SAXSdb — 9z2n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA cytosine C(5)-methyltransferase NSUN2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–767	未记录	tRNA Lys(CTT) × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.57 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Z2N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9Z2O CryoEM structure of human NSUN2(C271A) with SAH cross-linked to tRNA Lys(CTT) (No D-arm conformation) 提交 2025-11-05	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–767（766 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.66 Å
9Z2P CryoEM structure of human NSUN2 with tRNA Lys(CTT) (Conformation 1) 提交 2025-11-05	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–767（766 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.91 Å
9Z2Q CryoEM structure of human NSUN2 with tRNA Lys(CTT) (Conformation 2) 提交 2025-11-05	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–767（766 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.88 Å
9Z2R CryoEM structure of human NSUN2 with tRNA Lys(CTT) and SFG (D-arm conformation) 提交 2025-11-05	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–767（766 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.71 Å
9Z2T CryoEM structure of human NSUN2 with tRNA Lys(CTT) and SFG (No D-arm conformation) 提交 2025-11-05	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–767（766 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.70 Å
9Z2U CryoEM structure of human NSUN2(C271A) with SAH cross-linked to tRNA Lys(TTT) (D-arm conformation) 提交 2025-11-05	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–767（766 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
9Z2W CryoEM structure of human NSUN2(C271A) with SAH cross-linked to tRNA Lys(TTT) (No D-arm conformation) 提交 2025-11-05	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–767（766 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
9Z3D CryoEM structure of human NSUN2(C271A) with SAH cross-linked to a pre-tRNA Leu(CAA) intron 提交 2025-11-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–767（766 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.96 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSUN2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–782； UniProt 2–767

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9z2n
沉积日期 deposition_date	2025-11-05
结构标题 title	CryoEM structure of human NSUN2(C271A) with SAH cross-linked to tRNA Lys(CTT) (D-arm conformation)
关键词 keywords	Transferase, Methyltransferase, tRNA, Complex; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.34 Å
零角强度 I(0) i0	325356000.00
分子量 molecular_weight	87773.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80174 Å³
包络体积 envelope_volume	146180 Å³
水化壳体积 shell_volume	41760 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.72 Å
包络 Rg envelope_rg	28.31 Å
形状 Rg shape_rg	28.30 Å
总 Rg total_rg	28.94 Å
总原子数 total_atoms	6481
残基数 n_residues	675
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	325400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8970
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.217
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA cytosine C(5)-methyltransferase NSUN2
分子量 formula_weight	88382.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-,2.1.1.203
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6481

MHHHHHHENLYFQGSGGRRSRGRRLQQQQRPEDAEDGAEGGGKRGEAGWEGGYPEIVKENKLFEHYYQELKIVPEGEWGQFMDALREPLPATLRITGYKSHAKEILHCLKNKYFKELEDLEVDGQKVEVPQPLSWYPEELAWHTNLSRKILRKSPHLEKFHQFLVSETESGNISRQEAVSMIPPLLLNVRPHHKILDMCAAPGSKTTQLIEMLHADMNVPFPEGFVIANDVDNKRCYLLVHQAKRLSSPCIMVVNHDASSIPRLQIDVDGRKEILFYDRILCDVPASGDGTMRKNIDVWKKWTTLNSLQLHGLQLRIATRGAEQLAEGGRMVYSTCSLNPIEDEAVIASLLEKSEGALELADVSNELPGLKWMPGITQWKVMTKDGQWFTDWDAVPHSRHTQIRPTMFPPKDPEKLQAMHLERCLRILPHHQNTGGFFVAVLVKKSSMPWNKRQPKLQGKSAETRESTQLSPADLTEGKPTDPSKLESPSFTGTGDTEIAHATEDLENNGSKKDGVCGPPPSKKMKLFGFKEDPFVFIPEDDPLFPPIEKFYALDPSFPRMNLLTRTTEGKKRQLYMVSKELRNVLLNNSEKMKVINTGIKVWCRNNSGEEFDCAFRLAQEGIYTLYPFINSRIITVSMEDVKILLTQENPFFRKLSSETYSQAKDLAKGSIVLKYEPDSANPDALQCPIVLCGWRGKASIRTFVPKNERLHYLRMMGLEVLGEKKKEGVILTNESAASTGQPDNDVTEGQRAGEPNSPDAEEANSPDVTAGCDPAGVHPPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	tRNA Lys(CTT)
分子量 formula_weight	24508.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUGGGACUCUUAAUCCCAGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGCGCCA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.57 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	243000

fit	/app/data/saxs_computation/z2/9z2n/9z2n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z2/9z2n/9z2n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z2/9z2n/9z2n.dat

CryoEM structure of human NSUN2(C271A) with SAH cross-linked to tRNA Lys(CTT) (D-arm conformation)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA cytosine C(5)-methyltransferase NSUN2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)