SAXSdb — 9qwn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Regulator of nonsense transcripts 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 115–914	未记录	RNA stem loop × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9QWN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2GJK Structural and functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–914（620 aa）片段：helicase core domain(residues 295-914)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；295 K；50mM MES, 0.5-3% PEG4000, 0.005mM MgSO4, 10mM DTT, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
2GK6 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–914（620 aa）片段：helicase core domain(residues 295-914)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；295 K；100mM Tris, 8-13% PEG3350, 140mM (NH4)3PO4, 10% EG, 10mM DTT, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
2GK6 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 295–914（620 aa）片段：helicase core domain(residues 295-914)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；295 K；100mM Tris, 8-13% PEG3350, 140mM (NH4)3PO4, 10% EG, 10mM DTT, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
2GK7 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–914（620 aa）片段：helicase core domain(residues 295-914)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.8；295 K；100mM Na/K Phosphate, 6-8% PEG3350, 10mM DTT, pH 5.8, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.298
2IYK Crystal structure of the UPF2-interacting domain of nonsense mediated mRNA decay factor UPF1 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–272（158 aa）片段：UPF2-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 115-272	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4EO/OH) (V/V), 50 MM AMMONIUM SULPHATE,50 MM BIS-TRIS PH 6.5	分辨率 2.95 Å R-free 0.259
2IYK Crystal structure of the UPF2-interacting domain of nonsense mediated mRNA decay factor UPF1 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 115–272（158 aa）片段：UPF2-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 115-272	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4EO/OH) (V/V), 50 MM AMMONIUM SULPHATE,50 MM BIS-TRIS PH 6.5	分辨率 2.95 Å R-free 0.259
2WJV Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 115–914（800 aa）片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914	未记录	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.5-1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.3-6.5 AND 2% V/V GLYCEROL	分辨率 2.85 Å R-free 0.248
2WJV Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 115–914（800 aa）片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914	未记录	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.5-1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.3-6.5 AND 2% V/V GLYCEROL	分辨率 2.85 Å R-free 0.248
2WJY Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 Orthorhombic form 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–914（800 aa）片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914	未记录	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6, 10% DIOXANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2XZO Upf1 helicase - RNA complex 提交 2010-11-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 295–914（620 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 295-914	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 20 MM CACL2, 15% MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
2XZP Upf1 helicase 提交 2010-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 295–914（620 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 295-914	未记录	GOL GLYCEROL × 9 MLI MALONATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；50MM SODIUM CITRATE PH 6.0, 1.5M SODIUM MALONATE	分辨率 2.72 Å R-free 0.214
6EJ5 A conserved structural element in the RNA helicase UPF1 regulates its catalytic activity in an isoform-specific manner 提交 2017-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–925（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；291 K；1.4 M sodium malonate, 50 mM sodium citrate pH 6.2	分辨率 3.34 Å R-free 0.309
6Z3R Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1085–1095（11 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.97 Å
8RXB Human UPF1 CH domain in complex with SMG6 peptide 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 115–287（173 aa）链 D 115–287（173 aa）链 E 115–287（173 aa）链 I 115–287（173 aa）链 L 115–287（173 aa）链 P 115–287（173 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；solution (28% (w/v) PEG 3500, 0.2M Lithium sulfate and 0.1 M Tris pH 7.8)	分辨率 2.60 Å R-free 0.295

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RENT1_HUMAN
Isoform	Q92900-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–800； UniProt 115–914

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qwn
沉积日期 deposition_date	2025-04-14
结构标题 title	Human UPF1 in complex with the histone stem loop RNA
关键词 keywords	ATP-DEPENDENT HELICASE RENT1, UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 HOMOLOG, HUPF1, UP FRAMESHIFT, histone stem loop mRNA, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.37 Å
零角强度 I(0) i0	170405000.00
分子量 molecular_weight	97800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120080 Å³
包络体积 envelope_volume	152760 Å³
水化壳体积 shell_volume	42301 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.8 Å
壳层 Rg shell_rg	37.45 Å
包络 Rg envelope_rg	29.24 Å
形状 Rg shape_rg	29.36 Å
总 Rg total_rg	30.09 Å
总原子数 total_atoms	6825
残基数 n_residues	823
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	170400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9036
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.173
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.928

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of Regulator of nonsense transcripts 1
分子量 formula_weight	89972.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6825

TKDLPIHACSYCGIHDPACVVYCNTSKKWFCNGRGNTSGSHIVNHLVRAKCKEVTLHKDGPLGETVLECYNCGCRNVFLLGFIPAKADSVVVLLCRQPCASQSSLKDINWDSSQWQPLIQDRCFLSWLVKIPSEQEQLRARQITAQQINKLEELWKENPSATLEDLEKPGVDEEPQHVLLRYEDAYQYQNIFGPLVKLEADYDKKLKESQTQDNITVRWDLGLNKKRIAYFTLPKTDSDMRLMQGDEICLRYKGDLAPLWKGIGHVIKVPDNYGDEIAIELRSSVGAPVETVHNFQVDFVWKSTSFDRMQSALKTFAVDETSVSGYIYHKLLGHEVEDVITKCQLPKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKTVLQRPLSLIQGPPGTGKTVTSATIVYHLARQGNGPVLVCAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKSREAIDSPVSFLALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCTCVGAGDPRLAKMQFRSILIDESTQATEPECMVPVVLGAKQLILVGDHCQLGPVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVLGIRPIRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYEGSLQNGVTAADRVKKGFDFQWPQPDKPMFFYVTQGQEEIASSGTSYLNRTEAANVEKITTKLLKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEIASVDAFQGREKDFIILSCVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSKQPLWNHLLNYYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH5[alpha]

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA stem loop
分子量 formula_weight	11896.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

UUUUUUUUUUUUCCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	300222

fit	/app/data/saxs_computation/qw/9qwn/9qwn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qw/9qwn/9qwn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qw/9qwn/9qwn.dat

Human UPF1 in complex with the histone stem loop RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Regulator of nonsense transcripts 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)