9qon

Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with Importin-9 and two homodimers of Akirin-2 - focussed refinement on the alpha subunits, Ipo-9 and Ak2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 132.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin-9

Homo sapiens

UniProt Q96P70

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1041 未记录 Akirin-2 × 3 (Q53H80) Proteasome subunit alpha type-3 × 1 (P25788) Proteasome subunit alpha type-6 × 1 (P60900) Proteasome subunit alpha type-2 × 1 (P25787) Proteasome subunit alpha type-4 × 1 (P25789) Proteasome subunit alpha type-7 × 1 (O14818) Proteasome subunit alpha type-5 × 1 (P28066) Proteasome subunit alpha type-1 × 1 (P25786) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IPO9_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1041; UniProt 1–1041

Akirin-2

Homo sapiens

UniProt Q53H80

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–203 链 C; UniProt 1–203 链 D; UniProt 1–203 未记录 Importin-9 × 1 (Q96P70) Proteasome subunit alpha type-3 × 1 (P25788) Proteasome subunit alpha type-6 × 1 (P60900) Proteasome subunit alpha type-2 × 1 (P25787) Proteasome subunit alpha type-4 × 1 (P25789) Proteasome subunit alpha type-7 × 1 (O14818) Proteasome subunit alpha type-5 × 1 (P28066) Proteasome subunit alpha type-1 × 1 (P25786) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AKIR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–203; UniProt 1–203 作者链 C; PDB构建体 1–203; UniProt 1–203 作者链 D; PDB构建体 1–203; UniProt 1–203

Proteasome subunit alpha type-3

Homo sapiens

UniProt P25788

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–255 未记录 Importin-9 × 1 (Q96P70) Akirin-2 × 3 (Q53H80) Proteasome subunit alpha type-6 × 1 (P60900) Proteasome subunit alpha type-2 × 1 (P25787) Proteasome subunit alpha type-4 × 1 (P25789) Proteasome subunit alpha type-7 × 1 (O14818) Proteasome subunit alpha type-5 × 1 (P28066) Proteasome subunit alpha type-1 × 1 (P25786) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 172 个其他 PDB 条目、175 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSA3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–255; UniProt 1–255

Proteasome subunit alpha type-6

Homo sapiens

UniProt P60900

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–246 未记录 Importin-9 × 1 (Q96P70) Akirin-2 × 3 (Q53H80) Proteasome subunit alpha type-3 × 1 (P25788) Proteasome subunit alpha type-2 × 1 (P25787) Proteasome subunit alpha type-4 × 1 (P25789) Proteasome subunit alpha type-7 × 1 (O14818) Proteasome subunit alpha type-5 × 1 (P28066) Proteasome subunit alpha type-1 × 1 (P25786) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 170 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSA6_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246

Proteasome subunit alpha type-2

Homo sapiens

UniProt P25787

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 1–234 未记录 Importin-9 × 1 (Q96P70) Akirin-2 × 3 (Q53H80) Proteasome subunit alpha type-3 × 1 (P25788) Proteasome subunit alpha type-6 × 1 (P60900) Proteasome subunit alpha type-4 × 1 (P25789) Proteasome subunit alpha type-7 × 1 (O14818) Proteasome subunit alpha type-5 × 1 (P28066) Proteasome subunit alpha type-1 × 1 (P25786) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 170 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–234; UniProt 1–234

Proteasome subunit alpha type-4

Homo sapiens

UniProt P25789

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 1–261 未记录 Importin-9 × 1 (Q96P70) Akirin-2 × 3 (Q53H80) Proteasome subunit alpha type-3 × 1 (P25788) Proteasome subunit alpha type-6 × 1 (P60900) Proteasome subunit alpha type-2 × 1 (P25787) Proteasome subunit alpha type-7 × 1 (O14818) Proteasome subunit alpha type-5 × 1 (P28066) Proteasome subunit alpha type-1 × 1 (P25786) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 170 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSA4_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–261; UniProt 1–261

Proteasome subunit alpha type-7

Homo sapiens

UniProt O14818

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 1–248 未记录 Importin-9 × 1 (Q96P70) Akirin-2 × 3 (Q53H80) Proteasome subunit alpha type-3 × 1 (P25788) Proteasome subunit alpha type-6 × 1 (P60900) Proteasome subunit alpha type-2 × 1 (P25787) Proteasome subunit alpha type-4 × 1 (P25789) Proteasome subunit alpha type-5 × 1 (P28066) Proteasome subunit alpha type-1 × 1 (P25786) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 170 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSA7_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–248; UniProt 1–248

Proteasome subunit alpha type-5

Homo sapiens

UniProt P28066

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–241 未记录 Importin-9 × 1 (Q96P70) Akirin-2 × 3 (Q53H80) Proteasome subunit alpha type-3 × 1 (P25788) Proteasome subunit alpha type-6 × 1 (P60900) Proteasome subunit alpha type-2 × 1 (P25787) Proteasome subunit alpha type-4 × 1 (P25789) Proteasome subunit alpha type-7 × 1 (O14818) Proteasome subunit alpha type-1 × 1 (P25786) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 170 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 PSA5_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–241; UniProt 1–241

Proteasome subunit alpha type-1

Homo sapiens

UniProt P25786

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:11-meric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 1–263 未记录 Importin-9 × 1 (Q96P70) Akirin-2 × 3 (Q53H80) Proteasome subunit alpha type-3 × 1 (P25788) Proteasome subunit alpha type-6 × 1 (P60900) Proteasome subunit alpha type-2 × 1 (P25787) Proteasome subunit alpha type-4 × 1 (P25789) Proteasome subunit alpha type-7 × 1 (O14818) Proteasome subunit alpha type-5 × 1 (P28066) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 170 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–263; UniProt 1–263

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qon

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qon
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qon
沉积日期 deposition_date2025-03-26
结构标题 titleTernary complex of the human 20S proteasome in complex with Importin-9 and two homodimers of Akirin-2 - focussed refinement on the alpha subunits, Ipo-9 and Ak2
关键词 keywords20S proteasome, 20S, proteasome, nuclear iport, akirin, akirin2, importin 9, importin, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.59
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.98
零角强度 I(0) i0816007000.00
分子量 molecular_weight235250.0 kDa
排除体积 excluded_volume294420 ų
包络体积 envelope_volume407190 ų
水化壳体积 shell_volume77113 ų
包络直径 envelope_diameter142.2
壳层 Rg shell_rg50.25
包络 Rg envelope_rg41.74
形状 Rg shape_rg41.96
总 Rg total_rg42.41
总原子数 total_atoms32930
残基数 n_residues2120
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.1
Rg (实空间) rg_real42.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18
I(0) (实空间) i0_real8.1600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal816200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9028
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary53.5
偏度 Skewness skewness0.086
峰度 Kurtosis kurtosis-0.595
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha106700000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.931

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)