9smq

Crystal structure of LRH-1/TIF-2 peptide in complex with CP4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2

Homo sapiens

UniProt O00482

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 297–541 未记录 Nuclear receptor coactivator 2 × 2 (Q15596) A1JOT 3-[5-phenyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyrazol-3-yl]propanoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.25 M Ammonium phosphate monobasic 0.9 Ammonium phosphate dibasic 分辨率 2.20 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR5A2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–246; UniProt 297–541

Nuclear receptor coactivator 2

Homo sapiens

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 740–753 链 E; UniProt 740–753 未记录 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 × 1 (O00482) A1JOT 3-[5-phenyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyrazol-3-yl]propanoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.25 M Ammonium phosphate monobasic 0.9 Ammonium phosphate dibasic 分辨率 2.20 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 283 个其他 PDB 条目、334 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–14; UniProt 740–753 作者链 E; PDB构建体 1–14; UniProt 740–753

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9smq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9smq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9smq
沉积日期 deposition_date2025-09-08
最后修订 last_revision2025-10-15
结构标题 titleCrystal structure of LRH-1/TIF-2 peptide in complex with CP4
关键词 keywordsNuclear receptor subfamily 5 group A member 2, LRH-1, TIF-2, Nuclear receptor, NR5A2, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.68
零角强度 I(0) i029894700.00
分子量 molecular_weight28373.0 kDa
排除体积 excluded_volume27558 ų
包络体积 envelope_volume44593 ų
水化壳体积 shell_volume19904 ų
包络直径 envelope_diameter66.4
壳层 Rg shell_rg25.05
包络 Rg envelope_rg18.90
形状 Rg shape_rg18.64
总 Rg total_rg19.43
总原子数 total_atoms2144
残基数 n_residues265
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.5
Rg (实空间) rg_real19.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.9890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29890000.0000
解质量估计 total_estimate0.6753
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.0
偏度 Skewness skewness0.205
峰度 Kurtosis kurtosis-0.330
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5308000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.424; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)