SAXSdb — 9qwq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major vault protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric（78）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–893 链 AA； UniProt 1–893 链 AB； UniProt 1–893 链 AC； UniProt 1–893 链 B； UniProt 1–893 链 BA； UniProt 1–893 链 BB； UniProt 1–893 链 C； UniProt 1–893 链 CA； UniProt 1–893 链 CB； UniProt 1–893 链 D； UniProt 1–893 链 DA； UniProt 1–893 链 DB； UniProt 1–893 链 E； UniProt 1–893 链 EA； UniProt 1–893 链 EB； UniProt 1–893 链 F； UniProt 1–893 链 FA； UniProt 1–893 链 FB； UniProt 1–893 链 G； UniProt 1–893 链 GA； UniProt 1–893 链 GB； UniProt 1–893 链 H； UniProt 1–893 链 HA； UniProt 1–893 链 HB； UniProt 1–893 链 I； UniProt 1–893 链 IA； UniProt 1–893 链 IB； UniProt 1–893 链 J； UniProt 1–893 链 JA； UniProt 1–893 链 JB； UniProt 1–893 链 K； UniProt 1–893 链 KA； UniProt 1–893 链 KB； UniProt 1–893 链 L； UniProt 1–893 链 LA； UniProt 1–893 链 LB； UniProt 1–893 链 M； UniProt 1–893 链 MA； UniProt 1–893 链 MB； UniProt 1–893 链 N； UniProt 1–893 链 NA； UniProt 1–893 链 NB； UniProt 1–893 链 O； UniProt 1–893 链 OA； UniProt 1–893 链 OB； UniProt 1–893 链 P； UniProt 1–893 链 PA； UniProt 1–893 链 PB； UniProt 1–893 链 Q； UniProt 1–893 链 QA； UniProt 1–893 链 QB； UniProt 1–893 链 R； UniProt 1–893 链 RA； UniProt 1–893 链 RB； UniProt 1–893 链 S； UniProt 1–893 链 SA； UniProt 1–893 链 SB； UniProt 1–893 链 T； UniProt 1–893 链 TA； UniProt 1–893 链 TB； UniProt 1–893 链 UA； UniProt 1–893 链 UB； UniProt 1–893 链 V； UniProt 1–893 链 VA； UniProt 1–893 链 VB； UniProt 1–893 链 W； UniProt 1–893 链 WA； UniProt 1–893 链 WB； UniProt 1–893 链 X； UniProt 1–893 链 XA； UniProt 1–893 链 XB； UniProt 1–893 链 Y； UniProt 1–893 链 YA； UniProt 1–893 链 YB； UniProt 1–893 链 Z； UniProt 1–893 链 ZA； UniProt 1–893 链 ZB； UniProt 1–893	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；25 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 1mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9QWQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11DR Human Brain RNA Vault Shoulder bound to ADPR, focused refinement (EMPIAR-10766) 提交 2026-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
11DV RNA Vault waist region, focused refinement (MVP/TEP1 sample) 提交 2026-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris 7.5 75 NaCl 1.5 mM MgCl2 1 mM DTT 1 mM BAD 1 mM AMP-PNP 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.33 Å
11EE RNA Vault shoulder region with BAD bound, focused refinement (MVP/TEP1 sample) 提交 2026-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris 7.5 75 NaCl 1.5 mM MgCl2 1 mM DTT 1 mM BAD 1 mM AMP-PNP 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.87 Å
11EQ RNA Vault with BAD bound (MVP/TEP1 sample) 提交 2026-02-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 0 1–893（893 aa）链 1 1–893（893 aa）链 2 1–893（893 aa）链 3 1–893（893 aa）链 4 1–893（893 aa）链 5 1–893（893 aa）链 6 1–893（893 aa）链 7 1–893（893 aa）链 8 1–893（893 aa）链 9 1–893（893 aa）链 A 1–893（893 aa）链 AA 1–893（893 aa）链 AB 1–893（893 aa）链 AC 1–893（893 aa）链 AD 1–893（893 aa）链 AE 1–893（893 aa）链 AF 1–893（893 aa）链 AG 1–893（893 aa）链 AH 1–893（893 aa）链 AI 1–893（893 aa）链 AJ 1–893（893 aa）链 AK 1–893（893 aa）链 AL 1–893（893 aa）链 AM 1–893（893 aa）链 AN 1–893（893 aa）链 AO 1–893（893 aa）链 AP 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 U 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 a 1–893（893 aa）链 b 1–893（893 aa）链 c 1–893（893 aa）链 d 1–893（893 aa）链 e 1–893（893 aa）链 f 1–893（893 aa）链 g 1–893（893 aa）链 h 1–893（893 aa）链 i 1–893（893 aa）链 j 1–893（893 aa）链 k 1–893（893 aa）链 l 1–893（893 aa）链 m 1–893（893 aa）链 n 1–893（893 aa）链 o 1–893（893 aa）链 p 1–893（893 aa）链 q 1–893（893 aa）链 r 1–893（893 aa）链 s 1–893（893 aa）链 t 1–893（893 aa）链 u 1–893（893 aa）链 v 1–893（893 aa）链 w 1–893（893 aa）链 x 1–893（893 aa）链 y 1–893（893 aa）链 z 1–893（893 aa）	未记录	DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris 7.5 75 NaCl 1.5 mM MgCl2 1 mM DTT 1 mM BAD 1 mM AMP-PNP 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.17 Å
11FH RNA Vault cap (MVP/PARP4/TEP1 sample) 提交 2026-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 U 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 a 1–893（893 aa）链 b 1–893（893 aa）链 c 1–893（893 aa）链 d 1–893（893 aa）链 e 1–893（893 aa）链 f 1–893（893 aa）链 g 1–893（893 aa）链 h 1–893（893 aa）链 i 1–893（893 aa）链 j 1–893（893 aa）链 k 1–893（893 aa）链 l 1–893（893 aa）链 m 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris 150 mM NaCl 1 mM DTT 1 mM NADP 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.92 Å
