9qru

Cryo-EM structure of the MMM ubiquitin ligase complex with nanobody 270 (Composite map)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 179.7 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qru
沉积日期 deposition_date	2025-04-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of the MMM ubiquitin ligase complex with nanobody 270 (Composite map)
关键词 keywords	;E3 Ubiquitin Ligase, Hedgehog Signaling, Single-pass Membrane Protein, Membrane Protein Complex, Smoothened, Tetraspanin, Cell Surface Receptor, Primary Cilium, Morphogen, Signal Transduction, Human, Carpenter Syndrome, Cancer, Nanobody, Palmitoylation, GDN, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.96 Å
零角强度 I(0) i0	305183000.00
分子量 molecular_weight	97034.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94105 Å³
包络体积 envelope_volume	230940 Å³
水化壳体积 shell_volume	34377 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.1 Å
壳层 Rg shell_rg	54.23 Å
包络 Rg envelope_rg	57.33 Å
形状 Rg shape_rg	59.94 Å
总 Rg total_rg	59.86 Å
总原子数 total_atoms	7350
残基数 n_residues	933
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	179.7 Å
Rg (实空间) rg_real	60.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	304300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.3524
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.301
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.191
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4041000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.142; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.078; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 4 of E3 ubiquitin-protein ligase MGRN1
分子量 formula_weight	59455.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
突变 mutation	R317E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	7376

MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDLNFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSLEFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDFSEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQKQIVDRVSYLLQEIYGIENKNNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLCTSCADTLRYQANNCPICELPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLAQSLEHDEHSNSDSVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGISDGLSQASCPLAAIDHILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEEDEEKLSEDVDAPPPLGGAELALRESSSPESFITEEVDESSSPQQGTRAASIENVLQDSSPEHCGRGPPADIYLPALGPDSCSVGIDEGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Modulator of smoothened protein
分子量 formula_weight	22594.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MDKLTIISGCLFLAADIFAIASIANPDWINTGESAGALTVGLVRQCQTIHGRDRTCIPPRLPPEWVTTLFFIIMGIISLTVTCGLLVASHWRREATKYARWIAFTGMILFCMAALIFPIGFYINEVGGQPYKLPNNTVVGSSYVLFVLSIFFTIVGLLFAGKVCLPGGTLEVLFQGPGGSGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Isoform 2 of Multiple epidermal growth factor-like domains protein 8
分子量 formula_weight	50353.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KCQCNGHADTCNEQDGTGCPCQNNTETGTCQGSSPSDRRDCYKYQCAKCRESFHGSPLGGQQCYRLISVEQECCLDPTSQTNCFHEPKRRALGPGRTVLFGVQPKFTNVDIRLTLDVTFGAVDLYVSTSYDTFVVRVAPDTGVHTVHIQPPPAPPPPPPPADGGPRGAGDPGGAGASSGPGAPAEPRVREVWPRGLITYVTVTEPSAVLVVRGVRDRLVITYPHEHHALKSSRFYLLLLGVGDPSGPGANGSADSQGLLFFRQDQAHIDLFVFFSVFFSCFFLFLSLCVLLWKAKQALDQRQEQRRHLQEMTKMASRPFAKVTVCFPPDPTAPASAWKPAGLPPPAFRRSEPFLAPLLLTGAGGPWGPMGGGCCPPAIPATTAGLRAGPITLEPTEDGMAGVATLLLQLPGGPHAPNGACLGSALVTLRHRLHEYCGGGGGAGGSGHGTGAGRKGLLSQDNLTSMSLGTETSQVAPA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody 270
分子量 formula_weight	14378.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGSIFSYDDMGWYRQAPGKQRELVATFTNVGSTNYVDSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCHAYTVRRFQGMEYWGKGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 non-polymer

描述 description	;(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-16-methoxy-5',7,9,13-tetramethyl-spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane] ;
分子量 formula_weight	428.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	223808

fit	/app/data/saxs_computation/qr/9qru/9qru.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qr/9qru/9qru.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qr/9qru/9qru.dat

Cryo-EM structure of the MMM ubiquitin ligase complex with nanobody 270 (Composite map)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)