SAXSdb — 9ryo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Aquifex aeolicus VF5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 55	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RISB_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 A2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 A3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 A4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 A5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 B1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 B2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 B3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 B4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 B5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 C1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 C2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 C3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 C4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 C5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 D1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 D2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 D3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 D4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 D5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 E1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 E2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 E3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 E4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 E5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 F1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 F2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 F3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 F4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 F5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 G1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 G2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 G3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 G4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 G5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 H1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 H2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 H3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 H4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 H5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 I1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 I2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 I3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 I4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 I5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 J1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 J2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 J3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 J4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 J5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 K1； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 K2； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 K3； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 K4； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 K5； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ryo
沉积日期 deposition_date	2025-07-15
结构标题 title	Aquifex aeolicus lumazine synthase 11-pentamer cage
关键词 keywords	protein cage, protein engineering, self-assembly, geometry, pentamer, encapsulation, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ryo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ryo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ryo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	66.10 Å
Rg（电子密度）	64.77 Å
总 Rg	65.10 Å
原子数	64680
残基数	8470
排除体积	1156500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ryo__assembly_1__model_1`	55-meric （55）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.09 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36125

描述 description	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子量 formula_weight	18126.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	55

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;A1,A2,A3,A4,A5,B1,B2,B3,B4,B5,C1,C2,C3,C4,C5,D1,D2,D3,D4,D5,E1,E2,E3,E4,E5,F1,F2,F3,F4,F5,G1,G2,G3,G4,G5,H1,H2,H3,H4,H5,I1,I2,I3,I4,I5,J1,J2,J3,J4,J5,K1,K2,K3,K4,K5 ;
原子数 atom_count	64680

Aquifex aeolicus lumazine synthase 11-pentamer cage

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ryo__assembly_1__model_1

9ryo__assembly_1__model_1 | I(q)

9ryo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Aquifex aeolicus VF5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Aquifex aeolicus lumazine synthase 11-pentamer cage

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ryo__assembly_1__model_1

9ryo__assembly_1__model_1 | I(q)

9ryo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)