9vkw

Cryo-EM structure of the NuA3 complex bound to Ace-coenzyme A

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase SAS3

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	NuA3 HAT complex component NTO1 × 1 （Q12311） Protein YNG1 × 1 （Q08465） Transcription initiation factor TFIID subunit 14 × 1 （P35189） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） ZINC ION × 4 ACETYL COENZYME *A × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAS3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–831； UniProt 1–831

NuA3 HAT complex component NTO1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12311

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone acetyltransferase SAS3 × 1 （P34218） Protein YNG1 × 1 （Q08465） Transcription initiation factor TFIID subunit 14 × 1 （P35189） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） ZINC ION × 4 ACETYL COENZYME *A × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTO1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–748； UniProt 1–748

Protein YNG1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q08465

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone acetyltransferase SAS3 × 1 （P34218） NuA3 HAT complex component NTO1 × 1 （Q12311） Transcription initiation factor TFIID subunit 14 × 1 （P35189） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） ZINC ION × 4 ACETYL COENZYME *A × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YNG1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

Transcription initiation factor TFIID subunit 14

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P35189

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone acetyltransferase SAS3 × 1 （P34218） NuA3 HAT complex component NTO1 × 1 （Q12311） Protein YNG1 × 1 （Q08465） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） ZINC ION × 4 ACETYL COENZYME *A × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAF14_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244

Chromatin modification-related protein EAF6

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P47128

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone acetyltransferase SAS3 × 1 （P34218） NuA3 HAT complex component NTO1 × 1 （Q12311） Protein YNG1 × 1 （Q08465） Transcription initiation factor TFIID subunit 14 × 1 （P35189） ZINC ION × 4 ACETYL COENZYME *A × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EAF6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vkw
沉积日期 deposition_date	2025-06-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of the NuA3 complex bound to Ace-coenzyme A
关键词 keywords	NuA3, Cryo-EM, Histone, nucleosome, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vkw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vkw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vkw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.42 Å
Rg（电子密度）	35.64 Å
总 Rg	36.17 Å
原子数	10735
残基数	1300
排除体积	191170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vkw__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase SAS3
分子量 formula_weight	97722.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10735