11JB RNA Vault with ADPR bound (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 0 1–893（893 aa）链 1 1–893（893 aa）链 2 1–893（893 aa）链 3 1–893（893 aa）链 4 1–893（893 aa）链 5 1–893（893 aa）链 6 1–893（893 aa）链 7 1–893（893 aa）链 8 1–893（893 aa）链 9 1–893（893 aa）链 A 1–893（893 aa）链 AA 1–893（893 aa）链 AB 1–893（893 aa）链 AC 1–893（893 aa）链 AD 1–893（893 aa）链 AE 1–893（893 aa）链 AF 1–893（893 aa）链 AG 1–893（893 aa）链 AH 1–893（893 aa）链 AI 1–893（893 aa）链 AJ 1–893（893 aa）链 AK 1–893（893 aa）链 AL 1–893（893 aa）链 AM 1–893（893 aa）链 AN 1–893（893 aa）链 AO 1–893（893 aa）链 AP 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 U 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 a 1–893（893 aa）链 b 1–893（893 aa）链 c 1–893（893 aa）链 d 1–893（893 aa）链 e 1–893（893 aa）链 f 1–893（893 aa）链 g 1–893（893 aa）链 h 1–893（893 aa）链 i 1–893（893 aa）链 j 1–893（893 aa）链 k 1–893（893 aa）链 l 1–893（893 aa）链 m 1–893（893 aa）链 n 1–893（893 aa）链 o 1–893（893 aa）链 p 1–893（893 aa）链 q 1–893（893 aa）链 r 1–893（893 aa）链 s 1–893（893 aa）链 t 1–893（893 aa）链 u 1–893（893 aa）链 v 1–893（893 aa）链 w 1–893（893 aa）链 x 1–893（893 aa）链 y 1–893（893 aa）链 z 1–893（893 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.16 Å
11JC RNA Vault Shoulder with ADPR bound, compact conformation, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.96 Å
11JD RNA Vault Shoulder with ADPR bound, extended conformation, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å
11JF RNA Vault bound to PARP4 MINT, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å
1Y7X Solution structure of a two-repeat fragment of major vault protein 提交 2004-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–221（109 aa）片段：domains 3-4 of MVP repeats (residues 113-221)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM MVP U-15N, 20mM bis-Tris, 150mM NaCl, 2mM CaCl2, 15mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM MVP, 20mM bis-Tris, 150mM NaCl, 2mM CaCl2, 15mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9BW5 Human Vault Cage 提交 2024-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 3.30 Å
9BW6 Human Vault Cage in complex with PARP4 提交 2024-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric	链 A 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
9BW6 Human Vault Cage in complex with PARP4 提交 2024-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric	链 A 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 2.90 Å
9MXH Human Vault Cage in complex with NAD+ 提交 2025-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES pH 8, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9MXJ Human Vault Cage in complex with ADP-ribose 提交 2025-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 3.49 Å
9MXJ Human Vault Cage in complex with ADP-ribose 提交 2025-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 3.49 Å
9MXJ Human Vault Cage in complex with ADP-ribose 提交 2025-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions	分辨率 3.49 Å
9MXV Human Vault Cage in complex with ADP 提交 2025-01-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 78	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES pH 8.0, 5 mM CaCl2, 5 mM MgCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
9MXV Human Vault Cage in complex with ADP 提交 2025-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES pH 8.0, 5 mM CaCl2, 5 mM MgCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
9MXV Human Vault Cage in complex with ADP 提交 2025-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES pH 8.0, 5 mM CaCl2, 5 mM MgCl2, 0.25 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
9QW9 Human vault protein - primed conformation 提交 2025-04-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 A 1–893（893 aa）链 AA 1–893（893 aa）链 AB 1–893（893 aa）链 AC 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 BA 1–893（893 aa）链 BB 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 CA 1–893（893 aa）链 CB 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 DA 1–893（893 aa）链 DB 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 EA 1–893（893 aa）链 EB 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 FA 1–893（893 aa）链 FB 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 GA 1–893（893 aa）链 GB 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 HA 1–893（893 aa）链 HB 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 IA 1–893（893 aa）链 IB 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 JA 1–893（893 aa）链 JB 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 KA 1–893（893 aa）链 KB 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 LA 1–893（893 aa）链 LB 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 MA 1–893（893 aa）链 MB 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 NA 1–893（893 aa）链 NB 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 OA 1–893（893 aa）链 OB 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 PA 1–893（893 aa）链 PB 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 QA 1–893（893 aa）链 QB 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 RA 1–893（893 aa）链 RB 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 SA 1–893（893 aa）链 SB 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 TA 1–893（893 aa）链 TB 1–893（893 aa）链 UA 1–893（893 aa）链 UB 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 