总 Rg total_rg	43.15 Å
总原子数 total_atoms	16168
残基数 n_residues	1084
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.4 Å
Rg (实空间) rg_real	43.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	208500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7395
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.746
峰度 Kurtosis kurtosis	0.116
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.580; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.599; Smooth: 0.270

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neutralizing antibody Fab fragment, heavy chain
分子量 formula_weight	23681.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	16168

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARSQVPSSYYYGMDVWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neutralizing antibody Fab fragment, light chain
分子量 formula_weight	22933.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGGNSNIGAGYHVHWYQQLPGAAPKLLIYGDTNRPSGVPDRFSGSQSGTSASLAITGLQADDEADYYCQSYDRSRGGWFFGGGTQLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLVSDFYPGAVTVAWKADGSPVKVGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCRVTHEGSTVEKTVAPAECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Leptin
分子量 formula_weight	15984.3 kDa
突变 mutation	W100E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

VPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSSKQKVTGLDFIPGLHPILTLSKMDQTLAVYQQILTSMPSRNVIQISNDLENLRDLLHVLAFSKSCHLPEASGLETLDSLGGVLEASGYSTEVVALSRLQGSLQDMLWQLDLSPGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.927 Å
晶胞边长 b length_b	48.534 Å
晶胞边长 c length_c	124.963 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.34 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	70.42 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.170 Å
R 因子 r_factor	0.2403
R_work r_work	0.2363
R_free r_free	0.2772

fit	/app/data/saxs_computation/pu/9puo/9puo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pu/9puo/9puo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pu/9puo/9puo.dat

Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment bound to leptin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leptin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)