SAXSdb — 9yaa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SnoaL-like domain-containing protein

Mycobacterium ulcerans Agy99

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–124	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；291 K；12% 4000, 0.1M sodium acetate pH 4.2, 10mM dihdrogen potassium phosphate. MyulA.17060.a.A1.PB00143 at 15 mg/mL. Liu-S-182 drop CD/4, Puck: PSL-0407, Cryo: 32% PEG 4000, 0.2M sodium acetate pH 4.0	分辨率 1.36 Å R-free 0.181

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YAA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
12IS Crystal structure of a SnoaL-like domain-containing protein from Mycobacterium ulcerans (Zinc Bound) 提交 2026-04-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–124（123 aa）片段：S2-Y125	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；291 K；12% 4000, 0.1M sodium acetate pH 4.2, 10mM dihdrogen potassium phosphate. MyulA.17060.a.A1.PB00143 at 15 mg/mL. Liu-S-182 drop CD/4, Puck: PSL-0405, Cryo: 32% PEG 4000, 0.2M sodium acetate pH 4.0	分辨率 1.31 Å R-free 0.174
9PL2 Crystal structure of a SnoaL-like domain-containing protein from Mycobacterium ulcerans 提交 2025-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–124（123 aa）链 B 2–124（123 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.8；291 K；8% (w/v) PEG 4K, 0.1M Cit pH 3.8, 10mM potassium dihydrogen phosphate. MyulA.17060.a.A1.PB00143 at 15 mg/mL. plate Liu-S-182 C1 Puck: PSL0114, Cryo: 75% crystallant + 25% PEG 200.	分辨率 1.37 Å R-free 0.190

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0PR67_MYCUA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–146； UniProt 2–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yaa
沉积日期 deposition_date	2025-09-15
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	Crystal structure of a SnoaL-like domain-containing protein from Mycobacterium ulcerans (Orthorhombic C form)
关键词 keywords	SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, SnoaL-like domain, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.81 Å
零角强度 I(0) i0	3975850.00
分子量 molecular_weight	14177.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17786 Å³
包络体积 envelope_volume	19840 Å³
水化壳体积 shell_volume	12229 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.4 Å
壳层 Rg shell_rg	19.57 Å
包络 Rg envelope_rg	14.08 Å
形状 Rg shape_rg	13.79 Å
总 Rg total_rg	15.09 Å
总原子数 total_atoms	1001
残基数 n_residues	119
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.5 Å
Rg (实空间) rg_real	15.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9760e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4040e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3976000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8742
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.076
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.326
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	833400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SnoaL-like domain-containing protein
分子量 formula_weight	16936.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1170

MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSMVSIALLREMFEKMVVAKNAELIGHYYDPDFVMYSDGLRQEFAEFNEGHRKIYASAISYAIEYDEDAWVQAPDRVAGRVWITTSRPGEKPTRIEVILIAAYRDCRIHRIWETTWPSWRNVAALED

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium ulcerans Agy99
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	362242
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	114

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.073 Å
晶胞边长 b length_b	71.564 Å
晶胞边长 c length_c	56.445 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.360 Å
最低分辨率 resolution_low	46.890 Å
R 因子 r_factor	0.1591
R_work r_work	0.1579
R_free r_free	0.1815

fit	/app/data/saxs_computation/ya/9yaa/9yaa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ya/9yaa/9yaa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ya/9yaa/9yaa.dat

Crystal structure of a SnoaL-like domain-containing protein from Mycobacterium ulcerans (Orthorhombic C form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SnoaL-like domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction