9r9r

[FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.21

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit

Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–397	未记录	Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit × 1 （P07603） dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.58 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9R9R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GX7 Best model of the electron transfer complex between cytochrome c3 and [Fe]-hydrogenase 提交 2002-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 27–397（371 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2 HEC HEME C × 4	实验方法未声明 NMR测量条件 pH 5.9；296 K；离子强度（mmCIF原始值）10 MM PHOSPHATE BUFFER；压力 1	分辨率未提供
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–421（421 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–421（421 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–421（421 aa）链 M 1–421（421 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 4 CYN CYANIDE ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 4 CYS CYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
8BJ7 Nitratidesulfovibrio vulgaris FeFe Hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state 提交 2022-11-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；281.15 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 30 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.04 Å R-free 0.167
8BJ8 Nitratidesulfovibrio vulgaris FeFe Hydrogenase C178A mutant in Htrans-like state 提交 2022-11-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	未记录	VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；295.15 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 30 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.01 Å R-free 0.163
8RTG Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase in apo form 提交 2024-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 27.5 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.46 Å R-free 0.189
8RTI Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase in the apo form derivatized with krypton 提交 2024-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	KR KRYPTON × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.194
8RU6 Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 4 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum 提交 2024-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–392（392 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.15 Å R-free 0.158
8RXI Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase in Hinact state derivatized with krypton 提交 2024-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	KR KRYPTON × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1 LFH dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) sulphide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 40 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.48 Å R-free 0.181
8RXJ Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state derivatized with krypton 提交 2024-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	KR KRYPTON × 10 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 CYN CYANIDE ION × 1 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.51 Å R-free 0.186
8RYH Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Veillonella atypica 提交 2024-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–389（389 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.77 Å R-free 0.246
9GBU Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Solobacterium moorei 提交 2024-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–389（389 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；50% MPD, 0.1 HEPES pH 7.6	分辨率 1.78 Å R-free 0.242
9GBU Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Solobacterium moorei 提交 2024-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–389（389 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；50% MPD, 0.1 HEPES pH 7.6	分辨率 1.78 Å R-free 0.242
9GNK Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–390（390 aa）	未记录	CMO CARBON MONOXIDE × 2 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % Polyethylene glycol 1500	分辨率 1.05 Å R-free 0.185
9GZ0 FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - oxidised state 提交 2024-10-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 CL CHLORIDE ION × 3 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% PEG 6000	分辨率 1.02 Å R-free 0.166
9GZ4 FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - reduced state 提交 2024-10-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 CL CHLORIDE ION × 3 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000	分辨率 0.96 Å R-free 0.152
9GZL Apo FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine 提交 2024-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 CL CHLORIDE ION × 7 LI LITHIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000	分辨率 1.02 Å R-free 0.153
9HPX [FeFe]-hydrogenase from D. desulfuricans with synthetic active site containing only one cyanide ligand. 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 A1IW2 6,6,7,7-tetrakis($l^{3}-oxidanylidynemethyl)-1$l^{3},5$l^{3}-dithia-3-aza-6$l^{5},7$l^{4}-diferrabicyclo[3.1.1]heptane-6-carbonitrile × 1 CL CHLORIDE ION × 10 LI LITHIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiCl 0.1 M Sodium Acetate 26-32% PEG 6000	分辨率 0.96 Å R-free 0.144
9QD6 High resolution structure of the artificially maturated [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough 提交 2025-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.18 Å R-free 0.169
9QDC Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase crystallized in the sodium formate buffer at pH 4.6 提交 2025-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；35% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium formate pH 4.6	分辨率 1.49 Å R-free 0.181
9QDD Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase crystallized in the sodium acetate buffer at pH 5.3 提交 2025-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate pH 5.3	分辨率 1.20 Å R-free 0.220
9QDG Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase crystallized in the sodium propionate buffer at pH 5.0 提交 2025-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium propionate pH 5.0	分辨率 1.02 Å R-free 0.207
9QIS CO-bound [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris 提交 2025-03-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；37% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.49 Å R-free 0.176
9R9Q [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.04 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.62 Å R-free 0.197
9R9S [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.45 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.71 Å R-free 0.174
9R9T [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.81 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.08 Å R-free 0.242
9R9U [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 6.62 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.31 Å R-free 0.162
9R9V [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 7.00 提交 2025-05-20	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–395（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.25 Å R-free 0.153

共 26 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHFL_NITV2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit

Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough

UniProt P07603

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 36–123	未记录	Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit × 1 （P07598） dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.58 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9R9R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GX7 Best model of the electron transfer complex between cytochrome c3 and [Fe]-hydrogenase 提交 2002-03-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2 HEC HEME C × 4	实验方法未声明 NMR测量条件 pH 5.9；296 K；离子强度（mmCIF原始值）10 MM PHOSPHATE BUFFER；压力 1	分辨率未提供
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 1–123（123 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 S 1–123（123 aa）链 T 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 4 CYN CYANIDE ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 4 CYS CYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
8BJ7 Nitratidesulfovibrio vulgaris FeFe Hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state 提交 2022-11-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；281.15 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 30 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.04 Å R-free 0.167
8BJ8 Nitratidesulfovibrio vulgaris FeFe Hydrogenase C178A mutant in Htrans-like state 提交 2022-11-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；295.15 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 30 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.01 Å R-free 0.163
8RTG Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase in apo form 提交 2024-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 27.5 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.46 Å R-free 0.189
8RTI Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase in the apo form derivatized with krypton 提交 2024-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	KR KRYPTON × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.194
8RU6 Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 4 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum 提交 2024-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 39–123（85 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.15 Å R-free 0.158
8RXI Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase in Hinact state derivatized with krypton 提交 2024-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	KR KRYPTON × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1 LFH dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) sulphide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 40 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.48 Å R-free 0.181
8RXJ Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state derivatized with krypton 提交 2024-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	KR KRYPTON × 10 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 CYN CYANIDE ION × 1 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.51 Å R-free 0.186
8RYH Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Veillonella atypica 提交 2024-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–123（78 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.77 Å R-free 0.246
9GBU Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Solobacterium moorei 提交 2024-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–123（78 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；50% MPD, 0.1 HEPES pH 7.6	分辨率 1.78 Å R-free 0.242
9GBU Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Solobacterium moorei 提交 2024-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 46–123（78 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；50% MPD, 0.1 HEPES pH 7.6	分辨率 1.78 Å R-free 0.242
9GNK Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–123（79 aa）	未记录	CMO CARBON MONOXIDE × 2 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % Polyethylene glycol 1500	分辨率 1.05 Å R-free 0.185
9GZ0 FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - oxidised state 提交 2024-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 CL CHLORIDE ION × 3 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% PEG 6000	分辨率 1.02 Å R-free 0.166
9GZ4 FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - reduced state 提交 2024-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 CL CHLORIDE ION × 3 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000	分辨率 0.96 Å R-free 0.152
9GZL Apo FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine 提交 2024-10-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 CL CHLORIDE ION × 7 LI LITHIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000	分辨率 1.02 Å R-free 0.153
9HPX [FeFe]-hydrogenase from D. desulfuricans with synthetic active site containing only one cyanide ligand. 提交 2024-12-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 A1IW2 6,6,7,7-tetrakis($l^{3}-oxidanylidynemethyl)-1$l^{3},5$l^{3}-dithia-3-aza-6$l^{5},7$l^{4}-diferrabicyclo[3.1.1]heptane-6-carbonitrile × 1 CL CHLORIDE ION × 10 LI LITHIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiCl 0.1 M Sodium Acetate 26-32% PEG 6000	分辨率 0.96 Å R-free 0.144
9QD6 High resolution structure of the artificially maturated [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough 提交 2025-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.18 Å R-free 0.169
9QDC Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase crystallized in the sodium formate buffer at pH 4.6 提交 2025-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；35% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium formate pH 4.6	分辨率 1.49 Å R-free 0.181
9QDD Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase crystallized in the sodium acetate buffer at pH 5.3 提交 2025-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate pH 5.3	分辨率 1.20 Å R-free 0.220
9QDG Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase crystallized in the sodium propionate buffer at pH 5.0 提交 2025-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium propionate pH 5.0	分辨率 1.02 Å R-free 0.207
9QIS CO-bound [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris 提交 2025-03-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；37% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.49 Å R-free 0.176
9R9Q [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.04 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.62 Å R-free 0.197
9R9S [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.45 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.71 Å R-free 0.174
9R9T [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.81 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.08 Å R-free 0.242
9R9U [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 6.62 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.31 Å R-free 0.162
9R9V [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 7.00 提交 2025-05-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.25 Å R-free 0.153

共 26 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHFS_NITV2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–88； UniProt 36–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9r9r
沉积日期 deposition_date	2025-05-20
最后修订 last_revision	2026-06-03
结构标题 title	[FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.21
关键词 keywords	[FeFe] hydrogenase, holo hydrogenase, iron-sulfur cluster, metalloenzyme, hydrogen production, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.14 Å
零角强度 I(0) i0	53671400.00
分子量 molecular_weight	55565.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68691 Å³
包络体积 envelope_volume	76267 Å³
水化壳体积 shell_volume	28432 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.47 Å
包络 Rg envelope_rg	21.70 Å
形状 Rg shape_rg	21.20 Å
总 Rg total_rg	21.84 Å
总原子数 total_atoms	7602
残基数 n_residues	488
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8099
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.186
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.415
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit
分子量 formula_weight	44397.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.7.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7818

MSRTVMERIEYEMHTPDPKADPDKLHFVQIDEAKCIGCDTCSQYCPTAAIFGEMGEPHSIPHIEACINCGQCLTHCPENAIYEAQSWVPEVEKKLKDGKVKCIAMPAPAVRYALGDAFGMPVGSVTTGKMLAALQKLGFAHCWDTEFTADVTIWEEGSEFVERLTKKSDMPLPQFTSCCPGWQKYAETYYPELLPHFSTCKSPIGMNGALAKTYGAERMKYDPKQVYTVSIMPCIAKKYEGLRPELKSSGMRDIDATLTTRELAYMIKKAGIDFAKLPDGKRDSLMGESTGGATIFGVTGGVMEAALRFAYEAVTGKKPDSWDFKAVRGLDGIKEATVNVGGTDVKVAVVHGAKRFKQVCDDVKAGKSPYHFIEYMACPGGCVCGGGQPVMPGVLEAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
分子量 formula_weight	10082.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.7.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VKQIKDYMLDRINGVYGADAKFPVRASQDNTQVKALYKSYLEKPLGHKSHDLLHTHWFDKSKGVKELTTAGKLPNPRASEFEGPYPYE

来源 Source

来源生物 organism	Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+)
分子量 formula_weight	355.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	141

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.518 Å
晶胞边长 b length_b	84.793 Å
晶胞边长 c length_c	88.257 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.580 Å
最低分辨率 resolution_low	43.222 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1761
R_free r_free	0.2021

fit	/app/data/saxs_computation/r9/9r9r/9r9r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r9/9r9r/9r9r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r9/9r9r/9r9r.dat

[FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)