9vjg

Cryo-EM structure of 5-HT1AR-Gz in complex with (R)-8-OH-DPAT

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 125.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(z) subunit alpha × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) ScFv16 × 1 Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1A × 1 (P0ABE7,P08908) CLR CHOLESTEROL × 2 T7M (2R)-1-(heptadecanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 A1ESE (7~{R})-7-(dipropylamino)-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 20–358; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(z) subunit alpha × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) ScFv16 × 1 Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1A × 1 (P0ABE7,P08908) CLR CHOLESTEROL × 2 T7M (2R)-1-(heptadecanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 A1ESE (7~{R})-7-(dipropylamino)-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1A

Homo sapiens

UniProt P08908

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 25–422 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(z) subunit alpha × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) ScFv16 × 1 CLR CHOLESTEROL × 2 T7M (2R)-1-(heptadecanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 A1ESE (7~{R})-7-(dipropylamino)-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 5HT1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 152–549; UniProt 25–422

Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1A

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 30–127 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(z) subunit alpha × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) ScFv16 × 1 CLR CHOLESTEROL × 2 T7M (2R)-1-(heptadecanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 A1ESE (7~{R})-7-(dipropylamino)-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 42–139; UniProt 30–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9vjg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9vjg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9vjg
沉积日期 deposition_date2025-06-19
结构标题 titleCryo-EM structure of 5-HT1AR-Gz in complex with (R)-8-OH-DPAT
关键词 keywordssignal transduction, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.90
零角强度 I(0) i0524678000.00
分子量 molecular_weight124170.0 kDa
排除体积 excluded_volume120020 ų
包络体积 envelope_volume214030 ų
水化壳体积 shell_volume48743 ų
包络直径 envelope_diameter124.4
壳层 Rg shell_rg42.38
包络 Rg envelope_rg36.96
形状 Rg shape_rg36.90
总 Rg total_rg37.13
总原子数 total_atoms9387
残基数 n_residues1242
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.5
Rg (实空间) rg_real38.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real5.2330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal524700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6956
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary52.5
偏度 Skewness skewness0.320
峰度 Kurtosis kurtosis-0.264
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha2.2030
最高正则化参数 α highest_alpha35650000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 0.890; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.745

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)