SAXSdb — 9rpr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LPS-assembly lipoprotein LptE

Shigella flexneri

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–193	未记录	LPS-assembly protein LptD × 1 （P31554） LPS-assembly lipoprotein LptM × 1 （P0ADN6） PLM PALMITIC ACID × 1 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9RPR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4Q35 Structure of a membrane protein 提交 2014-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–193（175 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；10 mM sodium citrate (pH 5.6), 300mM lithium sulfate, 8% PEG 400, 100mM glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.39 Å R-free 0.231
9I92 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 1) 提交 2025-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–193（175 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 A1I1D 1-[4,7-bis(2-chloranylethanoyl)-1,4,7-triazonan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.41 Å
9I93 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 2) 提交 2025-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–193（175 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 KZ0 2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
9I94 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 3) 提交 2025-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–193（175 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 7 KZ0 2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.84 Å
9I95 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 4) 提交 2025-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–193（175 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 A1I1E 1-[7,10-bis(2-chloranylethanoyl)-3,7,10-triazatricyclo[3.3.3.0^{1,5}]undecan-3-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.35 Å
9I96 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 5) 提交 2025-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–193（175 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 R06 1-[3,5-bis(2-chloranylethanoyl)-1,3,5-triazinan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å
9I97 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE in complex with a Bicyclic Peptide binder (Compound 12) 提交 2025-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–193（175 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 A1I1D 1-[4,7-bis(2-chloranylethanoyl)-1,4,7-triazonan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.48 Å
9I98 Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 13) 提交 2025-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–193（175 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 R06 1-[3,5-bis(2-chloranylethanoyl)-1,3,5-triazinan-1-yl]-2-chloranyl-ethanone × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
9Q8N Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 16) 提交 2025-02-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–169（151 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 A1I4O 1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.54 Å
9RPS Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE in complex with RTP45 superinfection exclusion protein from RTP bacteriophage and endogenous LptM 提交 2025-06-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–193（193 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9RPT Cryo-EM structure of the open state of Shigella flexneri LptDE bound by the RBP of Oekolampad phage 提交 2025-06-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–193（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9RPW Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE dimer: closed-state unbound and open-state bound by Oekolampad phage RBP 提交 2025-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–193（193 aa）链 E 1–193（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9RQI Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by phage RBP reveals N-terminal strand insertion into lateral gate 提交 2025-06-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–193（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPTE_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193

LPS-assembly protein LptD

物种未注明

UniProt P31554

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–784	未记录	LPS-assembly lipoprotein LptE × 1 （Q83LX4） LPS-assembly lipoprotein LptM × 1 （P0ADN6） PLM PALMITIC ACID × 1 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9RPR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4RHB Crystal structure of the lipopolysaccharide assembly complex LptD-LptE from the Escherichia coli outer membrane 提交 2014-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 203–784（582 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.35 Å R-free 0.338
4RHB Crystal structure of the lipopolysaccharide assembly complex LptD-LptE from the Escherichia coli outer membrane 提交 2014-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 203–784（582 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.35 Å R-free 0.338
9FZ5 Cryo-EM structure of LptDE-YedD complex from Escherichia Coli 提交 2024-07-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–784（759 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot 3-4 seconds	分辨率 3.57 Å
9I9Z LpDE from Escherichia coli 提交 2025-02-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–784（784 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å
9IA0 LpDE from Escherichia coli 提交 2025-02-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–784（784 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
9IA2 LpDEM from Escherichia coli 提交 2025-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–784（784 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.47 Å
9IA5 LpDEM from Escherichia coli 提交 2025-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–784（784 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9KN3 Cryo-EM structure of LptDEM complex from Escherichia coli 提交 2024-11-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–784（760 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9P1U beta-barrel assembly machine from Escherichia coli in an late state of LptD assembly 提交 2025-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–784（784 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9Y0P Crystal structure of Escherichia coli DsbA C33A mutant in complex with a peptide derived from LptD - Binding mode I 提交 2025-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–37（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1 NO3 NITRATE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Calcium acetate hydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.47 Å R-free 0.210
9Y0P Crystal structure of Escherichia coli DsbA C33A mutant in complex with a peptide derived from LptD - Binding mode I 提交 2025-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 26–37（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1 NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Calcium acetate hydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.47 Å R-free 0.210
9Y0Q Crystal structure of Escherichia coli DsbA C33A mutant in complex with a peptide derived from LptD - Binding mode II 提交 2025-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–37（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium nitrate hexahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.47 Å R-free 0.213

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPTD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–784； UniProt 1–784