VA 1–893（893 aa）链 VB 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 WA 1–893（893 aa）链 WB 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 XA 1–893（893 aa）链 XB 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 YA 1–893（893 aa）链 YB 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）链 ZA 1–893（893 aa）链 ZB 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 1mM TCEP, pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9R86 Major Vault Protein from Human Brain 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 A0 1–893（893 aa）链 A1 1–893（893 aa）链 A2 1–893（893 aa）链 A3 1–893（893 aa）链 A4 1–893（893 aa）链 A5 1–893（893 aa）链 A6 1–893（893 aa）链 A7 1–893（893 aa）链 A8 1–893（893 aa）链 A9 1–893（893 aa）链 Ac 1–893（893 aa）链 Ad 1–893（893 aa）链 Ae 1–893（893 aa）链 Af 1–893（893 aa）链 Ag 1–893（893 aa）链 Ah 1–893（893 aa）链 Ai 1–893（893 aa）链 Aj 1–893（893 aa）链 Ak 1–893（893 aa）链 Al 1–893（893 aa）链 Am 1–893（893 aa）链 An 1–893（893 aa）链 Ap 1–893（893 aa）链 Aq 1–893（893 aa）链 Ar 1–893（893 aa）链 As 1–893（893 aa）链 At 1–893（893 aa）链 Au 1–893（893 aa）链 Av 1–893（893 aa）链 Aw 1–893（893 aa）链 Ax 1–893（893 aa）链 Ay 1–893（893 aa）链 Az 1–893（893 aa）链 BA 1–893（893 aa）链 BB 1–893（893 aa）链 BC 1–893（893 aa）链 BD 1–893（893 aa）链 BE 1–893（893 aa）链 BF 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9R87 Cap of the vault protein from Human Brain 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 A 1–893（893 aa）链 A1 1–893（893 aa）链 A2 1–893（893 aa）链 A3 1–893（893 aa）链 A4 1–893（893 aa）链 Ar 1–893（893 aa）链 As 1–893（893 aa）链 At 1–893（893 aa）链 Au 1–893（893 aa）链 Av 1–893（893 aa）链 Aw 1–893（893 aa）链 Ax 1–893（893 aa）链 Ay 1–893（893 aa）链 Az 1–893（893 aa）链 B 1–893（893 aa）链 C 1–893（893 aa）链 D 1–893（893 aa）链 E 1–893（893 aa）链 F 1–893（893 aa）链 G 1–893（893 aa）链 H 1–893（893 aa）链 I 1–893（893 aa）链 J 1–893（893 aa）链 K 1–893（893 aa）链 L 1–893（893 aa）链 M 1–893（893 aa）链 N 1–893（893 aa）链 O 1–893（893 aa）链 P 1–893（893 aa）链 Q 1–893（893 aa）链 R 1–893（893 aa）链 S 1–893（893 aa）链 T 1–893（893 aa）链 U 1–893（893 aa）链 V 1–893（893 aa）链 W 1–893（893 aa）链 X 1–893（893 aa）链 Y 1–893（893 aa）链 Z 1–893（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 19 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MVP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 AA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 AB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 AC； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 B； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 BA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 BB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 C； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 CA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 CB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 D； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 DA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 DB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 E； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 EA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 EB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 F； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 FA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 FB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 G； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 GA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 GB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 H； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 HA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 HB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 I； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 IA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 IB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 J； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 JA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 JB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 K； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 KA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 KB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 L； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 LA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 LB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 M； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 MA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 MB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 N； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 NA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 NB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 O； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 OA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 OB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 P； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 