SAXSdb — 9xbp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–253 链 B； UniProt 1–253 链 C； UniProt 1–253 链 D； UniProt 1–253 链 E； UniProt 1–253	突变：S17R	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XBP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YJO Structure of NNQQNY from yeast prion Sup35 with zinc acetate 提交 2005-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–13（6 aa）片段：prion determining domain of Sup35	未记录	ZN ZINC ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；ZINC SULFATE, SODIUM ACETATE, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.00	分辨率 1.30 Å R-free 0.152
1YJP Structure of GNNQQNY from yeast prion Sup35 提交 2005-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–13（7 aa）片段：prion determining domain of Sup35	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；water, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
4CRN Cryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3 提交 2014-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 256–685（430 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE, VITROBOT MARK 4	分辨率 9.10 Å
5K2E Structure of NNQQNY from yeast prion Sup35 with zinc acetate determined by MicroED 提交 2016-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 8–13（6 aa）片段：UNP residues 8-13	未记录	ZN ZINC ION × 18 ACY ACETIC ACID × 18	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；273 K；1.0 M sodium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.01 M zinc sulfate	分辨率 1.00 Å R-free 0.194
5K2F Structure of NNQQNY from yeast prion Sup35 with cadmium acetate determined by MicroED 提交 2016-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 8–13（6 aa）片段：UNP residues 8-13	未记录	CD CADMIUM ION × 18 ACT ACETATE ION × 18	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；273 K；1.0 M sodium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.01 M cadmium sulfate	分辨率 1.00 Å R-free 0.241
5K2G Structure of GNNQQNY from yeast prion Sup35 in space group P21 determined by MicroED 提交 2016-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 7–13（7 aa）片段：UNP residues 7-13	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7；water cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) X-ray结晶条件 BATCH；pH 7；273 K；water	分辨率 1.10 Å R-free 0.224
5K2H Structure of GNNQQNY from yeast prion Sup35 in space group P212121 determined by MicroED 提交 2016-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 7–13（7 aa）片段：UNP residues 7-13	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7；water cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) X-ray结晶条件 BATCH；pH 7；273 K；water	分辨率 1.05 Å R-free 0.186
9XBK Cryo-EM structure of Sup35NM S17R fibril formed at 4 degrees (S17R4N) 提交 2025-10-24	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–253（253 aa）链 B 1–253（253 aa）链 C 1–253（253 aa）链 D 1–253（253 aa）链 E 1–253（253 aa）	突变：S17R 突变：S17R 突变：S17R 突变：S17R 突变：S17R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
9XBL Cryo-EM structure of Sup35NM S17R fibril formed at 37 degrees (S17R37N) 提交 2025-10-24	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–253（253 aa）链 B 1–253（253 aa）链 C 1–253（253 aa）链 D 1–253（253 aa）链 E 1–253（253 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
9XBM Cryo-EM structure of Sup35NM S17R fibril formed at 37 degrees (S17R37C) 提交 2025-10-24	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–253（253 aa）链 B 1–253（253 aa）链 C 1–253（253 aa）链 D 1–253（253 aa）链 E 1–253（253 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
9XBN Cryo-EM structure of Sup35NM fibril formed at 4 degrees (Sc4) 提交 2025-10-24	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–253（253 aa）链 B 1–253（253 aa）链 C 1–253（253 aa）链 D 1–253（253 aa）链 E 1–253（253 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9XBO Cryo-EM structure of Sup35NM fibril formed at 37 degrees (Sc37) 提交 2025-10-24	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–253（253 aa）链 B 1–253（253 aa）链 C 1–253（253 aa）链 D 1–253（253 aa）链 E 1–253（253 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 B； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 C； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 D； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 E； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xbp
沉积日期 deposition_date	2025-10-24
最后修订 last_revision	2025-12-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of Sup35NM S17R fibril formed at 4 degrees (S17R4C)
关键词 keywords	Yeast, Sup35NM, Amyloid, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.35 Å
零角强度 I(0) i0	21311000.00
分子量 molecular_weight	31794.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38122 Å³
包络体积 envelope_volume	43815 Å³
水化壳体积 shell_volume	19593 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.3 Å
壳层 Rg shell_rg	24.89 Å
包络 Rg envelope_rg	18.66 Å
形状 Rg shape_rg	18.31 Å
总 Rg total_rg	19.23 Å
总原子数 total_atoms	2250
残基数 n_residues	280
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7495
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.155
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.549
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5044000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.295; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	655005

描述 description	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
分子量 formula_weight	29583.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.-
突变 mutation	S17R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

Cryo-EM structure of Sup35NM S17R fibril formed at 4 degrees (S17R4C)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	2275

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

fit	/app/data/saxs_computation/xb/9xbp/9xbp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xb/9xbp/9xbp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xb/9xbp/9xbp.dat