9xz1

KRAS(G12C)-RNK07311-HSP90(N-terminus)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GTPase KRas × 1 （P01116） 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CALCIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ;(5M)-4-{4-[(4-{4-[2-({7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-4-[(3S)-3-(cyanomethyl)-4-propanoylpiperazin-1-yl]-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-2-yl}oxy)ethyl]piperazine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}-5-[2,4-dihydroxy-5-(propan-2-yl)phenyl]-4H-1,2,4-triazole-3-carboxamide ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HS90A_HUMAN
Isoform	P07900-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–236； UniProt 123–358

GTPase KRas

Homo sapiens

UniProt P01116

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Heat shock protein HSP 90-alpha × 1 （P07900） 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CALCIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ;(5M)-4-{4-[(4-{4-[2-({7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-4-[(3S)-3-(cyanomethyl)-4-propanoylpiperazin-1-yl]-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-2-yl}oxy)ethyl]piperazine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}-5-[2,4-dihydroxy-5-(propan-2-yl)phenyl]-4H-1,2,4-triazole-3-carboxamide ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RASK_HUMAN
Isoform	P01116-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–170； UniProt 1–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xz1
沉积日期 deposition_date	2025-08-26
最后修订 last_revision	2025-10-15
结构标题 title	KRAS(G12C)-RNK07311-HSP90(N-terminus)
关键词 keywords	KRAS HSP90 Heterobifunctional Inhibitor, CHAPERONE, CHAPERONE-ONCOPROTEIN complex; CHAPERONE/ONCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9xz1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9xz1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9xz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.18 Å
Rg（电子密度）	23.40 Å
总 Rg	24.29 Å
原子数	3180
残基数	386
排除体积	56135 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9xz1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heat shock protein HSP 90-alpha
分子量 formula_weight	26601.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3293

MPEETQTQDQPMEEEEVETFAFQAEIAQLMSLIINTFYSNKEIFLRELISNSSDALDKIRYESLTDPSKLDSGKELHINLIPNKQDRTLTIVDTGIGMTKADLINNLGTIAKSGTKAFMEALQAGADISMIGQFGVGFYSAYLVAEKVTVITKHNDDEQYAWESSAGGSFTVRTDTGEPMGRGTKVILHLKEDQTEYLEERRIKEIVKKHSQFIGYPITLFVEKERDKEVSDDEAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GTPase KRas
分子量 formula_weight	19352.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GMTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETSLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLLVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKSDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;(5M)-4-{4-[(4-{4-[2-({7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-4-[(3S)-3-(cyanomethyl)-4-propanoylpiperazin-1-yl]-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-2-yl}oxy)ethyl]piperazine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}-5-[2,4-dihydroxy-5-(propan-2-yl)phenyl]-4H-1,2,4-triazole-3-carboxamide ;
分子量 formula_weight	1064.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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晶胞边长 a length_a	103.575 Å
晶胞边长 b length_b	42.537 Å
晶胞边长 c length_c	95.283 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	48.530 Å
R 因子 r_factor	0.1918
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2491

KRAS(G12C)-RNK07311-HSP90(N-terminus)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GTPase KRas

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9xz1__assembly_1__model_1

9xz1__assembly_1__model_1 | I(q)

9xz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

KRAS(G12C)-RNK07311-HSP90(N-terminus)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GTPase KRas

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9xz1__assembly_1__model_1

9xz1__assembly_1__model_1 | I(q)

9xz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)