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9s7v

Structure of glycogen phosphorylase - dimeric form - from Escherichia coli

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen phosphorylase

Escherichia coli

UniProt P0AC86

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–815 链 B； UniProt 1–815 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9S7V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9S86 Structure of glycogen phosphorylase - tetrameric form - from Escherichia coli 提交 2025-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–815（815 aa）
链 B 1–815（815 aa）
链 C 1–815（815 aa）
链 D 1–815（815 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9S8B Structure of glycogen phosphorylase - dimeric form - in complex with HPr from Escherichia coli 提交 2025-08-05 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–815（815 aa）
链 B 1–815（815 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
9S8K Structure of glycogen phosphorylase - tetrameric form - in complex with HPr from Escherichia coli 提交 2025-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–815（815 aa）
链 B 1–815（815 aa）
链 C 1–815（815 aa）
链 D 1–815（815 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.06 Å
9UKQ Crystal structure of glycogen phosphorylase from Escherichia coli 提交 2025-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–815（815 aa）
链 B 1–815（815 aa）
链 C 1–815（815 aa）
链 D 1–815（815 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Protein conc: 10.4mg/mL; 0.1M MES pH 6.0, 9% (v/v) PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.273
9UKQ Crystal structure of glycogen phosphorylase from Escherichia coli 提交 2025-04-18 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–815（815 aa）
链 F 1–815（815 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Protein conc: 10.4mg/mL; 0.1M MES pH 6.0, 9% (v/v) PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.273
9UKR Crystal structure of glycogen phosphorylase from E. coli in complex with AMP 提交 2025-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–815（815 aa）
链 B 1–815（815 aa）
链 C 1–815（815 aa）
链 D 1–815（815 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Protein conc: 10.4mg/mL; Reservoir: 0.1M MES pH 6.0, 9% (v/v) PEG 3350
分辨率 3.55 Å R-free 0.272
9UKR Crystal structure of glycogen phosphorylase from E. coli in complex with AMP 提交 2025-04-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–815（815 aa）
链 F 1–815（815 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Protein conc: 10.4mg/mL; Reservoir: 0.1M MES pH 6.0, 9% (v/v) PEG 3350
分辨率 3.55 Å R-free 0.272
9V16 Crystal structure of E. coli glycogen phosphorylase N185A/R267E mutant in complex with AMP 提交 2025-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–815（815 aa）
链 B 1–815（815 aa）
链 C 1–815（815 aa）
链 D 1–815（815 aa）
突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% v/v 1,4-dioxane, 0.1M Tris pH 8.0, 15% w/v polyethylene glycol 3350 (The crystal was soaked in a solution supplemented with 40 mM AMP before data collection)
分辨率 3.45 Å R-free 0.235
9V17 Crystal structure of E. coli glycogen phosphorylase N185A/R267E mutant 提交 2025-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–815（815 aa）
链 B 1–815（815 aa）
链 C 1–815（815 aa）
链 D 1–815（815 aa）
突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% v/v 1,4-dioxane, 0.1M Tris pH 8.0, 15% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 3.70 Å R-free 0.229

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHSG_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 18–832； UniProt 1–815 作者链 B； PDB构建体 18–832； UniProt 1–815

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9s7v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9s7v
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9s7v
沉积日期 deposition_date2025-08-05
结构标题 titleStructure of glycogen phosphorylase - dimeric form - from Escherichia coli
关键词 keywordsGlycogen phosphorylase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.20 Å
零角强度 I(0) i0415269000.00
分子量 molecular_weight166990.0 kDa
排除体积 excluded_volume209170 ų
包络体积 envelope_volume263390 ų
水化壳体积 shell_volume58385 ų
包络直径 envelope_diameter128.4 Å
壳层 Rg shell_rg43.76 Å
包络 Rg envelope_rg37.02 Å
形状 Rg shape_rg37.21 Å
总 Rg total_rg37.59 Å
总原子数 total_atoms22738
残基数 n_residues1591
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.2 Å
Rg (实空间) rg_real37.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal415300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8837
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.1 Å
偏度 Skewness skewness0.355
峰度 Kurtosis kurtosis-0.394
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha161400000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.930
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)