9zkp

The TMD structure of native mouse AMPAR with 2 TARPs 2 CNIHs

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Glutamate receptor 2 × 2 （C9K0Z0） Protein cornichon homolog 2 × 2 （O35089） Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW2） PALMITIC ACID × 12 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 8 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRIA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–500； UniProt 408–907 作者链 C； PDB构建体 1–500； UniProt 408–907

Glutamate receptor 2

物种未注明

UniProt C9K0Z0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Glutamate receptor 1 × 2 （P23818） Protein cornichon homolog 2 × 2 （O35089） Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW2） PALMITIC ACID × 12 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 8 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C9K0Z0_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–467； UniProt 417–883 作者链 D； PDB构建体 1–467； UniProt 417–883

Protein cornichon homolog 2

物种未注明

UniProt O35089

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Glutamate receptor 1 × 2 （P23818） Glutamate receptor 2 × 2 （C9K0Z0） Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW2） PALMITIC ACID × 12 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 8 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNIH2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 F； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

物种未注明

UniProt Q8VHW2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Glutamate receptor 1 × 2 （P23818） Glutamate receptor 2 × 2 （C9K0Z0） Protein cornichon homolog 2 × 2 （O35089） PALMITIC ACID × 12 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 8 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCG8_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423 作者链 H； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zkp
沉积日期 deposition_date	2025-12-07
结构标题 title	The TMD structure of native mouse AMPAR with 2 TARPs 2 CNIHs
关键词 keywords	iGluR, AMPA receptors, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9zkp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9zkp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9zkp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.95 Å
Rg（电子密度）	33.39 Å
总 Rg	34.11 Å
原子数	9502
残基数	1139
排除体积	176970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9zkp__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor 1
分子量 formula_weight	55260.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9502

TYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLKLSEQGVLDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASGGSGSGENGRVVSQDFPKSMQSIPCMSHSSGMPLGATGL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor 2
分子量 formula_weight	52118.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

VVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLWFSLGAFMRQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein cornichon homolog 2
分子量 formula_weight	18948.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MAFTFAAFCYMLTLVLCASLIFFVIWHIIAFDELRTDFKNPIDQGNPARARERLKNIERICCLLRKLVVPEYSIHGLFCLMFLCAAEWVTLGLNIPLLFYHLWRYFHRPADGSEVMYDAVSIMNADILNYCQKESWCKLAFYLLSFFYYLYSMVYTLVSF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
分子量 formula_weight	43502.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MESLKRWNEERGLWCEKGVQVLLTTIGAFSAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAGDDGPPHRGGSGSSEKKDPGGLTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEYLLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILGAGILFVAAGLSNIIGVIVYISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREAHCQSRSDLLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRGSSEASPSRDASPGGPGGPGFASTDISMYTLSRDPSKGSVAAGLASAGGGGSGAGVGAYGGAAGAAGGGGAGSERDRGSSAGFLTLHNAFPKEAASGVTVTVTGPPAAPAPAPAPPAPAAPAPGTLSKEAAASNTNTLNRKTTPV

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.870 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.87 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	111937

The TMD structure of native mouse AMPAR with 2 TARPs 2 CNIHs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein cornichon homolog 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zkp__assembly_1__model_1

9zkp__assembly_1__model_1 | I(q)

9zkp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

The TMD structure of native mouse AMPAR with 2 TARPs 2 CNIHs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein cornichon homolog 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zkp__assembly_1__model_1

9zkp__assembly_1__model_1 | I(q)

9zkp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)