9qcr

DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

X-ray repair cross-complementing protein 6

Homo sapiens

UniProt P12956

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 11 DNA 2 X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 (P13010) DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 (P78527) Histone H2AX × 2 (P16104) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) 153 bp DNA × 1 153 bp DNA × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–609; UniProt 1–609

X-ray repair cross-complementing protein 5

Homo sapiens

UniProt P13010

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 11 DNA 2 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 (P12956) DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 (P78527) Histone H2AX × 2 (P16104) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) 153 bp DNA × 1 153 bp DNA × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–732; UniProt 1–732

DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

物种未注明

UniProt P78527

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 11 DNA 2 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 (P13010) Histone H2AX × 2 (P16104) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) 153 bp DNA × 1 153 bp DNA × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRKDC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–4128; UniProt 1–4128

Histone H2AX

Homo sapiens

UniProt P16104

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 11 DNA 2 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 (P13010) DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 (P78527) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) 153 bp DNA × 1 153 bp DNA × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2AX_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–143; UniProt 1–143 作者链 G; PDB构建体 1–143; UniProt 1–143

Histone H2B type 1-J

Homo sapiens

UniProt P06899

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 11 DNA 2 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 (P13010) DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 (P78527) Histone H2AX × 2 (P16104) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) 153 bp DNA × 1 153 bp DNA × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B1J_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–126; UniProt 1–126 作者链 H; PDB构建体 1–126; UniProt 1–126

Histone H3.1

Homo sapiens

UniProt P68431

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 11 DNA 2 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 (P13010) DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 (P78527) Histone H2AX × 2 (P16104) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) Histone H4 × 2 (P62805) 153 bp DNA × 1 153 bp DNA × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H31_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 E; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 11 DNA 2 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 (P13010) DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 (P78527) Histone H2AX × 2 (P16104) Histone H2B type 1-J × 2 (P06899) Histone H3.1 × 2 (P68431) 153 bp DNA × 1 153 bp DNA × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103 作者链 F; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qcr
沉积日期 deposition_date2025-03-05
结构标题 titleDNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2
关键词 keywordsDNA-binding protein, NHEJ, Ku70/80, nucleosome, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qcr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qcr__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qcr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)77.79 Å
Rg(电子密度)76.31 Å
总 Rg76.53 Å
原子数46641
残基数5507
排除体积819890 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9qcr__assembly_1__model_1 13-meric (13) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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7. 引用文献 (1)