SAXSdb — 9xzf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 3 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 46–783 链 B； UniProt 46–783 链 C； UniProt 46–783	未记录	RNA (31-MER) × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XZF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3U1K Crystal structure of human PNPase 提交 2011-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 46–669（624 aa）片段：UNP residues 46-669	未记录	CIT CITRIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；10%(v/v) 2-Propanol, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 26%(v/v) Polyethylene glycol 400 , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.223
3U1K Crystal structure of human PNPase 提交 2011-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 46–669（624 aa）片段：UNP residues 46-669 链 C 46–669（624 aa）片段：UNP residues 46-669 链 D 46–669（624 aa）片段：UNP residues 46-669	未记录	CIT CITRIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；10%(v/v) 2-Propanol, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 26%(v/v) Polyethylene glycol 400 , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.223
5ZF6 Crystal structure of the dimeric human PNPase 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–669（624 aa）链 B 46–669（624 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1M citrate buffer (pH 5.0), 10% (v/v) 2-propanol, 26% (v/v) polyethylene glycol 400	分辨率 2.80 Å R-free 0.249
9KJR The cryo-EM structure of human PNPase in the open conformation 提交 2024-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 46–753（708 aa）链 B 46–753（708 aa）链 C 46–753（708 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.86 Å
9KJT The cryo-EM structure of human PNPase in the closed conformation 提交 2024-11-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 46–783（738 aa）链 B 46–783（738 aa）链 C 46–783（738 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
9NJB hPNPase RNA pre-catalytic state 提交 2025-02-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 46–783（738 aa）链 B 46–783（738 aa）链 C 46–783（738 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.15 Å
9NJC hPNPase bound to PO4 in loop conformation 1 提交 2025-02-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 46–783（738 aa）链 B 46–783（738 aa）链 C 46–783（738 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.36 Å
9NJD hPNPase bound to PO4 in loop conformation 3 提交 2025-02-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 46–783（738 aa）链 B 46–783（738 aa）链 C 46–783（738 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.44 Å
9NJE hPNPase bound to PO4 in loop conformation 2 提交 2025-02-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 46–783（738 aa）链 B 46–783（738 aa）链 C 46–783（738 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.44 Å
9NO0 hPNPase RNA loading state 提交 2025-03-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 46–783（738 aa）链 B 46–783（738 aa）链 C 46–783（738 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.08 Å
9XYI hPNPase RNA loading state 提交 2025-08-26	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 46–783（738 aa）链 B 46–783（738 aa）链 C 46–783（738 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.46 Å

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PNPT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–739； UniProt 46–783 作者链 B； PDB构建体 2–739； UniProt 46–783 作者链 C； PDB构建体 2–739； UniProt 46–783

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xzf
沉积日期 deposition_date	2025-08-27
结构标题 title	hPNPase RNA loading state with extended RNA in the bottom
关键词 keywords	;RNase, Protein-RNA Complex, RNA degradation, mitochondria, phosphorolytic enzyme, TRANSFERASE-RNA complex, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex ;; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.99 Å
零角强度 I(0) i0	648790000.00
分子量 molecular_weight	207410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	260090 Å³
包络体积 envelope_volume	338750 Å³
水化壳体积 shell_volume	73560 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.85 Å
包络 Rg envelope_rg	35.20 Å
形状 Rg shape_rg	35.99 Å
总 Rg total_rg	36.61 Å
总原子数 total_atoms	14555
残基数 n_residues	1880
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	648900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.025
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.640
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	204000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.867

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	84417.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	14555

MAVAVDLGNRKLEISSGKLARFADGSAVVQSGDTAVMVTAVSKTKPSPSQFMPLVVDYRQKAAAAGRIPTNYLRREIGTSDKEILTSRIIDRSIRPLFPAGYFYDTQVLCNLLAVDGVNEPDVLAINGASVALSLSDIPWNGPVGAVRIGIIDGEYVVNPTRKEMSSSTLNLVVAGAPKSQIVMLEASAENILQQDFCHAIKVGVKYTQQIIQGIQQLVKETGVTKRTPQKLFTPSPEIVKYTHKLAMERLYAVFTDYEHDKVSRDEAVNKIRLDTEEQLKEKFPEADPYEIIESFNVVAKEVFRSIVLNEYKRCDGRDLTSLRNVSCEVDMFKTLHGSALFQRGQTQVLCTVTFDSLESGIKSDQVITAINGIKDKNFMLHYEFPPYATNEIGKVTGLNRRELGHGALAEKALYPVIPRDFPFTIRVTSEVLESNGSSSMASACGGSLALMDSGVPISSAVAGVAIGLVTKTDPEKGEIEDYRLLTDILGIEDYNGDMDFKIAGTNKGITALQADIKLPGIPIKIVMEAIQQASVAKKEILQIMNKTISKPRASRKENGPVVETVQVPLSKRAKFVGPGGYNLKKLQAETGVTISQVDEETFSVFAPTPSAMHEARDFITEICKDDQEQQLEFGAVYTATITEIRDTGVMVKLYPNMTAVLLHNTQLDQRKIKHPTALGLEVGQEIQVKYFGRDPADGRMRLSRKVLQSPATTVVRTLNDRSSIVMGEPISQSSSNSQSGSGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9825.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ACACAACACAACACACACCACACACACAUAA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.65 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	89314

fit	/app/data/saxs_computation/xz/9xzf/9xzf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xz/9xzf/9xzf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xz/9xzf/9xzf.dat

hPNPase RNA loading state with extended RNA in the bottom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)