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9xzy

DEPDC5 dimer (tandem DEPDC5) focused map

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 142.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GATOR1 complex protein DEPDC5

Homo sapiens

UniProt O75140

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–1603 链 H； UniProt 1–1603 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9XZY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6CES Cryo-EM structure of GATOR1-RAG 提交 2018-02-12 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–1603（1603 aa）
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6CET Cryo-EM structure of GATOR1 提交 2018-02-12 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1603（1603 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
7T3A GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex 提交 2021-12-07 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1603（1603 aa）
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7T3B GATOR1-RAG-RAGULATOR - GAP Complex 提交 2021-12-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1603（1603 aa）
突变：Y775A GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7T3C GATOR1-RAG-RAGULATOR - Dual Complex 提交 2021-12-07 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–1603（1603 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8FW5 Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex 提交 2023-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1603（1603 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
9O5A The KICSTOR-GATOR1 complex 提交 2025-04-09 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–1603（1603 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9O5D The KICSTOR-GATOR1-SAMTOR complex 提交 2025-04-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1603（1603 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9O5E The dimeric KICSTOR-GATOR1 supercomplex 提交 2025-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 H 1–1603（1603 aa）
链 J 1–1603（1603 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å
9V0J Cryo-EM structure of GATOR1-KICSTOR complex 提交 2025-05-18 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1603（1603 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DEPD5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 19–1621； UniProt 1–1603 作者链 H； PDB构建体 1782–3384； UniProt 1–1603

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xzy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xzy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xzy
沉积日期 deposition_date2025-08-28
结构标题 titleDEPDC5 dimer (tandem DEPDC5) focused map
关键词 keywordsLysosome, GATOR1, KICSTOR, cell growth, amino acid sensing, mTOR, KPTN, ITFG2, C12orf66, SZT2, NPRL2, NPRL3, DEPDC5, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.20 Å
零角强度 I(0) i0701072000.00
分子量 molecular_weight222940.0 kDa
排除体积 excluded_volume280880 ų
包络体积 envelope_volume368880 ų
水化壳体积 shell_volume74195 ų
包络直径 envelope_diameter152.1 Å
壳层 Rg shell_rg47.46 Å
包络 Rg envelope_rg39.85 Å
形状 Rg shape_rg40.16 Å
总 Rg total_rg40.73 Å
总原子数 total_atoms31098
残基数 n_residues1912
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.5 Å
Rg (实空间) rg_real40.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real7.0110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2230e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal701200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8600
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary51.1 Å
偏度 Skewness skewness0.205
峰度 Kurtosis kurtosis-0.273
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha77100000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)