SAXSdb — 9uxh

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF3732 domain-containing protein

Vibrio cholerae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA (59-MER) × 1 DNA (59-MER) × 1 ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein × 1 （A0A060KT36） Lamassu C × 1 （A0A655W4S5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A060KSR0_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–653； UniProt 1–653 作者链 F； PDB构建体 1–653； UniProt 1–653

ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein

Vibrio cholerae

UniProt A0A060KT36

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA (59-MER) × 1 DNA (59-MER) × 1 DUF3732 domain-containing protein × 2 （A0A060KSR0） Lamassu C × 1 （A0A655W4S5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A060KT36_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388

Lamassu C

Vibrio cholerae

UniProt A0A655W4S5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA (59-MER) × 1 DNA (59-MER) × 1 DUF3732 domain-containing protein × 2 （A0A060KSR0） ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein × 1 （A0A060KT36）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A655W4S5_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9uxh
沉积日期 deposition_date	2025-05-14
结构标题 title	type II Lamassu, LmuACB with DNA
关键词 keywords	endonuclease; Structural maintenance of chromosomes (SMC) proteins; DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9uxh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9uxh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9uxh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.15 Å
Rg（电子密度）	45.35 Å
总 Rg	45.38 Å
原子数	12615
残基数	1483
排除体积	221330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9uxh__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (59-MER)
分子量 formula_weight	18214.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12615

CGCTTTATCAGAAGCCAGACATTAACGCTTCTGGAGAAACTCAACGAGCTGGACGCGGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (59-MER)
分子量 formula_weight	18151.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TCCGCGTCCAGCTCGTTGAGTTTCTCCAGAAGCGTTAATGTCTGGCTTCTGATAAAGCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DUF3732 domain-containing protein
分子量 formula_weight	74726.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MFFQIEKVVLWSKEAKHKPRVIEFALNKVNLITGSSKSGKSSLIPIIDYCLGSSKCSIPVNTIRDTTAWYGVQIKTKHSRLLIARRDPSNQLSTSNAFFVEAENIEIPQNIEKHNVNIDTVKNRLNEISGVSNISFDFYDTGRIDKKRTSTRDLSAFNYQPQNIIANPNALFYKTDSFEHKSKLVTILPYVLGALSNTDIENQHRIKNLEEEYRKVERRLLKLKRQNEDWLSSAQAYVIKAMELGLVNSDKDIYQLKPERLLNVLKNIATKEIDYSTSAANIKYASEQEAEITKRSRDISNNLAKVKSRLQNINSMNRLANTHSDASRLKRERLSLSKWLLTQNDINSSLFSEPNEIRSLVLEPLARAFSNLEAELEVPIHVQGALSREKIYLEGELTRLASEMKDVNTQLKILRGNKRKLGYDAFSVGKFVGEVEKALSLMGESESESELSKEYKRLKKELSVLRLKIDPREFERKTKLQLAKVNKLASDWLPHLDTENPNAPISLHEKELTITVNSSGREDYLWEIGSGANWLSYHVAITLALHQHFSSLEASPVPNYIIYDQPSQVYFPSKLRHQATPEEDELALLEQDEDIVQVKKIFEAFNGAIEKTKDNLQIIVLDHAPSTLVKSIPKGHLVEEWRNGIKLIPLDWL

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein
分子量 formula_weight	44584.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKDNSTSAVSSWLGYKIQEYRLTQRLLEANNSSCIGFEILDDLEEHTGSTSTFEQDKISTTGRNIVSNHSKDLWKTLSNWMDLIDSGEIDVDNTIFLLFTNKRCHSEVLQLLSTSQATEEASKAFDEILKIVSHPSPSIANYLNNFSKSKTDACRLISKFTYIYGSGSAPHDLRESYKLHRLGALEEHLDEIMYEILGWVSDVLTLAAEKRQPTIVRAKDFGARLGEIESKYRQKTILNYFCNRSSESEDVQNTIKDAPNYIKQLNLINVDDSELEEAAIANLETKDAVVEWTLNGDVQDYSYRYYQRELRRCWGIQKQKIHLDFNGRPETEVGQRLYIECLNNVTRYYLENKKVGDFFAHGTLHSMADKLTIGWHPEFDKKLGDPDA

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Lamassu C
分子量 formula_weight	19339.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLKPENNLEKEAWEINNPAMCSYMLWIATLAYYQKQKEPIHPSRLFCLFPFILYSDTRNVLLSSKGSLKSYLAKFSNSKAISGDIPLSIHFRIDIQKNKTLDALIVAFDSGLLVIDSDSGLIKPNVSIKPLPNSKLTDTIKELVYCSTKIGRWLSEMTNQDLARDLKVIF

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.030 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	122544

type II Lamassu, LmuACB with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF3732 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lamassu C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9uxh__assembly_1__model_1

9uxh__assembly_1__model_1 | I(q)

9uxh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

type II Lamassu, LmuACB with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF3732 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ABC-three component systems C-terminal domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lamassu C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9uxh__assembly_1__model_1

9uxh__assembly_1__model_1 | I(q)

9uxh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)