9y9n

PLK4 in complex with Compound 25 ((R)-7-hydroxy-N-(3-(1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl)-1H-pyrazol-4-yl)-7-(trifluoromethyl)-4-azaspiro[2.5]octane-4-carboxamide)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase PLK4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4–269	未记录	A1CTV (7R)-7-hydroxy-N-{(5P)-5-[1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl]-1H-pyrazol-4-yl}-7-(trifluoromethyl)-4-azaspiro[2.5]octane-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；1.4 M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic pH 5.6	分辨率 1.81 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Y9N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2N19 STIL binding to the Polo-box domain 3 of PLK4 regulates centriole duplication 提交 2015-03-24	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 ambient NMR样品组成 0.6-1.2 M [U-13C; U-15N; U-2H] PLK4-PB3, 20 mM MOPS, 30 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6-1.2 M [U-2H,15N,methyl13C/rest-12C-ILV]-PB3 PLK4-PB3, 20 mM MOPS, 30 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1200 mM [U-2H,15N,13C,methyl13C/1H-ILV]-PB3 PLK4-PB3, 20 mM MOPS, 30 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 600 mM [U-2H, U-15N] PLK4-PB3, 20 mM MOPS, 30 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3COK Crystal structure of PLK4 kinase 提交 2008-03-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–275（274 aa）片段：Protein kinase domain: Residues 2-275	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；100mM Sodium citrate pH 6.0, 16% PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.261
3COK Crystal structure of PLK4 kinase 提交 2008-03-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–275（274 aa）片段：Protein kinase domain: Residues 2-275	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；100mM Sodium citrate pH 6.0, 16% PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.261
4JXF Crystal Structure of PLK4 Kinase with an inhibitor: 400631 ((1R,2S)-2-{3-[(E)-2-{4-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]PHENYL}ETHENYL]-2H-INDAZOL-6-YL}-5'-METHOXYSPIRO[CYCLOPROPANE-1,3'-INDOL]-2'(1'H)-ONE) 提交 2013-03-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–269（266 aa）片段：PLK4 kinase	未记录	631 (1R,2S)-2-{3-[(E)-2-{4-[(dimethylamino)methyl]phenyl}ethenyl]-2H-indazol-6-yl}-5'-methoxyspiro[cyclopropane-1,3'-indol]-2'(1'H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；23% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5 0.16 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.268
4N7V Crystal structure of human Plk4 cryptic polo box (CPB) in complex with a Cep152 N-terminal fragment 提交 2013-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 580–808（229 aa）片段：UNP residues 580-808 链 B 580–808（229 aa）片段：UNP residues 580-808	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295.15 K；22% PEG 4000, 3% Iso-propanol, 0.1M Tris-HCl, 0.2M Lithium Sulfate , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 2.76 Å R-free 0.288
4N7Z Crystal structure of human Plk4 cryptic polo box (CPB) in complex with a Cep192 N-terminal fragment 提交 2013-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 580–808（229 aa）片段：UNP residues 580-808	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295.15 K；20% PEG 1500, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 2.85 Å R-free 0.260
4N9J Crystal structure of the cryptic polo box domain of human Plk4 提交 2013-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 581–808（228 aa）片段：cryptic polo box, UNP residues 580-808 链 B 581–808（228 aa）片段：cryptic polo box, UNP residues 580-808	未记录	CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；100 mM Bis-Tris (pH 5.5), 2.0 M ammonium sulfate, 1% (v/v) methanol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.249
4YUR Crystal Structure of Plk4 Kinase Domain Bound to Centrinone 提交 2015-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–275（274 aa）片段：UNP residues 2-275	未记录	4J7 2-({2-fluoro-4-[(2-fluoro-3-nitrobenzyl)sulfonyl]phenyl}sulfanyl)-5-methoxy-N-(3-methyl-1H-pyrazol-5-yl)-6-(morpholin-4-yl)pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 30% PEG 400	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
4YYP Crystal structure of human PLK4-PB3 in complex with STIL-CC 提交 2015-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 884–970（87 aa）片段：residues 884-970	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Thin needles grew in precipitant solution containing 100 mM Hepes, pH 7.0, 20 mM MgCl2 and 22% Poly(acrylic acid sodium salt) 5100. After extensive optimization and seeding plate-like crystals were grown in a drop consisting of 50% PLK4-PB3/STIL-CC complex solution, 33.3% precipitant solution (100 mM phosphate/citrate pH 4.2, 40% (v/v) Ethanol, 5% (w/v) PEG 1000) and 16.7% of seed stock solution.	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 B 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 T 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 V 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 X 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 Z 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 2 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 3 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 4 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 5 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 6 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 17 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 7 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 8 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 18 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 9 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 a 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 19 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 c 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 D 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 20 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 d 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 e 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 21 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 f 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 g 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 22 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 h 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 i 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 23 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 j 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 k 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 24 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 l 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 m 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 25 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 n 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 o 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 26 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 p 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 q 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 27 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 r 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 s 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 28 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 t 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 u 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 29 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 v 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 w 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 F 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 30 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 x 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 y 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 H 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 J 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 L 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 N 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 P 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHY PB3 Domain of Human PLK4 (apo) 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970 链 R 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100 nl protein solution (52.3 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 100 nl mother liquor (32.27% v/v PPG400, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, unbuffered)	分辨率 3.31 Å R-free 0.295
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 884–970（87 aa）片段：UNP residues 884-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
6N45 Crystal structure of the cryptic polo box domain of human activated Plk4 variant 1 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 581–808（228 aa）链 B 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；4.3M Ammonium Acetate 0.1M BisTris propane pH 8.0	分辨率 2.64 Å R-free 0.314
6N46 Crystal structure of the cryptic polo box domain of a human activated Plk4 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 581–808（228 aa）链 B 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；22.5% (w/v) PEG2000 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt 0.1M bicine (pH 8.5) 24 uM nonaethylene glycol monododecyl ether (C12E9) 8% (w/v) glycerol	分辨率 3.71 Å R-free 0.309
6N46 Crystal structure of the cryptic polo box domain of a human activated Plk4 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 581–808（228 aa）链 D 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；22.5% (w/v) PEG2000 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt 0.1M bicine (pH 8.5) 24 uM nonaethylene glycol monododecyl ether (C12E9) 8% (w/v) glycerol	分辨率 3.71 Å R-free 0.309
6N46 Crystal structure of the cryptic polo box domain of a human activated Plk4 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 581–808（228 aa）链 F 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；22.5% (w/v) PEG2000 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt 0.1M bicine (pH 8.5) 24 uM nonaethylene glycol monododecyl ether (C12E9) 8% (w/v) glycerol	分辨率 3.71 Å R-free 0.309
6N46 Crystal structure of the cryptic polo box domain of a human activated Plk4 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 581–808（228 aa）链 H 581–808（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；22.5% (w/v) PEG2000 3% (w/v) dextran sulfate sodium salt 0.1M bicine (pH 8.5) 24 uM nonaethylene glycol monododecyl ether (C12E9) 8% (w/v) glycerol	分辨率 3.71 Å R-free 0.309
6W38 Crystal structure of the FAM46C/Plk4 complex 提交 2020-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 585–807（223 aa）片段：UNP residues 585-807	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 10；293 K；0.2 M Tris, pH 10	分辨率 4.48 Å R-free 0.295
6W3I Crystal structure of a FAM46C mutant in complex with Plk4 提交 2020-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 585–807（223 aa）片段：UNP residues 585-807	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris, pH 6.0	分辨率 3.80 Å R-free 0.261
6W3J Crystal structure of the FAM46C/Plk4/Cep192 complex 提交 2020-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 585–807（223 aa）片段：UNP residues 585-807	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 10；293 K；0.2 M Tris, pH 10	分辨率 4.38 Å R-free 0.314
8XPG The Crystal Structure of polo box domain of Plk4 from Biortus. 提交 2024-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 581–808（228 aa）链 B 581–808（228 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.00M Ammonium sulfate, 100mM TRIS, pH7.0, 200mM Lithium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
9O63 Crystal structure of PLK4 and RP1664 complex 提交 2025-04-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–275（274 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 A1CAD 5-cyclopropyl-N~2~-[2,6-difluoro-4-(methanesulfonyl)phenyl]-N~2~-methyl-6-(1-methyl-1H-imidazol-4-yl)-N~4~-(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；9 - 14% PEG4K, 0.1 M Na Cit; pH 5.4 - 5.5, 0.2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.26 Å R-free 0.264
9Y9B PLK4 in complex with Compound 6 (3-hydroxy-N-(3-(pyridin-2-yl)-1H-pyrazol-4-yl)-8-azabicyclo[3.2.1]octane-8-carboxamide) 提交 2025-09-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–275（274 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 A1CTX (1R,3r,5S)-3-hydroxy-N-[3-(pyridin-2-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octane-8-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 16% ethanol , 5 mM DTT	分辨率 2.70 Å R-free 0.335

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLK4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–266； UniProt 4–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y9n
沉积日期 deposition_date	2025-09-14
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	PLK4 in complex with Compound 25 ((R)-7-hydroxy-N-(3-(1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl)-1H-pyrazol-4-yl)-7-(trifluoromethyl)-4-azaspiro[2.5]octane-4-carboxamide)
关键词 keywords	PLK4, type 1 inhibitor, SBDD, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.63 Å
零角强度 I(0) i0	12392000.00
分子量 molecular_weight	26470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33130 Å³
包络体积 envelope_volume	38076 Å³
水化壳体积 shell_volume	17488 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.46 Å
包络 Rg envelope_rg	18.92 Å
形状 Rg shape_rg	18.67 Å
总 Rg total_rg	19.37 Å
总原子数 total_atoms	3681
残基数 n_residues	226
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.9 Å
Rg (实空间) rg_real	19.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8104
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.361
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.291
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3508000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase PLK4
分子量 formula_weight	30530.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3834

CIGEKIEDFKVGNLLGKGSFAGVYRAESIHTGLEVAIKMIDKKAMYKAGMVQRVQNEVKIHCQLKHPSILELYNYFEDSNYVYLVLEMCHNGEMNRYLKNRVKPFSENEARHFMHQIITGMLYLHSHGILHRDLTLSNLLLTRNMNIKIADFGLATQLKMPHEKHYDLCGTPNYISPEIATRSAHGLESDVWSLGCMFYTLLIGRPPFDTDTVKNTLNKVVLADYEMPSFLSIEAKDLIHQLLRRNPADRLSLSSVLDHPFMSRNS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(7R)-7-hydroxy-N-{(5P)-5-[1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl]-1H-pyrazol-4-yl}-7-(trifluoromethyl)-4-azaspiro[2.5]octane-4-carboxamide ;
分子量 formula_weight	503.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	128

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.097 Å
晶胞边长 b length_b	105.097 Å
晶胞边长 c length_c	47.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	23.200 Å
R 因子 r_factor	0.2094
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2372

fit	/app/data/saxs_computation/y9/9y9n/9y9n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y9/9y9n/9y9n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y9/9y9n/9y9n.dat