LPS-assembly lipoprotein LptM

物种未注明

UniProt P0ADN6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 20–67	未记录	LPS-assembly lipoprotein LptE × 1 （Q83LX4） LPS-assembly protein LptD × 1 （P31554） PLM PALMITIC ACID × 1 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9RPR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8H1R Crystal structure of LptDE-YifL complex 提交 2022-10-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–67（67 aa）	未记录	PCJ (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；175 mM citric acid/Bis-Tris (pH 5.0), 17% (v/v) PEG3350 and 3% methanol (as additive)	分辨率 2.98 Å R-free 0.264
8H1R Crystal structure of LptDE-YifL complex 提交 2022-10-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–67（67 aa）	未记录	PCJ (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；175 mM citric acid/Bis-Tris (pH 5.0), 17% (v/v) PEG3350 and 3% methanol (as additive)	分辨率 2.98 Å R-free 0.264
9IA2 LpDEM from Escherichia coli 提交 2025-02-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.47 Å
9IA5 LpDEM from Escherichia coli 提交 2025-02-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9KN3 Cryo-EM structure of LptDEM complex from Escherichia coli 提交 2024-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–67（48 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9RPS Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE in complex with RTP45 superinfection exclusion protein from RTP bacteriophage and endogenous LptM 提交 2025-06-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 20–67（48 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM HEPES, pH7.5, 100mM NaCl, 0.05% (w/v) DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPTM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–48； UniProt 20–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rpr
沉积日期 deposition_date	2025-06-25
最后修订 last_revision	2025-12-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of LptDEM complex containing Shigella flexneri LptE and endogenous E. coli LptD and LptM
关键词 keywords	lipopolysaccharide transport, outer membrane protein complex, beta-barrel, lipoprotein, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.06 Å
零角强度 I(0) i0	180051000.00
分子量 molecular_weight	104930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130150 Å³
包络体积 envelope_volume	171140 Å³
水化壳体积 shell_volume	44091 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.30 Å
包络 Rg envelope_rg	32.97 Å
形状 Rg shape_rg	33.06 Å
总 Rg total_rg	33.55 Å
总原子数 total_atoms	7403
残基数 n_residues	912
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.1 Å
Rg (实空间) rg_real	33.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	180000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8504
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.510
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.061
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.638

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LPS-assembly lipoprotein LptE
分子量 formula_weight	22240.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	7403

MRYLATLLLSLAVLITAGCGWHLRDTTQVPSTMKVMILDSGDPNGPLSRAVRNQLRLNGVELLDKETTRKDVPSLRLGKVSIAKDTASVFRNGQTAEYQMIMTVNATVLIPGRDIYPISAKVFRSFFDNPQMALAKDNEQDMIVKEMYDRAAEQLIRKLPSIRAADIRSDEEQTSTTTDTPATPARVSTMLGNHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LPS-assembly protein LptD
分子量 formula_weight	89754.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKKRIPTLLATMIATALYSQQGLAADLASQCMLGVPSYDRPLVQGDTNDLPVTINADHAKGDYPDDAVFTGSVDIMQGNSRLQADEVQLHQKEAPGQPEPVRTVDALGNVHYDDNQVILKGPKGWANLNTKDTNVWEGDYQMVGRQGRGKADLMKQRGENRYTILDNGSFTSCLPGSDTWSVVGSEIIHDREEQVAEIWNARFKVGPVPIFYSPYLQLPVGDKRRSGFLIPNAKYTTTNYFEFYLPYYWNIAPNMDATITPHYMHRRGNIMWENEFRYLSQAGAGLMELDYLPSDKVYEDEHPNDDSSRRWLFYWNHSGVMDQVWRFNVDYTKVSDPSYFNDFDNKYGSSTDGYATQKFSVGYAVQNFNATVSTKQFQVFSEQNTSSYSAEPQLDVNYYQNDVGPFDTRIYGQAVHFVNTRDDMPEATRVHLEPTINLPLSNNWGSINTEAKLLATHYQQTNLDWYNSRNTTKLDESVNRVMPQFKVDGKMVFERDMEMLAPGYTQTLEPRAQYLYVPYRDQSDIYNYDSSLLQSDYSGLFRDRTYGGLDRIASANQVTTGVTSRIYDDAAVERFNISVGQIYYFTESRTGDDNITWENDDKTGSLVWAGDTYWRISERWGLRGGIQYDTRLDNVATSNSSIEYRRDEDRLVQLNYRYASPEYIQATLPKYYSTAEQYKNGISQVGAVASWPIADRWSIVGAYYYDTNANKQADSMLGVQYSSCCYAIRVGYERKLNGWDNDKQHAVYDNAIGFNIELRGLSSNYGLGTQEMLRSNILPYQNTL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LPS-assembly lipoprotein LptM
分子量 formula_weight	5103.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

CGLKGPLYFPPADKNAPPPTKPVETQTQSTVPDKNDRATGDGPSQVNY

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate
分子量 formula_weight	552.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.78 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	112032

fit	/app/data/saxs_computation/rp/9rpr/9rpr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rp/9rpr/9rpr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rp/9rpr/9rpr.dat

Cryo-EM structure of LptDEM complex containing Shigella flexneri LptE and endogenous E. coli LptD and LptM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LPS-assembly lipoprotein LptE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LPS-assembly protein LptD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LPS-assembly lipoprotein LptM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)