PA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 PB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 Q； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 QA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 QB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 R； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 RA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 RB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 S； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 SA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 SB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 T； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 TA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 TB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 UA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 UB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 V； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 VA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 VB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 W； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 WA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 WB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 X； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 XA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 XB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 Y； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 YA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 YB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 Z； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 ZA； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893 作者链 ZB； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qwq
沉积日期 deposition_date	2025-04-15
结构标题 title	Human vault protein - committed conformation
关键词 keywords	Vault protein, vault, MVP, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	222.80 Å
零角强度 I(0) i0	635835000000.00
分子量 molecular_weight	6832100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	8555400 Å³
包络体积 envelope_volume	46085000 Å³
水化壳体积 shell_volume	1843400 Å³
包络直径 envelope_diameter	669.4 Å
壳层 Rg shell_rg	223.30 Å
包络 Rg envelope_rg	184.10 Å
形状 Rg shape_rg	222.70 Å
总 Rg total_rg	223.20 Å
总原子数 total_atoms	482118
残基数 n_residues	60762
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	526.8 Å
Rg (实空间) rg_real	212.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6320e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2780e+10
Rg (倒空间) rg_reciprocal	172.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	344300000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	301.0 Å
偏度 Skewness skewness	-0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.712
角度范围 angular_range	— – 0.0350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.4040
最高正则化参数 α highest_alpha	52650000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	8
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 1.413; Oscil: 0.992; Stabil: 0.917; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major vault protein
分子量 formula_weight	99452.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	78

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;A,AA,AB,AC,B,BA,BB,C,CA,CB,D,DA,DB,E,EA,EB,F,FA,FB,G,GA,GB,H,HA,HB,I,IA,IB,J,JA,JB,K,KA,KB,L,LA,LB,M,MA,MB,N,NA,NB,O,OA,OB,P,PA,PB,Q,QA,QB,R,RA,RB,S,SA,SB,T,TA,TB,UA,UB,V,VA,VB,W,WA,WB,X,XA,XB,Y,YA,YB,Z,ZA,ZB ;
原子数 atom_count	482118

MATEEFIIRIPPYHYIHVLDQNSNVSRVEVGPKTYIRQDNERVLFAPMRMVTVPPRHYCTVANPVSRDAQGLVLFDVTGQVRLRHADLEIRLAQDPFPLYPGEVLEKDITPLQVVLPNTALHLKALLDFEDKDGDKVVAGDEWLFEGPGTYIPRKEVEVVEIIQATIIRQNQALRLRARKECWDRDGKERVTGEEWLVTTVGAYLPAVFEEVLDLVDAVILTEKTALHLRARRNFRDFRGVSRRTGEEWLVTVQDTEAHVPDVHEEVLGVVPITTLGPHNYCVILDPVGPDGKNQLGQKRVVKGEKSFFLQPGEQLEQGIQDVYVLSEQQGLLLRALQPLEEGEDEEKVSHQAGDHWLIRGPLEYVPSAKVEVVEERQAIPLDENEGIYVQDVKTGKVRAVIGSTYMLTQDEVLWEKELPPGVEELLNKGQDPLADRGEKDTAKSLQPLAPRNKTRVVSYRVPHNAAVQVYDYREKRARVVFGPELVSLGPEEQFTVLSLSAGRPKRPHARRALCLLLGPDFFTDVITIETADHARLQLQLAYNWHFEVNDRKDPQETAKLFSVPDFVGDACKAIASRVRGAVASVTFDDFHKNSARIIRTAVFGFETSEAKGPDGMALPRPRDQAVFPQNGLVVSSVDVQSVEPVDQRTRDALQRSVQLAIEITTNSQEAAAKHEAQRLEQEARGRLERQKILDQSEAEKARKELLELEALSMAVESTGTAKAEAESRAEAARIEGEGSVLQAKLKAQALAIETEAELQRVQKVRELELVYARAQLELEVSKAQQLAEVEVKKFKQMTEAIGPSTIRDLAVAGPEMQVKLLQSLGLKSTLITDGSTPINLFNTAFGLLGMGPEGQPLGRRVASGPSPGEGISPQSAQAPQAPGDNHVVPVLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella phaffii

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	23998

fit	/app/data/saxs_computation/qw/9qwq/9qwq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qw/9qwq/9qwq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qw/9qwq/9qwq.dat

Human vault protein - committed conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major vault protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)