当前蛋白身份：D8EB41
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7S1I Wild-type Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 w
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 209 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 7S1J Wild-type Escherichia coli ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 w
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 199 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.47 Å |
| 7S1K Cfr-modified Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 w
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 207 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.42 Å |
| 7UG7 70S ribosome complex in an intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) stalled by Argyrin B 提交 2022-03-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 SO
1–89（89 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 11 MG MAGNESIUM ION × 404 SPD SPERMIDINE × 2 ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 8EA3 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, major configuration 提交 2022-08-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 14 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8EA4 V-K CAST Transpososome from Scytonema hofmanni, minor configuration 提交 2022-08-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 15 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 13 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8EIU E. coli 70S ribosome with A-loop mutations U2554C and U2555C 提交 2022-09-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–89（89 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 268 SPD SPERMIDINE × 16 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 2 SPM SPERMINE × 1 MET METHIONINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 8EKC Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA 提交 2022-09-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 714 T8B Thermorubin × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8EMM Composite 70S ribosome structure for "Atomistic simulations of the E. coli ribosome provide selection criteria for translationally active substrates 提交 2022-09-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 321 SPD SPERMIDINE × 17 SPM SPERMINE × 1 K POTASSIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 2 MET METHIONINE × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 8EYQ 30S_delta_ksgA_h44_inactive_conformation 提交 2022-10-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8EYT 30S_delta_ksgA+KsgA complex 提交 2022-10-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8FIZ Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex) 提交 2022-12-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 AR
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8FTO E. coli 70S ribosome with an improved MS2 tag inserted in H98 提交 2023-01-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 284 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.85 Å |
| 8FZD Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with apoRF3, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state I-B) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 581 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8FZE Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF1, P- and E-site tRNAPhe (State I-A) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 570 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8FZG Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF3-GDPCP, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state II-A) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 428 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8FZH Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF1, P- and E-site tRNAPhe (State II-D) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 595 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8FZI Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (Composite state II-B) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 737 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8FZJ Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (Composite state II-C) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 757 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8G6W Structure of WT E.coli 70S ribosome complexed with mRNA, P-site fMet-NH-tRNAfMet and A-site ortho-aminobenzoic acid charged NH-tRNAPhe 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–89（89 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 320 2AE 2-AMINO-BENZAMIDE × 1 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 14 SPD SPERMIDINE × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.02 Å |
| 8G7P Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with EF-Tu and Ile-tRNAIle(LAU) bound to the cognate AUA codon (Structure I) 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 876 K POTASSIUM ION × 2 ILE ISOLEUCINE × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8G7Q Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with EF-Tu and Ile-tRNAIle(LAU) bound to the near-cognate AUG codon (Structure II) 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 950 ILE ISOLEUCINE × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8G7R Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with A-site tRNAIle(LAU) bound to the cognate AUA codon (Structure III) 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 734 K POTASSIUM ION × 2 ILE ISOLEUCINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8G7S Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with P-site tRNAIle(LAU) bound to the cognate AUA codon (Structure IV) 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 564 ILE ISOLEUCINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8SYL Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with amikacin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs 提交 2023-05-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 474 AKN (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S ,6R)-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8UPO Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.50 Å |
| 8UPR Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8UQL Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8UQM Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8UQP Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8UR0 Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8URH Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 8URI Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8URX Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–89（89 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |