当前蛋白身份：A0A4X1ULF2
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7B7U Cryo-EM structure of mammalian RNA polymerase II in complex with human RPAP2 提交 2020-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7EDX p53-bound TFIID-based core PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7EG7 TFIID-based core PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 7EG8 TFIID-based core PIC on PUMA promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.40 Å |
| 7EG9 TFIID-based intermediate PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7EGA TFIID-based intermediate PIC on PUMA promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7EGB TFIID-based holo PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7EGC p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7ENA TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in pre-assembled state (pre-hPIC-MED) 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric（76） 与全部聚合物一致 |
链 PH
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 7ENC TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED) 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric（76） 与全部聚合物一致 |
链 PH
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.13 Å |
| 7F4G Structure of RPAP2-bound RNA polymerase II 提交 2021-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 7NVR Human Mediator with RNA Polymerase II Pre-initiation complex 提交 2021-03-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7NVS RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7NVT RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7NVU RNA polymerase II core pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7NVY RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 7NVZ RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 7NW0 RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 7OKX Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5)-ELL2-EAF1 (composite structure) 提交 2021-05-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7OKY Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1(composite structure) 提交 2021-05-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.14 Å |
| 7OL0 Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5) 提交 2021-05-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OO3 Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA (Structure1) 提交 2021-05-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7OOB Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-ADPBeF3 (Structure2) 提交 2021-05-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7OOP Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-PAF-SPT6 (Structure 3) 提交 2021-05-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OPC Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 4) 提交 2021-05-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OPD Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5) 提交 2021-05-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OZN RNA Polymerase II dimer (Class 1) 提交 2021-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 H
1–150（150 aa）
链 T
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7OZO RNA Polymerase II dimer (Class 2) 提交 2021-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 H
1–150（150 aa）
链 T
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7OZP RNA Polymerase II dimer (Class 3) 提交 2021-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 H
1–150（150 aa）
链 T
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7PKS Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation 提交 2021-08-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric（31） 待复核 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7YCX The structure of INTAC-PEC complex 提交 2022-07-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 6
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.18 Å |
| 7ZWD Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U5 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ZX7 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ZX8 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (OC) 提交 2022-05-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8B3D Structure of the Pol II-TCR-ELOF1 complex. 提交 2022-09-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8B3F Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 提交 2022-09-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 PH
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.04 Å |
| 8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 PH
1–150（150 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å |