9rag

Influenza A/H7N9 polymerase in complex with a 70-mer RNA template, in stalled elongation.

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Polymerase basic protein 2 × 1 （A0A024E1J5） RNA Pol II CTD 6 repeats (site 1A/2A) × 1 RNA product × 1 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （S5ME50） RNA template (70-mer) × 1 MAGNESIUM ION × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 1 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M9TI86_9INFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–716； UniProt 1–716

Polymerase basic protein 2

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

UniProt A0A024E1J5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Polymerase acidic protein × 1 （M9TI86） RNA Pol II CTD 6 repeats (site 1A/2A) × 1 RNA product × 1 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （S5ME50） RNA template (70-mer) × 1 MAGNESIUM ION × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 1 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A024E1J5_9INFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–759； UniProt 1–759

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

UniProt S5ME50

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Polymerase acidic protein × 1 （M9TI86） Polymerase basic protein 2 × 1 （A0A024E1J5） RNA Pol II CTD 6 repeats (site 1A/2A) × 1 RNA product × 1 RNA template (70-mer) × 1 MAGNESIUM ION × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 1 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S5ME50_9INFA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–757； UniProt 1–757

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rag
沉积日期 deposition_date	2025-05-20
结构标题 title	Influenza A/H7N9 polymerase in complex with a 70-mer RNA template, in stalled elongation.
关键词 keywords	Influenza polymerase, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rag__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rag__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rag__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.21 Å
Rg（电子密度）	37.14 Å
总 Rg	37.45 Å
原子数	29018
残基数	1756
排除体积	259600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rag__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	82829.6 kDa
突变 mutation	E349K; R490I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	29875

MEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDPKIETNKFASICTHLEVCFMYSDFHFIDERGESTIIESGDPNVLLKHRFEIIEGRDRTMAWTVVNSICNTTGVEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSEKTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMASRGLWDSFRQSERGEETIEERFEITGTMRRLADQSLPPNFSSLENFRAYVDGFEPNGCIEGKLSQMSKEVNARIEPFLRTTPRPLRLPDGPPCSQRSKFLLMDALKLSIEDPSHEGEGIPLYDAIKCMKTFFGWKEPNIIKPHEKGINPNYLLTWKQVLAELQDIKNEEKIPRTKNMKKTSQLKWALGENMAPEKVDFEDCKDVNDLKQYDSDEPEPRSLACWIQSEFNKACELTDSSWVELDEIGEDVAPIEHIASMRRNYFTAEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNASCAAMDDFQLIPMISKCITKEGRRKTNLYGFIIKGRSHLRNDTDVVNFVSMEFSLTDPRLEPHKWEKYCVLEIGDMLLRTAVGQVSRPMFLYVRTNGTSKIKMKWGMEMRRCLLQSLQQIESMIEAESSVKEKDLTKEFFENKSETWPIGESPKGVEEGSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLIVQALRDNLEPGTFDLEGLYEAIEECLINDPWVLLNASWFNSFLTHALR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1318616
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polymerase basic protein 2
分子量 formula_weight	89038.6 kDa
突变 mutation	G74R; K627; D701
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MERIKELRDLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPALRMKWMMAMKYPITADKRIMEMIPERNEQRQTLWSKTNDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPTTSTVHYPKVYKTYFEKVERLKHGTFGPVHFRNQVKIRRRVDINPGHADLSAKEAQDVIMEVVFPNEVGARILTSESQLTITKEKKKELQDCKIAPLMVAYMLERELVRKTRFLPVAGGTSSVYIEVLHLTQGTCWEQMYTPGGEVRNDDVDQSLIIAARNIVRRATVSADPLASLLEMCHSTQIGGVRMVDILRQNPTEEQAVDICKAAMGLRISSSFSFGGFTFKRTSGSSVKREEEVLTGNLQTLKIRVHEGYEEFTMVGRRATAILRKATRRLIQLIVSGKDEQSIAEAIIVAMVFSQEDCMIKAVRGDLNFVNRANQRLNPMHQLLRHFQKDAKVLFQNWGIEPIDNVMGMIGILPDMTPSTEMSLRGVRVSKMGVDEYSSTERVVVSIDRFLRVRDQRGNVLLSPEEVSETQGTEKLTITYSSSMMWEINGPESVLVNTYQWIIRNWENVKIQWSQDPTMLYNKMEFEPFQSLVPKAARGQYSGFVRVLFQQMRDVLGTFDTVQIIKLLPFAAAPPKQSRMQFSSLTVNVRGSGMRIVVRGNSPVFNYNKATKRLTVLGKDAGALMEDPDEGTAGVESAVLRGFLILGKEDKRYGPALSINELSNLAKGEKANVLIGQGDVVLVMKRKRDSSILTDSQTATKRIRMAINGWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1318616
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA Pol II CTD 6 repeats (site 1A/2A)
分子量 formula_weight	4816.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA product
分子量 formula_weight	3560.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CCGCAGGGAGC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	86424.0 kDa
突变 mutation	K577G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDVNPTLLFLKVPVQNAISTTFPYTGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHKYSEKGKWTTNTETGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEESHPGIFENSCLETMEIVQQTRVDKLTQGRQTYDWTLNRNQPAATALANTIEVFRSNGLTANESGRLIDFLKDVMDSMDKEEMEITTHFQRKRRVRDNMTKKMVTQRTIGKKKQRLNKRSYLIRALTLNTMTKDAERGKLKRRAIATPGMQIRGFVYFVEALARSICEKLEQSGLPVGGNEKKAKLANVVRKMMTNSQDTELSFTITGDNTKWNENQNPRMFLAMITYITRNQPEWFRNVLSIAPIMFSNKMARLGKGYMFESKSMKLRTQVPAEMLANIDLKYFNKSTREKIEKIRPLLIDGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLGVSILNLGQKKYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIQAGVDRFYRTCKLVGINMSKKKSYINRTGTFEFTSFFYRYGFVANFSMELPSFGVSGINESADMSVGVTVIKNNMINNDLGPATAQMALQLFIKDYRYTYRCHRGDTQIQTRRAFELGKLWEQTRSKAGLLVSDGGPNLYNIRNLHIPEVCLKWELMDEDYQGRLCNPMNPFVSHKEIDSVNNAVVMPAHGPAKSMEYDAVATTHSWIPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEKFFPSSSYRRPVGISSMVEAMVSRARIDARIDFESGRIKKEEFAEIMKICSTIEELRRQK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1318616
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RNA template (70-mer)
分子量 formula_weight	22480.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AGUAGAAACAAGGAUCAGGAAUGUCCCACAAAGAGCUCCCUGCGGUCUUUGUGGGGCUCCUGCUUUUGCU

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	667

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	1.99 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1030984

Influenza A/H7N9 polymerase in complex with a 70-mer RNA template, in stalled elongation.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rag__assembly_1__model_1

9rag__assembly_1__model_1 | I(q)

9rag__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)