SAXSdb — 9z9h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gap junction alpha-8 protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–440 链 B； UniProt 1–440 链 C； UniProt 1–440 链 D； UniProt 1–440 链 E； UniProt 1–440 链 F； UniProt 1–440 链 G； UniProt 1–440 链 H； UniProt 1–440 链 I； UniProt 1–440 链 J； UniProt 1–440 链 K； UniProt 1–440 链 L； UniProt 1–440	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 180	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Z9H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6MHY Structure of connexin-50 intercellular gap junction channel at 3.4 angstrom resolution by cryoEM 提交 2018-09-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7JJP Sheep Connexin-50 at 1.9 angstroms resolution by CryoEM 提交 2020-07-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 180	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.94 Å
7JLW Sheep Connexin-50 at 2.5 angstroms resolution, Lipid Class 1 提交 2020-07-30	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 132	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7JM9 Sheep Connexin-50 at 2.5 angstroms reoslution, Lipid Class 2 提交 2020-07-31	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 168	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7JMC Sheep Connexin-50 at 2.5 angstroms resolution, Lipid Class 3 提交 2020-07-31	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 144	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9Z7W Stable open sheep connexin-50 in amphipol at low pH 提交 2025-11-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9Z82 Stable open state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at neutral pH 提交 2025-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 312	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.00 Å
9Z8L Destabilized open state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at neutral pH 提交 2025-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 276	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
9Z9B Gated state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at neutral pH 提交 2025-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 192	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9Z9W Destabilized open state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at low pH 提交 2025-11-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 288	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
9Z9Y Gated state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at low pH 提交 2025-11-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 396	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
9ZA4 Asymmetrically gated state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at low pH 提交 2025-11-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–440（440 aa）链 B 1–440（440 aa）链 C 1–440（440 aa）链 D 1–440（440 aa）链 E 1–440（440 aa）链 F 1–440（440 aa）链 G 1–440（440 aa）链 H 1–440（440 aa）链 I 1–440（440 aa）链 J 1–440（440 aa）链 K 1–440（440 aa）链 L 1–440（440 aa）	未记录	MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 252	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CXA8_SHEEP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 B； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 C； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 D； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 E； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 F； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 G； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 H； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 I； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 J； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 K； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 L； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9z9h
沉积日期 deposition_date	2025-11-18
结构标题 title	Stable open state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at low pH
关键词 keywords	connexin, gap junction, cryo-EM, pH regulation, lipid gating, large-pore channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.42 Å
零角强度 I(0) i0	741799000.00
分子量 molecular_weight	283600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	378480 Å³
包络体积 envelope_volume	481050 Å³
水化壳体积 shell_volume	85120 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.1 Å
壳层 Rg shell_rg	52.40 Å
包络 Rg envelope_rg	46.12 Å
形状 Rg shape_rg	46.40 Å
总 Rg total_rg	46.75 Å
总原子数 total_atoms	41820
残基数 n_residues	2220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.4 Å
Rg (实空间) rg_real	46.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	741500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8032
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.533
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	116700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.014

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gap junction alpha-8 protein
分子量 formula_weight	49216.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	42612

MGDWSFLGNILEEVNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQPGCENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLVYVGHAVHHVRMEEKRKEREAEELSQQSPGNGGERAPLAADQGSVKKSSSSSKGTKKFRLEGTLLRTYVCHIIFKTLFEVGFIVGHYFLYGFRILPLYRCSRWPCPNVVDCFVSRPTEKTIFILFMLSVASVSLFLNILEMSHLGLKKIRSAFKRPVEQPLGEIPEKSLHSIAVSSIQKAKGYQLLEEEKIVSHYFPLTEVGMVEASPLSAKPFSQFEEKVGPGPLGDLSRAYQETLPSYAQVGAQEGVEEEQPIEAAAEPEVGDKSQEAERVSTEGEETLAVLEEEKVEPPEVEKEAEKEETPPEKVSKQELTPEKAPSLCAELPGEDTRPLSRLSKASSRARSDDLTV

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	677.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	180

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	792

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	42656

fit	/app/data/saxs_computation/z9/9z9h/9z9h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/9z9h/9z9h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/9z9h/9z9h.dat

Stable open state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at low pH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gap junction alpha-8 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)