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9vlq

herpes simplex virus type 1 helicase-primase structure in complex with ssDNA, ADP and magnesium ion

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 198.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication helicase

Human alphaherpesvirus 1 strain 17

UniProt P10189

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–882 未记录 Helicase-primase subunit × 1 （G8HBC1） DNA primase × 1 （P10236） DNA (44-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9VLQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9NDT The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S 提交 2025-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 38–882（845 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9NE0 The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir 提交 2025-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 36–882（847 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9NEE The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir 提交 2025-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 37–882（846 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9NEL The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir 提交 2025-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–882（843 aa）
未记录 A1BXD Amenamevir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
9NN2 Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir 提交 2025-03-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–882（852 aa）
未记录 A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9NNP Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA 提交 2025-03-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–882（852 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 4 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9NQP Composite structure of HSV1 helicase-primase in complex with a forked DNA and pritelivir 提交 2025-03-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–882（852 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9UT1 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–882（882 aa）
未记录 A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
9UT3 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–882（882 aa）
未记录 A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9UT5 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–882（882 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9UT6 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–882（882 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HELI_HHV11
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 26–907； UniProt 1–882

Helicase-primase subunit

Human alphaherpesvirus 1 strain 17

UniProt G8HBC1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–750 未记录 DNA replication helicase × 1 （P10189） DNA primase × 1 （P10236） DNA (44-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G8HBC1_HHV11
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 26–775； UniProt 1–750

DNA primase

Human alphaherpesvirus 1 strain 17

UniProt P10236

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–1058 未记录 DNA replication helicase × 1 （P10189） Helicase-primase subunit × 1 （G8HBC1） DNA (44-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9VLQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9NDA The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir 提交 2025-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1058（1057 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9NDQ The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S 提交 2025-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1058（1057 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9NDT The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S 提交 2025-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–892（876 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9NDZ The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1058（1058 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9NE0 The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir 提交 2025-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–1040（1024 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9NEB The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1058（1058 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9NEE The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1058（1058 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9NEL The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1058（1058 aa）
未记录 A1BXD Amenamevir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
9NN2 Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir 提交 2025-03-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1058（1058 aa）
未记录 A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9NNP Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA 提交 2025-03-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1058（1058 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 4 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9NQP Composite structure of HSV1 helicase-primase in complex with a forked DNA and pritelivir 提交 2025-03-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1058（1058 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9UT1 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1058（1058 aa）
突变：R64T/R71E A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
9UT3 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1058（1058 aa）
突变：R64T/R71E A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9UT4 The primase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1058（1058 aa）
突变：R64T/R71E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
9UT5 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1058（1058 aa）
突变：R64T/R71E A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9UT6 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1058（1058 aa）
突变：R64T/R71E A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9UT7 The Primase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1058（1058 aa）
突变：R64T/R71E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRIM_HHV11
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1058； UniProt 1–1058

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9vlq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9vlq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9vlq
沉积日期 deposition_date2025-06-26
结构标题 titleherpes simplex virus type 1 helicase-primase structure in complex with ssDNA, ADP and magnesium ion
关键词 keywords;herpes simplex virus type 1, helicase, primase, UL5, UL52, UL8, DNA replication, Helicase superfamily I, SF1, REPLICATION/DNA, REPLICATION-DNA complex ;; REPLICATION/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.03 Å
零角强度 I(0) i0882032000.00
分子量 molecular_weight250070.0 kDa
排除体积 excluded_volume313740 ų
包络体积 envelope_volume487020 ų
水化壳体积 shell_volume73193 ų
包络直径 envelope_diameter195.4 Å
壳层 Rg shell_rg57.78 Å
包络 Rg envelope_rg54.94 Å
形状 Rg shape_rg57.05 Å
总 Rg total_rg56.97 Å
总原子数 total_atoms17638
残基数 n_residues2274
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax198.9 Å
Rg (实空间) rg_real56.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.33 Å
I(0) (实空间) i0_real8.8200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal881100000.0000
解质量估计 total_estimate0.5587
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.7 Å
偏度 Skewness skewness0.417
峰度 Kurtosis kurtosis-0.564
角度范围 angular_range— – 0.1400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha65370000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.041; Positv: 1.000; Valcen: 0.832; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)