← 返回搜索
9wsr

Structure of mouse NLRP14-KDM2A-SKP1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 118.3 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 2A

Mus musculus

UniProt P59997

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 815–1161 未记录 S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （Q9WTX5） NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 1 （Q6B966） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9WSR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4TN7 Crystal structure of mouse KDM2A-H3K36ME-NO complex 提交 2014-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–364（329 aa） 片段：UNP residues 36-364
链 B 450–517（68 aa） 片段：UNP residues 450-517
未记录 FE FE (III) ION × 1 NO NITRIC OXIDE × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Li-citrate 18-30% PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.279
4TN7 Crystal structure of mouse KDM2A-H3K36ME-NO complex 提交 2014-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 36–364（329 aa） 片段：UNP residues 36-364
链 D 450–517（68 aa） 片段：UNP residues 450-517
未记录 FE FE (III) ION × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Li-citrate 18-30% PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.279
7UVA Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015 提交 2022-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–364（329 aa） 片段：UNP residues 36-364
链 B 450–517（68 aa） 片段：UNP residues 450-517
未记录 FE FE (III) ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-Cl, pH 8.5, 150 mM lithium sulfate, 20% PEG3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.237
7UVA Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015 提交 2022-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 36–364（329 aa） 片段：UNP residues 36-364
链 E 450–517（68 aa） 片段：UNP residues 450-517
未记录 FE FE (III) ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-Cl, pH 8.5, 150 mM lithium sulfate, 20% PEG3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.237
9WSQ Structure of dimeric mouse NLRP14-KDM2A-SKP1 complex 提交 2025-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 815–1161（347 aa）
链 E 815–1161（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KDM2A_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 12–358； UniProt 815–1161

S-phase kinase-associated protein 1

Mus musculus

UniProt Q9WTX5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–163 未记录 Lysine-specific demethylase 2A × 1 （P59997） NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 × 1 （Q6B966） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9WSR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
12DL Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs 提交 2026-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 QA 1–163（163 aa）
链 QB 1–163（163 aa）
链 QC 1–163（163 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
24MC Structure of oocyte cytoplasmic lattices 提交 2026-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 h 1–163（163 aa）
链 j 1–163（163 aa）
链 l 1–163（163 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9W2M Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte 提交 2025-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 K 1–163（163 aa）
链 k 1–163（163 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9WSQ Structure of dimeric mouse NLRP14-KDM2A-SKP1 complex 提交 2025-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–163（163 aa）
链 F 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
9XRL Structure of mouse cytoplasmic lattice (CPL) repeating unit 提交 2025-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric
链 D 1–163（163 aa）
链 F 1–163（163 aa）
链 O 1–163（163 aa）
链 p 1–163（163 aa）
链 q 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 13 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SKP1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 12–174； UniProt 1–163

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14

Mus musculus

UniProt Q6B966

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–993 未记录 Lysine-specific demethylase 2A × 1 （P59997） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （Q9WTX5） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9WSR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
12DL Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs 提交 2026-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 DA 1–993（993 aa）
链 DB 1–993（993 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
24MC Structure of oocyte cytoplasmic lattices 提交 2026-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 e 1–993（993 aa）
链 f 1–993（993 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9SFP Native cytoplasmic lattices from mouse oocytes 提交 2025-08-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 J 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.20 Å
9W2M Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte 提交 2025-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 N 28–993（966 aa）
链 n 28–993（966 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9WSQ Structure of dimeric mouse NLRP14-KDM2A-SKP1 complex 提交 2025-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–993（993 aa）
链 D 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
9XRL Structure of mouse cytoplasmic lattice (CPL) repeating unit 提交 2025-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric
链 AK 1–993（993 aa）
链 AQ 1–993（993 aa）
链 w 1–993（993 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 13 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NAL14_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–1013； UniProt 1–993

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9wsr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9wsr
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9wsr
沉积日期 deposition_date2025-09-15
结构标题 titleStructure of mouse NLRP14-KDM2A-SKP1 complex
关键词 keywordsCryo-EM, Complex, early embryonic development, NLRP14, KDM2A, SKP1, ubiquitylation., CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.07 Å
零角强度 I(0) i0276838000.00
分子量 molecular_weight134470.0 kDa
排除体积 excluded_volume168400 ų
包络体积 envelope_volume244590 ų
水化壳体积 shell_volume52194 ų
包络直径 envelope_diameter119.9 Å
壳层 Rg shell_rg44.92 Å
包络 Rg envelope_rg38.08 Å
形状 Rg shape_rg39.10 Å
总 Rg total_rg39.33 Å
总原子数 total_atoms9408
残基数 n_residues1192
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.3 Å
Rg (实空间) rg_real39.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal276900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9105
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary53.2 Å
偏度 Skewness skewness0.033
峰度 Kurtosis kurtosis-0.784
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33970000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.985; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.878
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)