MSLTANDESPKPKKNALLKNLEIDDLIHSQFVRSDTNGHRTTRRLFNSDASISHRIRGSVRSDKGLNKIKKGLISQQSKLASENSSQNIVNRDNKMGAVSFPIIEPNIEVSEELKVRIKYDSIKFFNFERLISKSSVIAPLVNKNITSSGPLIGFQRRVNRLKQTWDLATENMEYPYSSDNTPFRDNDSWQWYVPYGGTIKKMKDFSTKRTLPTWEDKIKFLTFLENSKSATYINGNVSLCNHNETDQENEDRKKRKGKVPRIKNKVWFSQIEYIVLRNYEIKPWYTSPFPEHINQNKMVFICEFCLKYMTSRYTFYRHQLKCLTFKPPGNEIYRDGKLSVWEIDGRENVLYCQNLCLLAKCFINSKTLYYDVEPFIFYILTEREDTENHPYQNAAKFHFVGYFSKEKFNSNDYNLSCILTLPIYQRKGYGQFLMEFSYLLSRKESKFGTPQKPLSDLGLLTYRTFWKIKCAEVLLKLRDSARRRSNNKNEDTFQQVSLNDIAKLTGMIPTDVVFGLEQLQVLYRHKTRSLSSLDDFNYIIKIDSWNRIENIYKTWSSKNYPRVKYDKLLWEPIILGPSFGINGMMNLEPTALADEALTNETMAPVISNNTHIENYNNSRAHNKRRRRRRRSSEHKTSKLHVNNIIEPEVPATDFFEDTVSSLTEYMCDYKNTNNDRLIYQAEKRVLESIHDRKGIPRSKFSTETHWELCFTIKNSETPLGNHAARRNDTGISSLEQDEVENDVDTELYVGENAKEDEDEDEDFTLDDDIEDEQISEENDEEEDTYEEDSDDDEDGKRKGQEQDENDIESHIRKERVRKRRKITLIEDDEE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NuA3 HAT complex component NTO1
分子量 formula_weight	86146.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNRGSLDDGPKLREEKHFQDFYPDLNADTLLPFIVPLVETKDNSTDTDSDDISNRNNREIGSVKSVQTKELIFKGRVTTEPLVLKKNEVEFQKCKITTNELKGKKNPYCVRFNESFISRYYHINKVRNRKSYKQQQKEFDGVEAPYFTKFSSKEAPNITISTSTKSAIQKFASISPNLVNFKPQYDMDEQDELYLHYLNKRYFKDQMSHEIFEILMTTLETEWFHIEKHIPSTNSLIARHNILRDCKNYELYGSDDGTGLSMDQACAVCLGTDSDNLNTIVFCDGCDIAVHQECYGIIFIPEGKWLCRRCMISKNNFATCLMCPSHTGAFKQTDTGSWVHNICALWLPELYFSNLHYMEPIEGVQNVSVSRWKLNCYICKKKMGACIQCFQRNCFTAYHVTCARRAGLYMSKGKCTIQELASNQFSQKYSVESFCHKHAPRGWQTSIEGINKARKYFSLLSTLQTETPQHNEANDRTNSKFNKTIWKTPNQTPVAPHVFAEILQKVVDFFGLANPPAGAFDICKYWSMKRELTGGTPLTACFENNSLGSLTEEQVQTRIDFANDQLEDLYRLKELTTLVKKRTQASNSLSRSRKKVFDIVKSPQKYLLKINVLDIFIKSEQFKALERLVTEPKLLVILEKCKHCDFDTVQIFKEEIMHFFEVLETLPGASRILQTVSSKAKEQVTNLIGLIEHVDIKKLLSRDFIINDDKIEERPWSGPVIMEEEGLSDAEELSAGEHRMLKLILNSG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein YNG1
分子量 formula_weight	25391.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEHLANENSDSDIRYSFLSTLDHLPCELIRSLRLMQTIDLFKNEEDEPGMERACRDLLLVATYINDLVDDQIHFLKQHKKELEIQKSVTKNFNSSLENIKSKLTLEEPGAYKEPKLLLKINLKKAKSRERKESITSPTIGINQGDVTEGNNNQEEVYCFCRNVSYGPMVACDNPACPFEWFHYGCVGLKQAPKGKWYCSKDCKEIANQRSKSKRQKRRK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transcription initiation factor TFIID subunit 14
分子量 formula_weight	27473.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MVATVKRTIRIKTQQHILPEVPPVENFPVRQWSIEIVLLDDEGKEIPATIFDKVIYHLHPTFANPNRTFTDPPFRIEEQGWGGFPLDISVFLLEKAGERKIPHDLNFLQESYEVEHVIQIPLNKPLLTEELAKSGSTEETTANTGTIGKRRTTTNTTAEPKAKRAKTGSASTVKGSVDLEKLAFGLTKLNEDDLVGVVQMVTDNKTPEMNVTNNVEEGEFIIDLYSLPEGLLKSLWDYVKKNTE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Chromatin modification-related protein EAF6
分子量 formula_weight	12915.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTDELKSYEALKAELKKSLQDRREQEDTFDNLQQEIYDKETEYFSHNSNNNHSGHGGAHGSKSHYSGNIIKGFDTFSKSHHSHADSAFNNNDRIFSLSSATYVKQQHGQSQND

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	809.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.13 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	134246

Cryo-EM structure of the NuA3 complex bound to Ace-coenzyme A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase SAS3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NuA3 HAT complex component NTO1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein YNG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription initiation factor TFIID subunit 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromatin modification-related protein EAF6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vkw__assembly_1__model_1

9vkw__assembly_1__model_1 | I(q)

9vkw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)